PDB-8qx3: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 R886G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qx3

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 R886G mutant

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94714975462 Å

データ登録者

Loris, R. / Haesaerts, S. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesearts, S. / Fausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qx3.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qx3.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8ojzC 8qtmC 8qx1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

D: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.670, 159.160, 140.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 35 through 120 or resid 138...	A	A	35 - 120	42 - 127
1	2	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 35 through 120 or resid 138...	A	A	138 - 756	145 - 763
1	3	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 35 through 120 or resid 138...	A	A	764 - 871	771 - 878
1	4	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 35 through 120 or resid 138...	A	A	889 - 911	896 - 918
1	5	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 35 through 120 or resid 138...	A	A	931 - 967	938 - 974
2	6	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 35 through 120 or resid 138...	B	B	35 - 120	42 - 127
2	7	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 35 through 120 or resid 138...	B	B	138 - 756	145 - 763
2	8	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 35 through 120 or resid 138...	B	B	764 - 871	771 - 878
2	9	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 35 through 120 or resid 138...	B	B	889 - 911	896 - 918
2	10	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 35 through 120 or resid 138...	B	B	931 - 967	938 - 974
3	11	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'C' and (resid 35 through 872 or resid 889 through 911 or resid 931 through 967))	C	C	35 - 120	42 - 127
3	12	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 35 through 872 or resid 889 through 911 or resid 931 through 967))	C	C	138 - 756	145 - 763
3	13	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'C' and (resid 35 through 872 or resid 889 through 911 or resid 931 through 967))	C	C	764 - 871	771 - 878
3	14	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 35 through 872 or resid 889 through 911 or resid 931 through 967))	C	C	889 - 911	896 - 918
3	15	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'C' and (resid 35 through 872 or resid 889 through 911 or resid 931 through 967))	C	C	931 - 967	938 - 974
4	16	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'D' and resid 35 through 967)	D	D	35 - 120	42 - 127
4	17	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain 'D' and resid 35 through 967)	D	D	138 - 756	145 - 763
4	18	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'D' and resid 35 through 967)	D	D	764 - 871	771 - 878
4	19	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'D' and resid 35 through 967)	D	D	889 - 911	896 - 918
4	20	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'D' and resid 35 through 967)	D	D	931 - 967	938 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 分子量: 111298.023 Da / 分子数: 4 / 変異: R886G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH6.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.947→48.9871682739 Å / Num. obs: 118629 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.04 % / B_iso Wilson estimate: 92.7213159956 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 10.48
反射シェル	解像度: 2.947→3.12 Å / R_merge(I) obs: 1.879 / Num. unique obs: 18703 / CC_1/2: 0.578

