PDB-8ojq: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 T778 mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojq

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 T778 mutant with bound phosphate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

Phosphoenolpyruvate carboxylase /

Citric acid cycle (クエン酸回路) / TCA cycle /

photosynthesis (光合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase /

phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development /

炭素固定 /

アポプラスト / cellular response to phosphate starvation /

光合成 /

クエン酸回路 / protein tetramerization /

細胞核 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.04938394081 Å

データ登録者

Haesaerts, S. / Loris, R. / Larsen, P.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Frausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojq.cif.gz	875.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojq.ent.gz	615 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojyC 8ojzC 1oj9 1oje 1ojf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

223 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.000, 159.840, 141.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	33 - 121	40 - 128
1	2	SER	SER	THR	THR	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	137 - 300	144 - 307
1	3	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	302 - 604	309 - 611
1	4	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	607 - 756	614 - 763
1	5	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	764 - 794	771 - 801
1	6	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	796 - 873	803 - 880
1	7	GLN	GLN	THR	THR	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	885 - 916	892 - 923
1	8	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	930 - 967	937 - 974
2	9	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	33 - 121	40 - 128
2	10	SER	SER	THR	THR	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	137 - 300	144 - 307
2	11	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	302 - 604	309 - 611
2	12	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	607 - 756	614 - 763
2	13	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	764 - 794	771 - 801
2	14	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	796 - 873	803 - 880
2	15	GLN	GLN	THR	THR	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	885 - 916	892 - 923
2	16	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	930 - 967	937 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111410.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH6.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04938394081→49.1888118125 Å / Num. obs: 55452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 114.907148133 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.89
反射シェル	解像度: 3.04938394081→3.15 Å / R_merge(I) obs: 2.493 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 5360 / CC_1/2: 0.444 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.04938394081→49.1888118125 Å / SU ML: 0.390061057994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34366206061 / 位相誤差: 28.0674569207
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.240217764959	2000	3.81199252849 %
R_work	0.20525535654	50466	-
obs	0.206582212729	52466	93.4057325975 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 132.383983856 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.04938394081→49.1888118125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14386	0	10	26	14422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00583603681198	14732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818234776917	19956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0472403151282	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00617655382121	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8913933147	8943

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0494-3.1256	0.319028922823	57	0.315580361828	1430	X-RAY DIFFRACTION	37.5599898964
3.1256-3.2101	0.310729941884	110	0.301566033443	2785	X-RAY DIFFRACTION	73.1430015159
3.2101-3.3046	0.320155140717	145	0.311487723244	3664	X-RAY DIFFRACTION	96.2597927723
3.3046-3.4112	0.315787889434	151	0.28466397139	3800	X-RAY DIFFRACTION	99.9746963563
3.4112-3.5331	0.333024814366	151	0.250973462102	3816	X-RAY DIFFRACTION	99.9747983871
3.5331-3.6745	0.263245558514	151	0.237364131401	3834	X-RAY DIFFRACTION	99.9749121927
3.6745-3.8417	0.283380152539	152	0.226351820378	3820	X-RAY DIFFRACTION	99.9748301032
3.8417-4.0441	0.234727804745	152	0.217088938216	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0441-4.2974	0.258447266731	153	0.185976983407	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2974-4.6289	0.214610947548	151	0.174826587542	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6289-5.0943	0.226104286685	154	0.167815660116	3892	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0943-5.8305	0.209795295795	155	0.193605500372	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8305-7.3419	0.256062390101	156	0.222004714347	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3419-49.1888118125	0.212947728744	162	0.190454395991	4080	X-RAY DIFFRACTION	99.6242367309

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0636615019943	0.106779313863	-0.0423602613176	0.142971311658	0.134738130093	0.11435083885	-0.0229711334703	-0.615562506866	-0.108749674268	0.754059272597	-0.0344627289283	0.56664764692	-0.104435789618	-0.211775353913	-7.10672854726E-5	1.04096155273	-0.246443878422	0.107559262889	1.15345528478	0.128951030145	1.04755362613	111.97317771	47.8006018067	173.651977892
2	0.865844893116	-0.0934001834615	-0.294118646602	1.1269475079	-0.193460047032	0.355122078728	0.0713478456588	-0.03633725761	0.0101322848141	-0.0661643810612	0.0181435912965	-0.142318639447	0.127870327674	-0.00946363519619	7.48680680234E-6	0.738234564704	-0.0492612035248	-0.0941212208145	0.677362214069	0.00438565384568	0.666169843138	143.725930331	64.4303813585	147.714115942
3	1.01920874617	0.245681299039	-0.293833684911	0.257054617025	0.178062781048	0.316944048467	0.0931732098572	-0.237829760774	-0.23179594506	0.143002573733	-0.0345171674805	-0.110355138922	0.239308313198	0.0465936099983	4.8403414378E-5	0.88069762928	-0.0800240289144	-0.201236529416	0.742228212485	0.202449597327	0.876957306458	135.682676	41.6382731785	163.784703925
4	0.0307694741369	0.135947232702	-0.107336524239	0.188166186097	-0.0919978689695	0.0841329754808	0.575725619027	0.882395397597	0.0958581249429	-0.685483050031	-0.6551973867	-0.124183831965	0.044952308276	-0.00282273141647	-0.0471804834745	1.53931615501	0.551858857009	0.26008415714	1.65739163365	0.365264801873	1.29558328248	148.402162879	83.5950559777	63.9857452526
5	1.41794769293	-0.794544171878	-0.209086530252	1.42607154061	0.0845211403647	0.410104927736	0.330303918637	0.355456993908	-0.0105895371536	-0.0122555040547	-0.523730311005	0.127470127728	0.139636724326	0.230752713518	0.000150366529873	0.973665953666	0.136106952672	0.0243189172728	1.00973039939	-0.018636700384	0.850519035829	137.988586184	64.3543427792	91.7033843304
6	0.527919537045	-0.0319858756787	0.200284944796	0.263343917909	-0.00227249273999	0.060742346306	0.554150157471	1.05017541592	0.00463681379309	-0.403158006978	-0.598364865536	-0.30279639304	0.237036243315	-0.223242676288	-0.0233863057463	1.11746872288	0.562287914429	0.133249204686	1.5032784121	0.110076974479	1.0100510581	157.920537673	55.4717103241	83.2452844577
7	0.416764342105	0.162156619247	-0.236406209397	0.24868354763	-0.38059235447	0.405956977143	0.321574060411	0.888443236166	0.0762700359026	-0.403875365976	-0.520928820391	-0.610397034926	0.203766792566	0.351719134458	-0.0346407436747	1.19198627852	0.556195565559	0.486743649004	1.93181695464	0.472271048782	1.57850168538	168.262750318	73.91954437	67.7184468715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 647 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 648 through 967 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 33 through 221 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 222 through 519 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 520 through 679 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 680 through 967 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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