PDB-8oj9: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oj9

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 free form

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24638283547 Å

データ登録者

Haesaerts, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Frausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oj9.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oj9.ent.gz	979.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8oj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8oj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8ojzC 8qtmC 8qx1C 8qx3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

334 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Generated by symmetry (crystallographic 2-fold) from chains A and B
446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Generated by symmetry from chain C
446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.350, 244.350, 397.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	6 - 320	13 - 327
1	2	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	322 - 346	329 - 353
1	3	LYS	LYS	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	359 - 595	366 - 602
1	4	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	598 - 635	605 - 642
1	5	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	638 - 709	645 - 716
1	6	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	711 - 923	718 - 930
1	7	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 through 320 or resid 322...	A	A	931 - 967	938 - 974
2	8	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	6 - 320	13 - 327
2	9	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	322 - 346	329 - 353
2	10	LYS	LYS	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	359 - 595	366 - 602
2	11	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	598 - 635	605 - 642
2	12	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	638 - 709	645 - 716
2	13	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	711 - 923	718 - 930
2	14	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 6 through 320 or resid 322...	B	B	931 - 967	938 - 974
3	15	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	6 - 320	13 - 327
3	16	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	322 - 346	329 - 353
3	17	LYS	LYS	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	359 - 595	366 - 602
3	18	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	598 - 635	605 - 642
3	19	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	638 - 709	645 - 716
3	20	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	711 - 923	718 - 930
3	21	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'C' and (resid 6 through 320 or resid 322...	C	C	931 - 967	938 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111398.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase

#1: タンパク質

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide

分子量: 111398.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Cesium chloride, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 30% v/v Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.245→48.505 Å / Num. obs: 94348 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 22.4 % / B_iso Wilson estimate: 112.658543113 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.303 / Net I/σ(I): 9.21
反射シェル	解像度: 3.25→3.44 Å / 冗長度: 22.47 % / R_merge(I) obs: 2.84 / Num. unique obs: 14811 / CC_1/2: 0.73 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.24638283547→48.5040153818 Å / SU ML: 0.58887701714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32666189489 / 位相誤差: 37.0214826818
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264048215651	4677	5.00155061971 %
R_work	0.227732156196	88834	-
obs	0.229578194941	93511	99.1569995546 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.14468808 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24638283547→48.5040153818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22716	0	0	0	22716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00566550496125	23280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.781896662177	31523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0448642229817	3488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00502266455223	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6824732265	14228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2464-3.2833	0.579568778944	145	0.598578235073	2740	X-RAY DIFFRACTION	93.4261658031
3.2833-3.3219	0.461369736436	153	0.476659886743	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.4528484068
3.3219-3.3624	0.464763793203	155	0.441232346437	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.4184168013
3.3624-3.4049	0.447130908559	155	0.408668335549	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.4866859159
3.4049-3.4497	0.417252316156	155	0.393450433076	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.5517130964
3.4497-3.497	0.406661423303	154	0.367986182649	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.2253066495
3.497-3.5469	0.381401103719	155	0.361789622181	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.4186046512
3.5469-3.5998	0.378754198262	157	0.352846944156	2963	X-RAY DIFFRACTION	99.5215311005
3.5998-3.6561	0.395761109818	156	0.343981653018	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.871671479
3.6561-3.716	0.372281422243	156	0.336280632778	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.7762863535
3.716-3.78	0.309697107509	153	0.28280483241	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.4489465154
3.78-3.8488	0.303688407083	156	0.268094700907	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.6796925048
3.8488-3.9227	0.270095250177	155	0.244945549766	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.6467565832
3.9227-4.0028	0.228958204062	154	0.22454020136	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.8394348105
4.0028-4.0898	0.235688847998	157	0.213511125183	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.9041839668
4.0898-4.1849	0.249456261133	156	0.209329226069	2967	X-RAY DIFFRACTION	99.7763578275
4.1849-4.2895	0.246873793808	156	0.211962724715	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.6786632391
4.2895-4.4054	0.237187366558	157	0.199799048554	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.6180776575
4.4054-4.5349	0.223044046281	157	0.197831019638	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.8734577665
4.5349-4.6812	0.260527040008	154	0.185215249555	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.7425997426
4.6812-4.8483	0.216744995699	156	0.176436929727	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.3614303959
4.8483-5.0422	0.242094586205	158	0.176605273761	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.6212121212
5.0422-5.2715	0.189922305326	156	0.17894658445	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.7455470738
5.2715-5.549	0.209732926344	158	0.188180262083	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.4310998736
5.549-5.8961	0.258628592842	157	0.208008994898	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.6824388695
5.8961-6.3505	0.280030833132	156	0.210434581502	3014	X-RAY DIFFRACTION	99.7168921044
6.3505-6.9878	0.267532718383	159	0.214283359956	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.5003123048
6.9878-7.9951	0.219542399195	160	0.184352520745	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.6564647096
7.9951-10.0582	0.199270561102	162	0.153528530956	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.5996304281
10.0582-48.504	0.232446326098	159	0.206005406901	2981	X-RAY DIFFRACTION	92.5434718538

