ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.18.2_3874精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→21.76 Å / SU ML: 0.4844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.9191 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2968 | 675 | 5 % |
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Rwork | 0.2442 | 12822 | - |
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obs | 0.2467 | 13483 | 99.37 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.31 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→21.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3517 | 0 | 30 | 20 | 3567 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0016 | 3665 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.4497 | 5002 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.0406 | 567 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.0028 | 642 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.7329 | 1308 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.72-2.93 | 0.4036 | 132 | 0.3775 | 2508 | X-RAY DIFFRACTION | 98.18 | 2.93-3.22 | 0.3773 | 134 | 0.3143 | 2562 | X-RAY DIFFRACTION | 99.81 | 3.22-3.68 | 0.3109 | 135 | 0.2747 | 2563 | X-RAY DIFFRACTION | 99.78 | 3.68-4.63 | 0.2815 | 136 | 0.2104 | 2574 | X-RAY DIFFRACTION | 99.6 | 4.63-21.76 | 0.2424 | 138 | 0.1946 | 2615 | X-RAY DIFFRACTION | 99.49 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.785872556122 | -0.0818855484395 | -0.370958333044 | 0.586591049727 | 0.432631795086 | 2.02084736379 | -0.15743654342 | -0.0220991095174 | 0.0325490879395 | 0.0259685981981 | 0.153848206353 | 0.119294704068 | 0.0131912519237 | -0.381225393641 | -0.0311064077085 | 0.293805453876 | -0.00892548207488 | -0.0562456280187 | 0.319847277514 | -0.011007396351 | 0.513373697949 | -29.060241072 | 15.6923654796 | 36.9256504289 | 2 | 0.80073112906 | -0.228961936511 | -0.168279009793 | 0.607657350943 | 0.569552013915 | 2.96600775304 | -0.00371806448205 | 0.156686664891 | 0.13415657149 | -0.114570204143 | -0.0598806473583 | 0.157661741777 | -0.581580808886 | -0.317132032142 | 0.0181660955124 | 0.377034682265 | 0.0409157145935 | -0.0890998262296 | 0.253666382012 | 0.0183068032482 | 0.535414584428 | -23.1870080663 | 27.7970262149 | 23.6677956186 | 3 | 3.09293813348 | 0.826274441641 | 0.825739456915 | 2.45528934815 | 1.51961895315 | 0.975917733264 | -0.0460870182624 | 0.300070799285 | -1.28339392483 | -0.381009113176 | 0.101925570904 | -0.0898481526683 | 1.7802119634 | -0.278935565362 | -0.214622099861 | 1.24925220742 | -0.133750835611 | -0.0765688394553 | 0.500543951791 | -0.12156385457 | 0.828728704015 | -22.1908876643 | -4.64671833177 | 4.72229363086 |
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Label asym-ID | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | 1 | chain 'L' and (resid 1 through 214 )LA1 - 214 | 1 - 225 | 2 | 2 | chain 'H' and (resid 1 through 221 )HB1 - 221 | 1 - 222 | 3 | 3 | chain 'A' and (resid 8 through 41 )AG8 - 41 | 1 - 34 | | | | | | | | | |
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