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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qya | |||||||||
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タイトル | J22.9-FNY, fully humanized, CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA; with VH CDR2 glycosylation | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / humanized / CDR derivatized / BCMA binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / endomembrane system / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Marino, S.F. / Daumke, O. | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based humanization of a therapeutic antibody for multiple myeloma. 著者: Marino, S.F. / Daumke, O. #1: ![]() タイトル: Potent anti-tumor response by targeting B cell maturation antigen (BCMA) in a mouse model of multiple myeloma. 著者: Marino, S.F. / Damke, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qy9C ![]() 8qybC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23321.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23141.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 A
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4083.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 2種, 75分子 


#5: 化合物 | ChemComp-CU / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350 CuCl2 BisTris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→21.76 Å / Num. obs: 13497 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 49.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.98 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.817 Å / Num. unique obs: 1323 / CC1/2: 0.747 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→21.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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