PDB-8qx1: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 R886G m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qx1

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 R886G mutant with bound malate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9445137477 Å

データ登録者

Loris, R. / Haesaerts, S. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesearts, S. / Fausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qx1.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qx1.ent.gz	933.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8ojzC 8qtmC 8qx3C 80je C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

336 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
448 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
450 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	242.380, 242.380, 396.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	8 - 68	15 - 75
1	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	71 - 153	78 - 160
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	156 - 209	163 - 216
1	4	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	212 - 226	219 - 233
1	5	THR	THR	THR	THR	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	229 - 296	236 - 303
1	6	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	299 - 319	306 - 326
1	7	LEU	LEU	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	322 - 345	329 - 352
1	8	ALA	ALA	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	351 - 357	358 - 364
1	9	SER	SER	THR	THR	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	360 - 381	367 - 388
1	10	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	384 - 492	391 - 499
1	11	PRO	PRO	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	495 - 583	502 - 590
1	12	ARG	ARG	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	586 - 595	593 - 602
1	13	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	598 - 604	605 - 611
1	14	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	607 - 635	614 - 642
1	15	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	638 - 678	645 - 685
1	16	HIS	HIS	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	681 - 708	688 - 715
1	17	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	711 - 756	718 - 763
1	18	GLY	GLY	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	A	A	763 - 920	770 - 927
2	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	8 - 68	15 - 75
2	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	71 - 153	78 - 160
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	156 - 209	163 - 216
2	4	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	212 - 226	219 - 233
2	5	THR	THR	THR	THR	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	229 - 296	236 - 303
2	6	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	299 - 319	306 - 326
2	7	LEU	LEU	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	322 - 345	329 - 352
2	8	ALA	ALA	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	351 - 357	358 - 364
2	9	SER	SER	THR	THR	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	360 - 381	367 - 388
2	10	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	384 - 492	391 - 499
2	11	PRO	PRO	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	495 - 583	502 - 590
2	12	ARG	ARG	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	586 - 595	593 - 602
2	13	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	598 - 604	605 - 611
2	14	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	607 - 635	614 - 642
2	15	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	638 - 678	645 - 685
2	16	HIS	HIS	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	681 - 708	688 - 715
2	17	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	711 - 756	718 - 763
2	18	GLY	GLY	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 6 or (resid 8 through 21...	B	B	763 - 920	770 - 927
3	1	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	8 - 68	15 - 75
3	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	71 - 153	78 - 160
3	3	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	156 - 209	163 - 216
3	4	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	212 - 226	219 - 233
3	5	THR	THR	THR	THR	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	229 - 296	236 - 303
3	6	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	299 - 319	306 - 326
3	7	LEU	LEU	ASN	ASN	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	322 - 345	329 - 352
3	8	ALA	ALA	PHE	PHE	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	351 - 357	358 - 364
3	9	SER	SER	THR	THR	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	360 - 381	367 - 388
3	10	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	384 - 492	391 - 499
3	11	PRO	PRO	TYR	TYR	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	495 - 583	502 - 590
3	12	ARG	ARG	ILE	ILE	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	586 - 595	593 - 602
3	13	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	598 - 604	605 - 611
3	14	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	607 - 635	614 - 642
3	15	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	638 - 678	645 - 685
3	16	HIS	HIS	GLU	GLU	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	681 - 708	688 - 715
3	17	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	711 - 756	718 - 763
3	18	GLY	GLY	HIS	HIS	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	763 - 920	770 - 927