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.94714975462→48.9871682739 Å / SU ML: 0.541711635851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34243247246 / 位相誤差: 28.3635904779
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.240282844925	5927	5.00236318828 %
R_work	0.204123799733	112557	-
obs	0.20595509357	118484	99.8113016814 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.629316858 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94714975462→48.9871682739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28609	0	20	8	28637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00369342780589	29241
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.665411590436	39588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421804350474	4365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049426194382	5140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7588523648	17749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9472-2.9806	0.466224995086	190	0.488385260236	3616	X-RAY DIFFRACTION	97.2158365262
2.9806-3.0157	0.423129774474	197	0.409827820212	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0157-3.0525	0.384512680054	198	0.367140882829	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.8992697054
3.0525-3.0911	0.365669858176	195	0.334711676962	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0911-3.1318	0.347284894204	200	0.30759500971	3793	X-RAY DIFFRACTION	99.9749624437
3.1318-3.1747	0.350045963146	197	0.313229748746	3732	X-RAY DIFFRACTION	99.9491223607
3.1747-3.22	0.338098022725	196	0.281636379894	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.2681	0.327561673371	198	0.284943211525	3764	X-RAY DIFFRACTION	99.974766591
3.2681-3.3191	0.329336790631	196	0.280135216129	3715	X-RAY DIFFRACTION	99.948888321
3.3191-3.3735	0.329913534949	198	0.273816782681	3763	X-RAY DIFFRACTION	99.9495331819
3.3735-3.4317	0.300734580382	197	0.267945484684	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4317-3.4941	0.300370726106	195	0.263930046029	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.9230177059
3.4941-3.5612	0.303534954357	198	0.259347667796	3764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5612-3.6339	0.275903786554	198	0.231146706579	3762	X-RAY DIFFRACTION	99.97475385
3.6339-3.7129	0.251005187454	198	0.213787297533	3752	X-RAY DIFFRACTION	99.9241082722
3.7129-3.7992	0.254986863802	198	0.210943198357	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7992-3.8942	0.248926293184	197	0.214974105584	3733	X-RAY DIFFRACTION	99.8983223183
3.8942-3.9995	0.222001443727	198	0.19744376602	3767	X-RAY DIFFRACTION	99.9747856783
3.9995-4.1171	0.230866282733	197	0.187287571055	3738	X-RAY DIFFRACTION	99.9238191976
4.1171-4.2499	0.23346521101	199	0.177506851593	3788	X-RAY DIFFRACTION	99.9749247743
4.2499-4.4017	0.226459182796	197	0.170695161015	3733	X-RAY DIFFRACTION	99.9237223494
4.4017-4.5778	0.20663085415	196	0.171549401243	3740	X-RAY DIFFRACTION	99.9238385377
4.5778-4.786	0.202751391166	198	0.158857368613	3762	X-RAY DIFFRACTION	99.8990918264
4.786-5.0381	0.195576612017	200	0.152031994712	3785	X-RAY DIFFRACTION	99.9498369702
5.0381-5.3534	0.203629350678	198	0.165349204432	3766	X-RAY DIFFRACTION	99.9495713565
5.3534-5.7661	0.241005515138	197	0.187229731146	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7661-6.3453	0.238211730387	199	0.201390229697	3774	X-RAY DIFFRACTION	99.824120603
6.3453-7.2609	0.227895124531	199	0.18177265522	3782	X-RAY DIFFRACTION	99.8996235885
7.2609-9.1383	0.179477670413	200	0.156955583649	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.8504113687
9.1383-48.9871	0.201706769124	203	0.187978552123	3814	X-RAY DIFFRACTION	98.6493123772

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.48915054835	0.226978495563	-0.0730326122391	1.32073492168	0.0814781320822	0.370924023373	0.0305954253091	-0.428080015687	0.0494770324569	0.390901900971	-0.119213351881	0.263739743468	0.0988237633962	-0.0688578271028	0.0822829656954	0.81379168529	-0.0872441282895	0.0212815801216	0.708040194957	0.0894270121159	0.604722984935	24.3745476862	-20.5894813406	167.522248468
2	1.36691316015	-0.253001402477	-0.171126675984	1.91557086605	-0.0573512921337	0.586647501329	0.173526777105	0.0433705665291	-0.0030162020736	-0.184230879604	-0.116793516173	-0.155105617933	0.0249596666865	-0.0368779620819	-0.0560787720057	0.481693772022	-0.0235485763357	-0.0515031437334	0.483737740004	0.0316703881116	0.486838583275	45.3930565976	-13.8433317042	139.887961741
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25	2.74995559438	-0.782386865883	-1.34947186576	2.38071127478	0.409250744436	3.17267238241	0.295182904505	0.888021718512	0.405340662952	-0.310328068361	-0.432409271239	0.440497816908	-0.491265260802	-0.324692194789	0.162789510504	0.827088501833	0.14475192308	0.00167900126579	0.976503998498	0.0258485690427	0.956321688551	-2.72328470996	24.7743266035	82.2379916961
26	1.77125581896	-0.22068359583	0.270146069724	1.91149008441	-0.303244327219	1.0459376309	0.178026657684	0.984043971974	0.193766921619	-0.11941905668	-0.13202225474	0.948592852151	-0.0935671547137	-0.501649604814	-0.044910323991	0.856066371372	0.214078571655	-0.263161379428	1.51189105721	-0.0653571939267	1.37270812604	-13.0616650996	7.12894704789	66.5028240738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 605 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 606 through 967 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 31 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 88 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 180 through 266 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 267 through 365 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 366 through 430 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 431 through 647 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 648 through 706 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 707 through 908 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 909 through 967 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 35 through 202 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 203 through 548 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 549 through 679 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 680 through 908 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 909 through 967 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 32 through 87 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 88 through 162 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 163 through 202 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 203 through 296 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 297 through 365 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 366 through 430 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 431 through 519 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 520 through 679 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 680 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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