PDB-8cj8: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 mutant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cj8

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 mutant A651V in complex with L-malate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.48991836749 Å

データ登録者

Haesaerts, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Frausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cj8.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cj8.ent.gz	969.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8ojzC 8qtmC 8qx1C 8qx3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

335 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, gel filtration
447 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
447 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	245.380, 245.380, 397.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	6 - 224	13 - 231
2	2	THR	THR	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	229 - 320	236 - 327
3	3	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	322 - 346	329 - 353
1	4	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	351 - 635	358 - 642
2	5	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	638 - 709	645 - 716
3	6	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	711 - 847	718 - 854
1	7	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	849 - 922	856 - 929
2	8	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	947 - 967	954 - 974
3	9	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	6 - 224	13 - 231
1	10	THR	THR	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	229 - 320	236 - 327
2	11	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	322 - 346	329 - 353
3	12	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	351 - 635	358 - 642
1	13	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	638 - 709	645 - 716
2	14	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	711 - 847	718 - 854
3	15	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	849 - 922	856 - 929
1	16	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	B	B	947 - 967	954 - 974
2	17	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	6 - 224	13 - 231
3	18	THR	THR	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	229 - 320	236 - 327
1	19	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	322 - 346	329 - 353
2	20	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	351 - 635	358 - 642
3	21	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	638 - 709	645 - 716
1	22	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	711 - 847	718 - 854
2	23	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	849 - 922	856 - 929
3	24	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'C' and (resid 6 through 175 or (resid 176...	C	C	947 - 967	954 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111426.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% w/v PEG400; 0,1M MES pH6,5; 0,1M NaAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.48991836749→49.71625 Å / Num. obs: 76655 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.42 % / B_iso Wilson estimate: 114.748850146 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.45 / Net I/σ(I): 5.32
反射シェル	解像度: 3.48991836749→3.7 Å / 冗長度: 24.7 % / R_merge(I) obs: 2.716 / Num. unique obs: 11923 / CC_1/2: 0.791 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.48991836749→49.71625 Å / SU ML: 0.465311401768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32982694233 / 位相誤差: 35.0197887326
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273937803274	3803	5.01364481299 %
R_work	0.244038741916	72050	-
obs	0.245546637964	75853	98.6564524101 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.733536962 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.48991836749→49.71625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22538	0	58	8	22604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00731276816809	23126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08644977514	31301
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0619098181735	3458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00771984321279	4071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8996938672	14066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.48991836749-3.5341	0.419738860428	125	0.401336272082	2284	X-RAY DIFFRACTION	86.4680545585
3.5341-3.5806	0.389568353242	139	0.366064942239	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.2867332382
3.5806-3.6296	0.405616150745	141	0.345512470501	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.8235086481
3.6296-3.6814	0.350731270009	140	0.337425836451	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.6794871795
3.6814-3.7364	0.372392413609	140	0.327896700253	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.6441281139
3.7364-3.7947	0.360494008061	140	0.317290966725	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.4308075418
3.7947-3.8569	0.367627802625	138	0.303961357857	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.3982300885
3.8569-3.9234	0.304647336652	142	0.287389311012	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.2922859165
3.9234-3.9947	0.281777949799	140	0.265716546299	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.222614841
3.9947-4.0715	0.296425824452	138	0.260338081021	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.357372367
4.0715-4.1546	0.2821518764	142	0.252830203472	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.3664202746
4.1546-4.2449	0.300740013976	139	0.25035068218	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.1812032752
4.2449-4.3436	0.252545760493	142	0.230769295961	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.3639575972
4.3436-4.4521	0.284388391903	141	0.232997579527	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.5080815179
4.4521-4.5724	0.253400033778	140	0.227930566182	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.5028409091
4.5724-4.7069	0.24524881932	142	0.223117904437	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.1575991576
4.7069-4.8587	0.270350595781	141	0.2301360836	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.3607954545
4.8587-5.0322	0.274320234633	141	0.216649265582	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.2965177629
5.0322-5.2334	0.239748991605	143	0.221421266418	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.6152500874
5.2334-5.4713	0.26624753865	140	0.224490985039	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.1534391534
5.4713-5.7594	0.303780613182	142	0.236326783542	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.4068387997
5.7594-6.1196	0.267311132675	143	0.235690555208	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.3715083799
6.1196-6.5912	0.274388794479	145	0.234583134489	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.5839112344
6.5912-7.2526	0.307447579631	143	0.22741192707	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.5138888889
7.2526-8.2979	0.258200598696	143	0.221587802927	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.3101069334
8.2979-10.4386	0.183609048483	145	0.19718029444	2746	X-RAY DIFFRACTION	98.5680190931
10.4386-49.71625	0.24344818814	148	0.224265621431	2722	X-RAY DIFFRACTION	93.2120818448

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7822438362	-0.945642436439	0.467409838402	1.61985508001	0.211679189287	0.683102576502	0.050212216496	-0.45728928522	0.077526689133	0.427636970928	-0.000948431411305	0.178828288551	-0.113948470789	-1.22935520442	-0.0616456461237	1.71253577125	-0.119668262207	-0.0047286826783	1.52353144109	0.15250597794	1.03148396404	74.6317261246	97.7180924623	302.566403594
2	1.79153318994	-0.115113052155	-0.782125616419	0.596776887773	0.449401585249	1.58361783363	0.552104623096	-0.357551411569	0.103146243376	-0.267709016315	-0.153641658548	-0.273270107519	-0.498921184923	-0.506262000716	-0.279061620812	1.67140565362	-0.13268878434	0.0117001758014	0.692107733744	0.158356319882	1.05510765578	102.623872293	98.9546990159	307.28267843
3	1.39941301778	0.940033514564	-0.540751985337	1.74268174749	-1.53270504435	1.48434722139	-0.0229494856555	-0.00531764322946	0.128112801396	0.109598732343	0.0867510184653	-0.181767099967	-0.766389211813	-0.287587789947	-0.0349445688502	1.88073358631	0.243193198717	0.0346465239232	0.612250769797	-0.0140888464169	0.979583246685	101.848154141	103.767540184	283.752948516
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 365 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 366 through 728 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 729 through 967 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 222 through 325 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 326 through 706 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 707 through 849 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 850 through 967 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 6 through 266 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 267 through 706 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 707 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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