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万見
- PDB-8r4z: Crystal structure of alpha keto acid C-methyl-transferases MrsA n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4z
タイトルCrystal structure of alpha keto acid C-methyl-transferases MrsA native-form
要素2-ketoarginine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / S adenosylmethionine-dependent methyltransferases / biocatalysis / C-alkylation / asymmetric methylation / mutagenesis
機能・相同性5-guanidino-2-oxopentanoate (3R)-methyltransferase / 2-ketoarginine methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-ketoarginine methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Kemper, F. / Andexer, J.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structures and protein engineering of the alpha-keto acid C-methyltransferases SgvM and MrsA for rational substrate transfer.
著者: Sommer-Kamann, C. / Breiltgens, J. / Zou, Z. / Gerhardt, S. / Saleem-Batcha, R. / Kemper, F. / Einsle, O. / Andexer, J.N. / Muller, M.
履歴
登録2023年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-ketoarginine methyltransferase
B: 2-ketoarginine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6446
ポリマ－77,5462
非ポリマー974
水14,520806
1
A: 2-ketoarginine methyltransferase
ヘテロ分子

A: 2-ketoarginine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6446
ポリマ－77,5462
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area26360 Å2
2
B: 2-ketoarginine methyltransferase
ヘテロ分子

B: 2-ketoarginine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6446
ポリマ－77,5462
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area26810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)148.135, 66.173, 74.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 2-ketoarginine methyltransferase


分子量: 38773.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: mrsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5FKJ3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.538→74.31 Å / Num. obs: 109165 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.538→1.62 Å / 冗長度: 13 % / Num. unique obs: 15766 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE SAD STRUCTURE

解像度: 1.54→74.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9556 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9495 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.068
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 5311 4.89 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.1675 108582 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2392 Å20 Å20 Å2
2---5.3123 Å20 Å2
3---6.5515 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.172 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→74.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5342 0 4 806 6152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.997412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1878SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes808HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5466HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion698SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7133SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 368 4.61 %
Rwork0.2022 7608 -
all0.2028 7976 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2202-0.07010.05450.2885-0.08940.4269-0.0392-0.0084-0.02210.02660.0073-0.04080.03910.0640.032-0.04140.01450.009-0.0272-0.0008-0.021715.705324.45472.7292
20.26040.0016-0.17520.3969-0.15710.6359-0.0036-0.02190.0606-0.0385-0.0235-0.0616-0.11160.10290.0271-0.0309-0.0318-0.0106-0.057-0.0007-0.037113.090245.43538.5716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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