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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qlo | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the apo SPARTA (BabAgo/TIR-APAZ) complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Prokaryotic Argonaute / TIR domain / RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) | ||||||
生物種 | Bacillales bacterium (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Finocchio, G. / Koopal, B. / Potocnik, A. / Heijstek, C. / Jinek, M. / Swarts, D. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Target DNA-dependent activation mechanism of the prokaryotic immune system SPARTA. 著者: Giada Finocchio / Balwina Koopal / Ana Potocnik / Clint Heijstek / Adrie H Westphal / Martin Jinek / Daan C Swarts / 要旨: In both prokaryotic and eukaryotic innate immune systems, TIR domains function as NADases that degrade the key metabolite NAD+ or generate signaling molecules. Catalytic activation of TIR domains ...In both prokaryotic and eukaryotic innate immune systems, TIR domains function as NADases that degrade the key metabolite NAD+ or generate signaling molecules. Catalytic activation of TIR domains requires oligomerization, but how this is achieved varies in distinct immune systems. In the Short prokaryotic Argonaute (pAgo)/TIR-APAZ (SPARTA) immune system, TIR NADase activity is triggered upon guide RNA-mediated recognition of invading DNA by an unknown mechanism. Here, we describe cryo-EM structures of SPARTA in the inactive monomeric and target DNA-activated tetrameric states. The monomeric SPARTA structure reveals that in the absence of target DNA, a C-terminal tail of TIR-APAZ occupies the nucleic acid binding cleft formed by the pAgo and TIR-APAZ subunits, inhibiting SPARTA activation. In the active tetrameric SPARTA complex, guide RNA-mediated target DNA binding displaces the C-terminal tail and induces conformational changes in pAgo that facilitate SPARTA-SPARTA dimerization. Concurrent release and rotation of one TIR domain allow it to form a composite NADase catalytic site with the other TIR domain within the dimer, and generate a self-complementary interface that mediates cooperative tetramerization. Combined, this study provides critical insights into the structural architecture of SPARTA and the molecular mechanism underlying target DNA-dependent oligomerization and catalytic activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qlo.cif.gz | 190.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qlo.ent.gz | 148.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qlo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57911.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 53052.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of BabAgo with BabTIR-APAZ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillales bacterium (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58.005 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 904721 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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