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 分子量: 111298.023 Da / 分子数: 3 / 変異: R886G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% w/v PEG400; 0.1M MES pH6.5; 0,1M NaAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.94→48.12 Å / Num. obs: 123364 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 23.82 % / B_iso Wilson estimate: 76.1709538037 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.298 / Net I/σ(I): 10.13
反射シェル	解像度: 2.94→3.12 Å / R_merge(I) obs: 3.435 / Num. unique obs: 19319 / CC_1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9445137477→48.1168917258 Å / SU ML: 0.420464644818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33645412166 / 位相誤差: 31.7964135912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241772889651	6135	5.00179363423 %
R_work	0.203169701804	116521	-
obs	0.205129681444	122656	99.2041410547 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.1228405692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9445137477→48.1168917258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21803	0	126	105	22034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00478347011211	22481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.714809552964	30497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043132049355	3431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00606340719417	3962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5317316754	13512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.944515-2.978	0.465137160827	178	0.396043704069	3368	X-RAY DIFFRACTION	86.5934065934
2.978-3.013	0.367776391527	201	0.334393838303	3831	X-RAY DIFFRACTION	99.703264095
3.013-3.0497	0.372752112795	203	0.323884184247	3851	X-RAY DIFFRACTION	99.8522167488
3.0497-3.0883	0.35113370296	204	0.330134817681	3853	X-RAY DIFFRACTION	99.6805896806
3.0883-3.129	0.351581227538	204	0.320173947116	3878	X-RAY DIFFRACTION	99.5366983663
3.129-3.1718	0.345764349183	205	0.308322852534	3876	X-RAY DIFFRACTION	99.8287671233
3.1718-3.2171	0.341419417973	201	0.301399844265	3846	X-RAY DIFFRACTION	99.8027127004
3.2171-3.2651	0.304301104279	205	0.270559360266	3881	X-RAY DIFFRACTION	99.7802197802
3.2651-3.3161	0.305604322617	205	0.254686480987	3883	X-RAY DIFFRACTION	99.5373752131
3.3161-3.3705	0.313543129662	203	0.246846433419	3861	X-RAY DIFFRACTION	99.8525798526
3.3705-3.4286	0.291054966099	204	0.236215591878	3877	X-RAY DIFFRACTION	99.8043531426
3.4286-3.4909	0.251572020832	204	0.22483448891	3883	X-RAY DIFFRACTION	99.7072456697
3.4909-3.5581	0.26391739854	202	0.211575008843	3847	X-RAY DIFFRACTION	99.5818986719
3.5581-3.6307	0.280606886922	205	0.220102386608	3895	X-RAY DIFFRACTION	99.6839290056
3.6307-3.7096	0.289538378374	204	0.205281223904	3872	X-RAY DIFFRACTION	99.7308539271
3.7096-3.7958	0.260946287295	205	0.192229006324	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.7088085416
3.7958-3.8907	0.227935145613	204	0.192430319202	3871	X-RAY DIFFRACTION	99.6819960861
3.8907-3.9959	0.228570326665	206	0.178470238761	3906	X-RAY DIFFRACTION	99.7573993207
3.9959-4.1134	0.234574514987	204	0.174252915137	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.8047828209
4.1134-4.2461	0.199081053815	204	0.171937539516	3889	X-RAY DIFFRACTION	99.6833901607
4.2461-4.3977	0.204389180847	207	0.157765275351	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.8307952623
4.3977-4.5737	0.193703431001	206	0.155415927032	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.8057309373
4.5737-4.7817	0.181114215273	206	0.148794291218	3905	X-RAY DIFFRACTION	99.5399515738
4.7817-5.0335	0.195125140909	207	0.160682575542	3919	X-RAY DIFFRACTION	99.8306315025
5.0335-5.3485	0.210447546565	207	0.167144648388	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.7112608277
5.3485-5.7608	0.229140153468	207	0.185786513298	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.758337361
5.7608-6.3394	0.249344572797	210	0.205973899549	3974	X-RAY DIFFRACTION	99.8568019093
6.3394-7.254	0.257289224707	210	0.202234209372	3979	X-RAY DIFFRACTION	99.8093876579
7.254-9.1291	0.194047410121	210	0.178604810535	4016	X-RAY DIFFRACTION	99.740382346
9.1291-48.115	0.206809995009	214	0.199790330974	4085	X-RAY DIFFRACTION	97.0648001806

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40090628089	-1.25230719068	-0.506745670853	2.15783631469	0.475781095024	2.38809914486	-0.149474271966	-0.205292222791	0.0040193920201	0.386578568348	0.111904659182	0.35010323198	-0.49364691894	-1.17480307707	0.0443871040723	0.982334740753	0.149917538268	0.0444215745673	0.982662930436	0.0334495699252	0.57678862435	74.1868204467	97.0811002498	302.682480997
2	0.829758137005	-0.242088306151	-0.0421404698282	0.890577549376	-0.357989327248	1.89169193618	0.0183408151791	-0.158033925058	0.120244672332	0.293449421227	0.111359297851	-0.21150069132	-0.965783049752	0.00136486674695	-0.077325993261	0.944879803224	-0.19831639281	0.0487938123898	0.337295076469	-0.0472847476778	0.6721744853	102.689664169	101.296384543	289.851122675
3	2.07443466794	-0.729395156219	-0.830602238439	2.01843215348	1.25419921502	3.23816687977	0.0692208118009	0.023240652012	0.392037253454	-0.0790697561063	0.158893790598	0.159366684504	-0.985417065122	-0.66504769358	-0.150568079914	0.931610300757	0.364782007326	0.0536264240705	0.960381300451	0.0431008858975	0.558789406398	69.5792378617	106.769658792	281.360109325
4	0.730440945725	-0.816484313985	-0.189904076442	2.46012680027	0.326304944754	1.85250730394	0.0123952728545	-0.11863273398	-0.125109544359	0.51257633203	-0.084265226204	0.221254895108	-0.14662042726	-0.191899564965	0.0541682608969	0.727516422354	-0.24401180899	0.0353868518164	0.594107888584	-0.00147946807166	0.574715271466	97.1309468734	74.3490532874	328.568656992
5	0.996682099737	-0.103496813794	0.307320376682	0.798806323911	0.127502001836	1.90385485566	0.193044726678	0.192110049266	0.160854299863	0.268974022643	-0.22182608602	-0.0839197055133	-0.790198462982	0.158411705717	0.0723971848983	1.41895366173	-0.249567176105	0.0735589642995	0.568892214601	-0.0339579722869	0.604829723222	100.714718694	103.109098955	342.134767241
6	1.27354306196	-0.935046580026	-1.02753816945	1.48838687581	0.960717767128	4.00721444892	0.157931319949	-0.297163951488	0.097951715167	0.776899916732	0.0263359426875	-0.229046806062	-0.0834246836344	0.320575484077	-0.155889601921	1.03452784217	-0.290021950684	-0.0927414641561	0.469252515237	-0.0181827683489	0.602304633298	106.714116376	69.9343586688	350.050734791
7	1.760245035	-1.70405758596	0.812287211311	4.27868072812	-1.72463448951	2.7607822262	0.052614041538	0.014084891143	0.295480959387	-0.00966291530374	-0.0841758887895	-0.187731804501	-0.27969997792	-0.0689688374713	0.0429019595876	0.390763571833	0.00207468337431	0.0695619429473	0.373858625415	-0.0694160398505	0.379918241873	145.416321295	169.376063354	214.20788731
8	0.288747789987	-0.719707959856	1.13882505071	2.99835141047	-2.65206320482	4.26648998618	0.118473650208	-0.124591682159	-0.0702077425356	0.0690807733104	0.163089426369	0.220238526018	0.150492445772	-0.142634380477	-0.19874711889	0.372487604162	-0.000349157535685	0.00885820676819	0.457271435007	-0.099616990749	0.386410705954	143.327958588	156.455462447	205.293463712
9	0.320887290449	0.116019291975	-0.536991342549	0.55851538438	0.106415918376	2.54102960046	0.0561592479751	-0.0624021381644	-0.181588374329	0.141237513647	0.0235592661362	0.0430046679164	0.546063244648	-0.280391730359	-0.0600092679437	0.548814658481	-0.0263887237746	-0.0627293205206	0.465119542891	0.0609905306889	0.56297108013	141.030934099	139.715326465	226.523301052
10	2.18558151438	-0.616685000482	1.02683487168	2.0494400022	-0.610562860171	4.19759406721	-0.0158388848978	-0.396185133636	0.0221993590608	0.295643222881	0.142907973761	0.351733582307	-0.727974580471	-0.810411090118	-0.11427509438	0.54062064824	0.104713955872	0.155749234424	0.52125862274	-0.0095787910689	0.502521927748	133.952607433	173.269000723	230.160778822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 706 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 707 through 967 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 223 through 706 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 707 through 967 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 6 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 180 through 266 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 267 through 728 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 729 through 967 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)