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万見
- PDB-8qya: J22.9-FNY, fully humanized, CDR optimized Fab Fragment based on c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qya
タイトルJ22.9-FNY, fully humanized, CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA; with VH CDR2 glycosylation
要素
  • (J22.9-FNY Fab antibody ...) x 2
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment / humanized / CDR derivatized / BCMA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / endomembrane system / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCMA, TALL-1 binding / Tumour necrosis factor receptor 17 / BCMA, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Marino, S.F. / Daumke, O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Mol.Med. / 年: 2024
タイトル: Structure-based humanization of a therapeutic antibody for multiple myeloma.
著者: Marino, S.F. / Daumke, O.
#1: ジャーナル: Mol Oncol / 年: 2015
タイトル: Potent anti-tumor response by targeting B cell maturation antigen (BCMA) in a mouse model of multiple myeloma.
著者: Marino, S.F. / Damke, O.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _reflns.number_obs / _software.version / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Chirality error / 詳細: NAG chirality problem solved / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: J22.9-FNY Fab antibody light chain
H: J22.9-FNY Fab antibody heavy chain
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0355
ポリマ－50,5473
非ポリマー4882
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.266, 55.371, 69.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.009, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 J22.9-FNY Fab antibody light chain


分子量: 23321.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 J22.9-FNY Fab antibody heavy chain


分子量: 23141.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 A

#3: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 / B-cell maturation protein


分子量: 4083.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF17, BCM, BCMA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02223
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 75分子

#5: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350 CuCl2 BisTris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→21.76 Å / Num. obs: 13497 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 49.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 2.72→2.817 Å / Num. unique obs: 1323 / CC1/2: 0.747

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5407精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→21.76 Å / SU ML: 0.461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2812
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 675 5 %
Rwork0.2314 12822 -
obs0.2347 13497 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→21.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 29 74 3649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47514979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.50761337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.930.38351320.36172508X-RAY DIFFRACTION98.18
2.93-3.220.40421340.29952562X-RAY DIFFRACTION99.81
3.22-3.680.30461350.26152563X-RAY DIFFRACTION99.78
3.68-4.630.30921360.20372574X-RAY DIFFRACTION99.6
4.63-21.760.22451380.17852615X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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