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.50278829345	-1.69044580814	-0.94573152979	1.90440527529	1.02759432364	2.39328497215	-0.245940046322	-0.672534821979	-0.15957424606	0.704955165979	0.195673549673	0.666502183288	0.0544750536863	-1.21445146656	0.119695462247	1.399411465	-0.0316248799758	0.0671634752212	1.30779621446	0.106215575212	0.983323207625	71.6988208104	96.9651196876	300.719709834
2	3.10618487638	-1.29947328891	-3.02392203612	-0.113540762324	0.680628729299	1.6035601328	1.18987124027	-0.823108999078	0.586856101953	0.0707664441108	-0.975288182796	-0.326013861899	-0.703712992411	-0.18910298161	-0.0961374109366	1.92367137294	0.251736959226	-0.0982318232317	0.791449229078	0.0256515504357	0.95337230015	85.1957196354	104.845871512	308.112012994
3	1.74035921102	-1.08631205237	0.54480483188	1.1802755057	-1.08504945883	2.87272815094	0.0220878919389	-0.357616575717	0.346484223279	0.286776944727	-0.319559389667	-0.456704987673	-1.24336994899	0.154660068669	0.235407782546	1.20446740525	0.0253062441428	-0.0389981834293	0.497426135244	-0.0637632495448	0.798662585909	108.946562023	95.1913722003	303.098456562
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14	2.90420761235	-1.04472365717	-1.00012915113	5.85414462304	1.6459995359	5.62425601267	-0.190391598316	0.143896411115	0.326410680058	-0.333948082193	0.193153791443	-0.304185405056	-0.855380797397	0.109168937815	0.0571791527451	0.554866727881	0.21847154426	-0.00100887341826	0.6745720638	-0.0103980303757	0.832294159989	139.113764061	180.218627306	208.83493872
15	1.55286112677	-1.34484728865	3.07735557566	1.44727135033	-1.93723439007	5.01895838678	0.0606789716185	-0.15790316332	0.188066614074	0.128253932235	-0.297957490266	-0.0684750051632	-0.136256556558	-0.27184615191	0.261048744862	0.673611379091	0.163940401366	0.120948616013	0.863774995471	-0.0863863721973	0.867686139936	149.077708593	158.171146207	213.284788774
16	2.17982299691	-2.17295091047	-3.42956248653	1.38758648335	0.979752794951	4.37141625536	0.1917708408	0.769896789501	-0.151477306789	-0.0528458530606	-0.51306015044	0.056976905213	0.313915853871	-1.04757676571	0.287591574369	0.802969153437	-0.0467784026853	-0.085267991877	1.20561537696	-0.182174345386	0.91674649651	149.034513849	135.521810281	211.882216572
17	1.45592683738	-0.768453932084	-0.973491971099	0.833546761844	0.177585052693	0.356272362198	0.125006593081	0.355918380598	-0.628470657259	-0.0291460019235	-0.165650277295	0.0330502893522	0.245794930229	-0.492029734299	0.0493244986158	0.686085499357	0.0382364948687	-0.0494257626887	1.03218989085	-0.0450354533457	0.881828201686	140.949018436	142.654322626	232.306954864
18	3.9926214816	0.0131393182584	3.37256405418	3.44670433625	-0.278814025366	5.7492799019	0.369833773671	-0.43464845079	-0.0858987351843	0.141257213289	-0.0903398436071	0.417872439075	0.0520563060229	-0.709882058287	-0.212952913015	0.584970953304	0.109606267684	0.117975628259	0.637498518081	-0.00143336037045	0.702135037646	137.10705875	173.236176984	236.239912869
19	5.60449249449	0.758906455713	0.32776136899	4.15683920365	-0.0106047939577	6.4423382308	0.0974869048606	0.416882599902	-0.48644682434	-0.117327603752	0.0936871807303	0.861250150121	-0.0220486804761	-1.15841269985	-0.129765502489	0.595386564151	0.244241470412	-0.0490914787459	0.834770166245	-0.115176626499	0.966589153167	126.730655894	174.945998885	214.924379131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 164 through 247 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 367 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 368 through 728 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 729 through 909 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 910 through 967 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 248 through 296 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 297 through 365 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 366 through 728 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 729 through 909 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 910 through 967 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 6 through 114 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 115 through 247 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 248 through 365 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 366 through 728 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 729 through 880 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 881 through 967 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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