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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qka | ||||||
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タイトル | Structure of K. pneumoniae LpxH in complex with JEDI-852 | ||||||
要素 | UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Lipid A biosynthesis pathway Endotoxin UDP-diacyl-glucosamine lipid X Gram-negative bacteria Lipopolysaccharides | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sooriyaarachchi, S. / Bergfors, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Antibiotic class with potent in vivo activity targeting lipopolysaccharide synthesis in Gram-negative bacteria. 著者: Huseby, D.L. / Cao, S. / Zamaratski, E. / Sooriyaarachchi, S. / Ahmad, S. / Bergfors, T. / Krasnova, L. / Pelss, J. / Ikaunieks, M. / Loza, E. / Katkevics, M. / Bobileva, O. / Cirule, H. / ...著者: Huseby, D.L. / Cao, S. / Zamaratski, E. / Sooriyaarachchi, S. / Ahmad, S. / Bergfors, T. / Krasnova, L. / Pelss, J. / Ikaunieks, M. / Loza, E. / Katkevics, M. / Bobileva, O. / Cirule, H. / Gukalova, B. / Grinberga, S. / Backlund, M. / Simoff, I. / Leber, A.T. / Berruga-Fernandez, T. / Antonov, D. / Konda, V.R. / Lindstrom, S. / Olanders, G. / Brandt, P. / Baranczewski, P. / Vingsbo Lundberg, C. / Liepinsh, E. / Suna, E. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. / Hughes, D. / Karlen, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qka.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qka.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qka_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qka_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qka_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qka_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qka | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28008.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: lpxH / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: A6T5R0 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-VTK / | 分子量: 451.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 % / 解説: Bipyramidal shaped crystal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus III G12 1.2 % Cholic acid derivatives mix 0.1 M Buffer System 3 8.5 50 % Precipitant Mix 4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.918401 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918401 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 21782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 1523 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.177 / Rrim(I) all: 0.771 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.865 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→29.38 Å
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拘束条件 |
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