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- PDB-8qlp: CryoEM structure of the RNA/DNA bound SPARTA (BabAgo/TIR-APAZ) te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qlp
タイトルCryoEM structure of the RNA/DNA bound SPARTA (BabAgo/TIR-APAZ) tetrameric complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
  • Short prokaryotic Argonaute
  • Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Prokaryotic Argonaute / TIR domain / RNA binding protein / DNA binding protein / Oligomerization / NADase activity
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bacillales bacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Finocchio, G. / Koopal, B. / Potocnik, A. / Heijstek, C. / Jinek, M. / Swarts, D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Target DNA-dependent activation mechanism of the prokaryotic immune system SPARTA.
著者: Giada Finocchio / Balwina Koopal / Ana Potocnik / Clint Heijstek / Adrie H Westphal / Martin Jinek / Daan C Swarts /
要旨: In both prokaryotic and eukaryotic innate immune systems, TIR domains function as NADases that degrade the key metabolite NAD+ or generate signaling molecules. Catalytic activation of TIR domains ...In both prokaryotic and eukaryotic innate immune systems, TIR domains function as NADases that degrade the key metabolite NAD+ or generate signaling molecules. Catalytic activation of TIR domains requires oligomerization, but how this is achieved varies in distinct immune systems. In the Short prokaryotic Argonaute (pAgo)/TIR-APAZ (SPARTA) immune system, TIR NADase activity is triggered upon guide RNA-mediated recognition of invading DNA by an unknown mechanism. Here, we describe cryo-EM structures of SPARTA in the inactive monomeric and target DNA-activated tetrameric states. The monomeric SPARTA structure reveals that in the absence of target DNA, a C-terminal tail of TIR-APAZ occupies the nucleic acid binding cleft formed by the pAgo and TIR-APAZ subunits, inhibiting SPARTA activation. In the active tetrameric SPARTA complex, guide RNA-mediated target DNA binding displaces the C-terminal tail and induces conformational changes in pAgo that facilitate SPARTA-SPARTA dimerization. Concurrent release and rotation of one TIR domain allow it to form a composite NADase catalytic site with the other TIR domain within the dimer, and generate a self-complementary interface that mediates cooperative tetramerization. Combined, this study provides critical insights into the structural architecture of SPARTA and the molecular mechanism underlying target DNA-dependent oligomerization and catalytic activation.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
B: Short prokaryotic Argonaute
C: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
E: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
F: Short prokaryotic Argonaute
G: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
I: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
J: Short prokaryotic Argonaute
K: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
M: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
N: Short prokaryotic Argonaute
O: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,25920
ポリマ－501,16216
非ポリマー974
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein / TIR-APAZ


分子量: 53052.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Short prokaryotic Argonaute / SPAR


分子量: 57911.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')


分子量: 6651.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3')


分子量: 7675.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA/DNA bound SPARTA (BabAgo/TIR-APAZ) tetrameric complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillales bacterium (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 59.347 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60319 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00416418
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54322540
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.4912732
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392452
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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