PDB-8qhr: Crystal structure of the human DNPH1 glycosyl-enzyme intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qhr

タイトル

Crystal structure of the human DNPH1 glycosyl-enzyme intermediate

要素

2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / DNPH1 / N-glycosidase / hmdUMP / dRP

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Rzechorzek, N.J. / West, S.C.

資金援助

英国, European Union,

スイス, 6件

組織	認可番号	国
The Francis Crick Institute		英国
Cancer Research UK	CC2098	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	CC2098	英国
Wellcome Trust	CC2098	英国
European Research Council (ERC)	ERC-ADG-666400	European Union
Louis-Jeantet Foundation		スイス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of substrate hydrolysis by the human nucleotide pool sanitiser DNPH1.
著者: Rzechorzek, N.J. / Kunzelmann, S. / Purkiss, A.G. / Silva Dos Santos, M. / MacRae, J.I. / Taylor, I.A. / Fugger, K. / West, S.C.

履歴

登録	2023年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qhr.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qhr.ent.gz	146 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qhr_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qhr_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8qhr_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	8qhr_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qhqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

B: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.420, 55.039, 103.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "B" and resid 41)
d_2	ens_1	(chain "A" and resid 41)
d_1	ens_2	(chain "B" and resid 80)
d_2	ens_2	(chain "A" and resid 80)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	ens_1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	41	26
d_2	ens_1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	41	26
d_1	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	80	65
d_2	ens_2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	80	65

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.172239160929, -0.016095478512, -0.984923655424), (0.0269712773718, -0.999568690962, 0.0116181859781), (-0.984685849212, -0.0245635424961, 0.172598988238)	1.65048812894, -34.8632496835, 1.17389432503
2	given	(-0.223752314795, 0.0213397820708, -0.974412394895), (-0.0525074968816, -0.998572327535, -0.0098116997796), (-0.973230632684, 0.0489685652485, 0.224553368317)	4.60395603894, -34.0660606244, 4.1536774296

#1: タンパク質	2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / c-Myc-responsive protein RCL 分子量: 16337.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNPH1, C6orf108, RCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-3DR / 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / ABASIC DIDEOXYRIBOSE / 1,2-ジデオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 198.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 16% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→103.98 Å / Num. obs: 33501 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.12 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 1625 / CC_1/2: 0.164 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
pointless	1.12.8	データスケーリング
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→51.97 Å / SU ML: 0.2213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.3285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	1675	5.02 %
R_work	0.1845	31716	-
obs	0.1864	33391	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→51.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2093	0	51	287	2431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	2323
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6414	3149
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0099	410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3814	384

