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万見
- PDB-8r4u: Structure of salt-inducible kinase 3 with inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4u
タイトルStructure of salt-inducible kinase 3 with inhibitors
要素
  • Serine/threonine-protein kinase SIK3
  • scFvH1
キーワードLIGASE / kinase / inhibitor complex / drug design / ampk-like kinase / UBA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...positive regulation of TORC2 signaling / tau-protein kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / microtubule cytoskeleton organization / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Salt-Inducible kinase, catalytic domain / Protein kinase SIK3 UBA domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Salt-Inducible kinase, catalytic domain / Protein kinase SIK3 UBA domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase SIK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.416 Å
データ登録者Kack, H. / Oster, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The structures of salt-inducible kinase 3 in complex with inhibitors reveal determinants for binding and selectivity.
著者: Oster, L. / Castaldo, M. / de Vries, E. / Edfeldt, F. / Pemberton, N. / Gordon, E. / Cederblad, L. / Kack, H.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase SIK3
B: scFvH1
C: Serine/threonine-protein kinase SIK3
D: scFvH1
E: Serine/threonine-protein kinase SIK3
F: scFvH1
G: Serine/threonine-protein kinase SIK3
H: scFvH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,57116
ポリマ－261,2008
非ポリマー2,3728
水6,233346
1
A: Serine/threonine-protein kinase SIK3
B: scFvH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9895
ポリマ－65,3002
非ポリマー6893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein kinase SIK3
D: scFvH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7973
ポリマ－65,3002
非ポリマー4971
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Serine/threonine-protein kinase SIK3
F: scFvH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8934
ポリマ－65,3002
非ポリマー5932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Serine/threonine-protein kinase SIK3
H: scFvH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8934
ポリマ－65,3002
非ポリマー5932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.074, 112.841, 127.118
Angle α, β, γ (deg.)66.32, 81.42, 90.1
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase SIK3


分子量: 37888.852 Da / 分子数: 4 / 変異: C121S, C181S, C333S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2K2
#2: タンパク質
scFvH1


分子量: 27411.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-XW3 / 8-[(5-azanyl-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloranyl-4-(3-fluoranylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one


分子量: 496.921 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22ClFN6O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.3 M LiSO4 and 0.1 M Hepes pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.416→114.84 Å / Num. obs: 67135 / % possible obs: 57.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.76 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 3359 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 9.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.416→114.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.407
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 3056 -RANDOM
Rwork0.2278 ---
obs0.2296 62579 51.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9395 Å20.07 Å20.3297 Å2
2---3.221 Å20.3743 Å2
3---11.1604 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.416→114.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17119 0 160 346 17625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00717667HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9523936HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5995SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2998HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17667HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2258SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13180SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.14
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3466 76 -
Rwork0.2845 --
obs0.2882 1252 4.74 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31440.143-0.53580.77970.22891.1434-0.05320.15580.04890.1558-0.0744-0.10130.0489-0.10130.1276-0.19340.004-0.0509-0.09020.07170.143-28.2277-31.325-34.4557
23.0975-0.00930.44662.4927-0.95191.5480.0640.1021-0.1430.1021-0.11090.0918-0.1430.09180.047-0.3504-0.01220.0117-0.2696-00.07517.476-17.0302-45.1763
33.81470.14910.87710.6048-0.75152.2545-0.09650.15060.04970.1506-0.13390.13120.04970.13120.2304-0.2285-0.01650.0314-0.2332-0.07440.1111-28.684233.3136-32.1107
42.9467-0.27330.52923.03550.8711.80130.0150.02350.10270.0235-0.0669-0.10060.1027-0.10060.0519-0.3607-0.04880.0527-0.27120.03870.0474-63.603520.5419-43.4449
52.6022-0.2262-0.60060.8815-0.31591.5789-0.0839-0.17630.0506-0.1763-0.06480.17640.05060.17640.1488-0.2590.0126-0.0122-0.1255-0.07630.100815.6111-25.7736-89.2526
63.2918-0.8957-0.01523.09810.60791.45040.0062-0.0807-0.1546-0.0807-0.1982-0.1048-0.1546-0.10480.192-0.38430.00810.0007-0.2780.02940.1094-20.1336-11.3464-78.6888
73.6834-0.18990.86520.58710.28141.9824-0.0018-0.14460.1078-0.1446-0.0729-0.08510.1078-0.08510.0747-0.2590.01930.0403-0.22680.07710.1301-45.099538.9389-88.4234
84.0655-0.74021.0362.7215-1.03382.01050.1582-0.07610.178-0.0761-0.15940.0720.1780.0720.0012-0.38090.01640.0315-0.2655-0.01260.025-11.500325.6788-79.9227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A61 - 384
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A459
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 250
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C62 - 384
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C459
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 250
7X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E61 - 384
8X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E459
9X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 250
10X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G62 - 384
11X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G459
12X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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