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- PDB-8rig: Cryo-EM structure of an MCM helicase single hexamer loaded onto dsDNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rig
タイトルCryo-EM structure of an MCM helicase single hexamer loaded onto dsDNA.
要素
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
  • Minichromosome maintenance protein 5
キーワードREPLICATION / MCM helicase / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex ...MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 ...: / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Miller, T.C.R. / Lim, C.T. / Diffley, J.F.X. / Costa, A.
資金援助 英国, European Union, デンマーク, 6件
組織認可番号国
Wellcome TrustFC001065 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001065 英国
Cancer Research UKFC001065 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0073571 デンマーク
Danish National Research FoundationDNRF115 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of Origin Recognition Complex by Cyclin Dependent Kinase Reveals Alternate Mechanism of MCM Loading
著者: Miller, T.C.R. / Lim, C.T. / Diffley, J.F.X. / Costa, A.
履歴
登録2023年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
X: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
Y: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)624,64825
ポリマ－621,4528
非ポリマー3,19617
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area56660 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area169000 Å2
手法PISA

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 111720.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MCM3 contains a CBP-TEV tag at the N-terminus: KRRWKKNFIAVSAANRFKKISSSGALENLYFQG
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

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タンパク質 , 1種, 1分子 5

#4: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 5804.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 5211.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 4種, 17分子

#9: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric MCM helicase complex loaded onto duplex DNA
タイプ: COMPLEX
詳細: Structural intermediate on path to MCM-double hexamer formation during the process of origin licensing.
Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.61 MDa
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Complete biochemical reaction containing the MCM helicase in complex with Cdt1, the helicase loader (the origin recognition complex), the co-factor Cdc6, an origin or replication (DNA) ...詳細: Complete biochemical reaction containing the MCM helicase in complex with Cdt1, the helicase loader (the origin recognition complex), the co-factor Cdc6, an origin or replication (DNA) flanked by nucleosomes, the regulatory kinase CDK and an inhibitor of CDK (Sic1). The sample was incubated with ATP yielding a range of structural intermediates in the MCM loading pathway.
試料支持詳細: Glow discharge at 40 mA for 5 minutes prior to applying graphene oxide.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 51.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 24506
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Topaz粒子像選択Topaz picking performed as in Relion3.1. Iterative rounds of Topaz picking, particle selection and training to optimise model.
2EPU画像取得
7Coot0.9.5モデルフィッティング
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2_4158:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 621909
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 396366
詳細: Reported resolution obtained from maps after Relion 3D Refinement
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7P30

7p30


Accession code: 7P30 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00531866
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62243394
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.54795
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445030
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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