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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qi5 | |||||||||
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タイトル | 405A Vipp1 H1-6 helical tubes | |||||||||
要素 | Membrane-associated protein Vipp1 | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / membrane remodeling / membrane tubulation | |||||||||
機能・相同性 | PspA/IM30 / PspA/IM30 family / plasma membrane / Membrane-associated protein Vipp1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Junglas, B. / Sachse, C. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for Vipp1 membrane binding: From rings and rods to carpets 著者: Junglas, B. / Kartte, D. / Ritter, I. / Schneider, D. / Sachse, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qi5.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qi5.ent.gz | 20.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qi5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qi5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qi5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qi5_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qi5_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/8qi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/8qi5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18434MC 8qfvC 8qhvC 8qhwC 8qhxC 8qhyC 8qhzC 8qi0C 8qi1C 8qi2C 8qi3C 8qi4C 8qi6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21060.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: vipp1, sll0617 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q55707 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vipp1 H1-6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C41 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
EM embedding | Material: vitreous ice |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -17.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 6.06 Å / らせん対称軸の対称性: C4 |
3次元再構成 | 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66107 / 対称性のタイプ: HELICAL |