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.140346381522
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.0937142245289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.7	0.3366	137	0.343	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.7-1.75	0.3975	126	0.3161	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.75-1.82	0.2979	133	0.2965	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.82-1.89	0.3033	130	0.2695	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.89-1.97	0.2556	133	0.2354	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.97-2.08	0.2565	139	0.2081	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.08-2.21	0.2165	148	0.1845	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.21-2.38	0.2165	138	0.1672	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.62	0.199	149	0.1643	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.62-3	0.2044	154	0.1532	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.78	0.1858	144	0.1418	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.78-51.97	0.1957	144	0.1634	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.95594065634	-3.04295875135	2.13059704898	5.60058645866	-2.8385165399	3.09497267401	0.0563341880573	0.178545740417	-0.0853614455258	-0.394408230075	-0.0163137676257	0.0712321367941	0.351869204621	0.0313112837043	-0.00609171848187	0.186159388307	-0.0418737994966	-0.0119838677744	0.1520916578	-0.0326844621778	0.156394321445	9.40097366427	-33.0055059157	-17.8678419187
2	1.94657618328	-1.84686907977	3.71714273385	3.05072354894	-2.70313061976	7.7656972843	-0.208019414125	-0.150674590907	-0.0736779114342	0.106838802549	0.120177609593	-0.0186199889545	0.119956498908	-0.41601956152	-0.0156455057299	0.135458503041	-0.0185204037281	0.0157948922984	0.167491057516	-0.0301895385994	0.21565779377	1.30999165882	-25.5882698394	-14.587635682
3	0.912205042648	-0.77712742751	0.133438823223	1.55482554355	-0.0518946145707	0.415738533239	0.057430738189	0.0876733216121	0.0600379428702	0.0353986486432	-0.037765209752	0.0506536575298	-0.11016920488	-0.0180130380443	-0.00166239764135	0.170134079214	-0.0152770060569	-0.00200040042436	0.142468231656	0.00652927378876	0.143502454975	13.5095107116	-23.5315072855	-11.0046789479
4	4.69645648116	-1.13649930159	-1.0941971827	2.80313227156	0.430019453985	0.265416710206	-0.0592315178818	0.0590928807654	-0.0793374806542	0.1927229635	0.0224450100335	-0.112193672534	0.000446574245542	-0.0851578768414	0.0160715699485	0.140065027181	0.0135115785198	-0.0340008014851	0.146130224371	0.00358073470592	0.0709300015659	21.8313902965	-22.7331540199	-8.76099945818
5	1.63869634724	-1.40116193251	-0.83412129972	3.53994596791	2.65956657661	4.79818933789	-0.187752802514	-0.130047867855	-0.0077525524763	0.283846298625	0.127971511479	0.102878313614	0.387373355395	-0.0802786235073	0.0687580251474	0.215815502705	-0.00192049862225	-0.00678102270361	0.162754414146	0.014409800767	0.139751676551	24.7264332744	-28.3925072643	-5.60969099836
6	3.07367003342	-0.940116223137	-0.892997933029	5.81357583928	0.527999851624	5.09955079439	-0.260939554127	-0.421011216556	-0.556675055419	0.606850513938	-0.090413020673	-0.144970266463	0.662830670842	0.256498042408	0.024006117327	0.223293286793	0.0277189856118	0.000571965000186	0.133512049995	0.0545801426151	0.200520993498	23.0970982028	-38.0855651956	-5.64672792822
7	4.76902505199	-0.379432084199	-0.165525990607	5.11729774342	-0.495353841777	5.34902167156	0.245087280029	-0.548583939537	0.0509525587227	0.344621872806	0.0950971127165	0.136227305668	-0.417898503347	0.0415361693731	-0.283277034927	0.149885642332	-0.0759105265226	0.0204523832166	0.193399602502	0.00238630916466	0.15645752105	10.3633507324	0.135607563344	-8.3868071334
8	2.27409605388	-1.37044827746	0.754627150897	4.58777872924	-2.62846638473	6.1794126667	-0.0012336048773	-0.154243983539	0.188767232037	0.160254964911	-0.206319139553	-0.499918141447	-0.22210513646	0.208923465372	0.118407239363	0.116019776117	-0.0168014556648	0.00465847908686	0.174539473901	0.0223427404182	0.170704797214	22.7638632892	-9.19638879758	-18.5749647047
9	7.28727363342	-3.9782438724	-1.84396089166	6.27167097001	1.06617268443	2.9548828983	0.167943583923	-0.0626935576319	0.813607356736	0.112134702651	-0.234559992068	-0.578376957201	-0.5223876447	0.197975459685	-0.00058693816962	0.210126755625	-0.0700029496738	-0.00234036660196	0.133816334088	0.0497335318619	0.165060173649	15.6262911975	3.30391188035	-18.9671238309
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16	5.2541716604	2.21288084149	-1.26874490185	6.21719980306	-4.92538078107	3.97307880016	0.249518813294	0.166963988319	0.213134111966	0.260189552793	0.0607852350394	0.703707765375	-0.156110395616	-0.193627659394	-0.266015710303	0.214784616144	0.0254797768881	0.0128187893256	0.140774944219	-0.0167521893961	0.158097704386	10.2449779112	-33.1947103037	-9.29263541714
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18	1.79914378148	0.982276255157	-1.35422508362	4.04611047383	-5.5851745011	7.84166030338	-0.0487012400938	0.183911775855	-0.171430042218	-0.774148106567	-0.177842749317	-0.0778626422793	0.893864211423	0.183651239626	0.154058518802	0.261315121061	0.0368564897284	0.00216824841847	0.166504907632	-0.00937877001245	0.180506312165	18.8445512724	-37.4667114418	-16.7637050494

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 49 through 72 )	B	B	49 - 72	31 - 44
2	2	chain 'B' and (resid 73 through 86 )	B	B	73 - 86	45 - 58
3	3	chain 'B' and (resid 87 through 110 )	B	B	87 - 110	59 - 82
4	4	chain 'B' and (resid 111 through 134 )	B	B	111 - 134	83 - 106
5	5	chain 'B' and (resid 135 through 149 )	B	B	135 - 149	107 - 121
6	6	chain 'B' and (resid 150 through 159 )	B	B	150 - 159	122 - 131
7	7	chain 'A' and (resid 18 through 26 )	A	A	18 - 26	1 - 9
8	8	chain 'A' and (resid 27 through 35 )	A	A	27 - 35	10 - 18
9	9	chain 'A' and (resid 36 through 48 )	A	A	36 - 48	19 - 31
10	10	chain 'A' and (resid 49 through 72 )	A	A	49 - 72	32 - 44
11	11	chain 'A' and (resid 73 through 86 )	A	A	73 - 86	45 - 58
12	12	chain 'A' and (resid 87 through 110 )	A	A	87 - 110	59 - 82
13	13	chain 'A' and (resid 111 through 128 )	A	A	111 - 128	83 - 100
14	14	chain 'A' and (resid 129 through 149 )	A	A	129 - 149	101 - 121
15	15	chain 'A' and (resid 150 through 160 )	A	A	150 - 160	122 - 132
16	16	chain 'B' and (resid 19 through 26 )	B	B	19 - 26	1 - 8
17	17	chain 'B' and (resid 27 through 35 )	B	B	27 - 35	9 - 17
18	18	chain 'B' and (resid 36 through 48 )	B	B	36 - 48	18 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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