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万見
- PDB-8r3g: Central glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r3g
タイトルCentral glycolytic genes regulator (CggR) bound to DNA operator
要素
  • (operator DNA) x 2
  • Central glycolytic genes regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Bacillus subtilis / transcription repressor / glucose catabolism / SorC family
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / CggR N-terminal DNA binding domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Central glycolytic genes regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Skerlova, J. / Soltysova, M. / Rezacova, P. / Skubnik, K.
資金援助 チェコ, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2018127 チェコ
European Regional Development FundOP RDE Project No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of two prototypical repressors of SorC family reveals tetrameric assemblies on DNA and mechanism of function.
著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor ...著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor Krásný / Pavlína Řezáčová /
要旨: The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography ...The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography and cryo-electron microscopy to investigate architecture and functional mechanism of two prototypical representatives of two sub-classes of the SorC family: DeoR and CggR from Bacillus subtilis. Despite possessing distinct DNA-binding domains, both proteins form similar tetrameric assemblies when bound to their respective DNA operators. Structural analysis elucidates the process by which the CggR-regulated gapA operon is derepressed through the action of two effectors: fructose-1,6-bisphosphate and newly confirmed dihydroxyacetone phosphate. Our findings provide the first comprehensive understanding of the DNA binding mechanism of the SorC-family proteins, shedding new light on their functional characteristics.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Central glycolytic genes regulator
A: Central glycolytic genes regulator
F: operator DNA
E: operator DNA
B: Central glycolytic genes regulator
D: Central glycolytic genes regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,2076
ポリマ－182,2076
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy, SAXS, Chaix, D., Ferguson, M. L., Atmanene, C., Van Dorsselaer, A., Sanglier-Cianferani, S., Royer, C. A., Declerck, N. Physical Basis of the ...根拠: scanning transmission electron microscopy, SAXS, Chaix, D., Ferguson, M. L., Atmanene, C., Van Dorsselaer, A., Sanglier-Cianferani, S., Royer, C. A., Declerck, N. Physical Basis of the Inducer-Dependent Cooperativity of the Central Glycolytic Genes Repressor-DNA Complex. Nucleic Acids Res 2010, 38 (17)., gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17010 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area69750 Å2

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要素

#1: タンパク質
Central glycolytic genes regulator


分子量: 38623.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal amino-acid sequence GIDPFT remains a part of the protein upon TEV cleavage as a cloning artefact.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / Cell: Bacterium / 遺伝子: cggR, yvbQ, BSU33950 / プラスミド: pET151 / 詳細 (発現宿主): ampicillin resistance / Cell (発現宿主): Bacterium / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32253
#2: DNA鎖 operator DNA


分子量: 13780.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both ends are missing).
由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#3: DNA鎖 operator DNA


分子量: 13931.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Only 41bp were modelled into the electron density map (two base pairs at both sides are missing).
由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A complex of Central glycolytic genes regulator (CggR) from Bacillus subtilis and the DNA operator (OLR).
タイプ: COMPLEX
詳細: A complex of full-length CggR with its 45bp DNA operator.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞内の位置: cytoplasm
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) / プラスミド: pET151
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl and 0.02% (v/v) beta-mercaptoethanol
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris hydrochloride1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.02 % (v/v)beta-mercaptoethanol1
試料濃度: 0.86 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7PHENIXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220146 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 24.32 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Rigid body fitting of starting PDB models in Phenix and Coot was combined with manual rebuilding of certain model regions in Coot.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17oyk

7oyk

17oyk1PDBexperimental model
22okg

2okg

12okg2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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