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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r4v | ||||||
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タイトル | Structure of Salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitor | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase SIK3 | ||||||
キーワード | LIGASE / kinase / ampk-like / UBA / inhibitor complex / drug design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kack, H. / Oster, L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity. 著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r4v.cif.gz | 488.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r4v.ent.gz | 302.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r4v_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r4v_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r4v_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r4v_validation.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r4oC 8r4qC 8r4uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 62 - 384 / Label seq-ID: 5 - 327
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37888.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2K2 #2: 化合物 | 分子量: 567.681 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H37N7O3 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 37.5% Precipitant mix 4 (12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350), 0.12 M Monosaccharides mix (0.02 M D-Glucose, 0.02 M D-Mannose, 0.02 M D-Galactose, 0.02 M L-Fucose, 0.02 M D-Xylose, 0.02 ...詳細: 37.5% Precipitant mix 4 (12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350), 0.12 M Monosaccharides mix (0.02 M D-Glucose, 0.02 M D-Mannose, 0.02 M D-Galactose, 0.02 M L-Fucose, 0.02 M D-Xylose, 0.02 M N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1 M Buffer system 3, pH 8.5 (Tris (Base), Bicine) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.9→65.645 Å / Num. obs: 55296 / % possible obs: 60.4 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.13 Å / Num. unique obs: 2764 / CC1/2: 0.491 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→65.645 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.782 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.303 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→65.645 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |