PDB-8qtm: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 G678S m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qtm

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 G678S mutant with bound malate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.0920328441 Å

データ登録者

Loris, R. / Haesaerts, S. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesearts, S. / Fausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qtm.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qtm.ent.gz	952.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qtm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qtm_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qtm_full_validation.pdf.gz	529.7 KB	表示
XML形式データ	8qtm_validation.xml.gz	108.8 KB	表示
CIF形式データ	8qtm_validation.cif.gz	140.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qtm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8ojzC 8qx1C 8qx3C 8oej C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

336 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, chains A + B and their symmetry mate together make up a tetramer
447 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Tetramer formed via symmetry operations of chain C
450 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	242.871, 242.871, 396.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	THR	THR	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	8 - 142	15 - 149
1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	144 - 178	151 - 185
1	3	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	180 - 320	187 - 327
1	4	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	322 - 346	329 - 353
1	5	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	351 - 595	358 - 602
1	6	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	598 - 635	605 - 642
1	7	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	638 - 709	645 - 716
1	8	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	711 - 758	718 - 765
1	9	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	763 - 887	770 - 894
1	10	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	889 - 923	896 - 930
1	11	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 or resid 8 through 76...	A	A	947 - 967	954 - 974
2	12	LYS	LYS	THR	THR	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	8 - 142	15 - 149
2	13	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	144 - 178	151 - 185
2	14	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	180 - 320	187 - 327
2	15	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	322 - 346	329 - 353
2	16	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	351 - 595	358 - 602
2	17	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	598 - 635	605 - 642
2	18	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	638 - 709	645 - 716
2	19	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	711 - 758	718 - 765
2	20	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	763 - 887	770 - 894
2	21	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	889 - 923	896 - 930
2	22	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'B' and ((resid 6 and (name N or name...	B	B	947 - 967	954 - 974
3	23	LYS	LYS	THR	THR	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	8 - 142	15 - 149
3	24	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	144 - 178	151 - 185
3	25	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	180 - 320	187 - 327
3	26	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	322 - 346	329 - 353
3	27	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	351 - 595	358 - 602
3	28	SER	SER	HIS	HIS	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	598 - 635	605 - 642
3	29	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	638 - 709	645 - 716
3	30	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	711 - 758	718 - 765
3	31	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	763 - 887	770 - 894
3	32	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	889 - 923	896 - 930
3	33	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'C' and ((resid 6 and (name N or name...	C	C	947 - 967	954 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111428.188 Da / 分子数: 3 / 変異: G678S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.5; 0.2M MgCl2; 30% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980114 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980114 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.092→49.5604 Å / Num. obs: 100172 / % possible obs: 93.2509 % / 冗長度: 25.4 % / B_iso Wilson estimate: 78.5231297533 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 8.16
反射シェル	解像度: 3.092→3.209 Å / R_merge(I) obs: 3.357 / Num. unique obs: 10843 / CC_1/2: 0.6347

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.0920328441→49.5603860786 Å / SU ML: 0.333410108862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34759131961 / 位相誤差: 32.4263448171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252531051454	1998	1.99829974496 %
R_work	0.202636654183	97987	-
obs	0.20362961591	99985	93.076837147 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.0567969531 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.0920328441→49.5603860786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22253	0	100	127	22480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0100249533386	22924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06761376927	31099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0547145741308	3488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00727286275428	4045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5277060291	13856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.095-3.1693	0.408248302039	55	0.339991544095	2712	X-RAY DIFFRACTION	36.5232312566
3.1693-3.255	0.342232620605	110	0.302947132679	5392	X-RAY DIFFRACTION	72.6144912234
3.255-3.3508	0.348815672093	146	0.275983122115	7150	X-RAY DIFFRACTION	95.7857424183
3.3508-3.4589	0.293305989591	151	0.267839981546	7425	X-RAY DIFFRACTION	99.6973285959
3.4589-3.5825	0.256241123852	152	0.241310771625	7430	X-RAY DIFFRACTION	99.9077612334
3.5825-3.7259	0.28629510908	151	0.230188997145	7471	X-RAY DIFFRACTION	99.9344434247
3.7259-3.8954	0.245079136297	153	0.198324310677	7448	X-RAY DIFFRACTION	99.8817345598
3.8954-4.1007	0.243697461664	152	0.183112591256	7479	X-RAY DIFFRACTION	99.9345206915
4.1007-4.3575	0.278667127713	152	0.175717583488	7495	X-RAY DIFFRACTION	99.9477192524
4.3575-4.6937	0.189536932199	153	0.165414538284	7508	X-RAY DIFFRACTION	99.8956839223
4.6937-5.1656	0.231983400294	153	0.163853212435	7517	X-RAY DIFFRACTION	99.8048145738
5.1656-5.912	0.247807837659	155	0.191046110952	7556	X-RAY DIFFRACTION	99.7155049787
5.912-7.4444	0.246932468234	155	0.221193091294	7622	X-RAY DIFFRACTION	99.8459365772
7.4444-49.5	0.229667221265	160	0.184292265829	7782	X-RAY DIFFRACTION	98.5237563578

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.65757047545	-0.887319093394	-0.426461213068	1.72592722968	0.495156546981	2.21787735764	0.0162136224086	-0.31433108338	0.135910993601	0.402930291255	0.0433364472341	0.232061638957	-0.772714596392	-1.02347625564	-0.0459794369362	1.06681791053	0.104988431577	-0.015549787834	0.733881384349	-0.00542733926286	0.451129452491	77.6941905047	97.9676761356	302.617030448
2	0.627570888949	-0.0430412389384	-0.197939616729	1.07767252391	-0.305806624058	0.811691157054	0.0354076031132	-0.258874551909	0.275110170097	0.123890274981	0.0928526258779	-0.283359009697	-0.968557403063	-0.104254057036	0.0357660111151	1.27828564247	-0.262677200893	0.0729901681075	0.00525300547013	-0.189480016711	0.721181230371	102.743815028	101.745365127	287.314595663
3	1.04574122064	0.329176068063	-0.252937182959	2.0557625884	0.835851302401	1.0975314068	-0.109532061782	-0.320843168753	0.304188045677	0.101702202403	0.276771942748	0.41991240575	-0.734134245654	-0.847816630967	0.0946250123891	1.1878238845	0.42891490927	0.0118256603957	0.727860113831	-0.0404173773157	0.438913790332	69.4271402426	108.587436806	283.513212539
4	1.0212020767	-0.943694095616	-0.504605847409	2.20679835164	0.55277361207	2.29224360041	0.11677038228	-0.114082414984	-0.171345803247	0.358847443386	-0.112616132005	0.0659372873241	-0.481925866596	0.0532573589115	-0.0281083465822	0.682260017493	-0.276218696202	-0.0522409482949	0.519499399981	0.0622535759151	0.439253446739	97.9191310758	77.4568664531	328.698267003
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 266 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 728 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 729 through 967 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 267 through 706 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 707 through 967 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 5 through 266 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 267 through 728 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 729 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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