PDB-8qh4: Crystal structure of reduced respiratory Complex I subunits NuoEF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qh4

タイトル

Crystal structure of reduced respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to oxidized 3-acetylpyridine adenine dinucleotide

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex I / Respiratory Chain / 3-acetylpyridine dinucleotide / NADH-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I.
著者: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qh4.cif.gz	635.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qh4.ent.gz	399.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qg1C 8qgwC 8qh7C 8qhkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.527, 116.619, 190.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence AGHHHHHH was added to the C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence AGHHHHHH was added to the C-terminus via molecular biology techniques to allow for affinity purification
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

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非ポリマー , 9種, 898分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-A3D / 3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 662.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₆O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: trisodium citrate, ammonium sulfate, sodium chloride, Tris, BisTris PH範囲: 6.3 - 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→48.153 Å / Num. obs: 102156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.86 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4996 / CC_1/2: 0.864 / R_pim(I) all: 0.318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
REFMAC	5.8.0352	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.96→48.153 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 7.85 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.9569 / Average fsc work: 0.9667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	5246	5.181 %
R_work	0.1919	96010	-
all	0.194	-	-
obs	-	101256	99.166 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.256 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.583 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.355 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.772 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→48.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9084	0	214	872	10170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	9571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.651	12981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.4	1.571	20399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.223	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.62	10	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	11.35	10	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.795	10	423
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4634
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.244	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.154	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.666	1.361	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.665	1.362	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.108	2.036	5750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.108	2.037	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.972	1.543	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.891	1.516	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.573	2.271	7203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.477	2.228	7162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.711	20.882	11060
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.547	19.16	10847

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.96-2.011	0.261	396	0.247	7068	0.248	7464	0.952	0.957	100	0.209
2.011-2.066	0.262	372	0.232	6884	0.234	7257	0.951	0.963	99.9862	0.193
2.066-2.126	0.252	381	0.216	6690	0.218	7071	0.959	0.968	100	0.178
2.126-2.191	0.249	359	0.205	6522	0.207	6884	0.96	0.973	99.9564	0.168
2.191-2.263	0.455	322	0.416	5782	0.418	6652	0.794	0.815	91.7619	0.382
2.263-2.342	0.242	337	0.221	5855	0.222	6442	0.968	0.973	96.1192	0.175
2.342-2.43	0.226	322	0.178	5931	0.181	6253	0.97	0.981	100	0.146
2.43-2.529	0.222	303	0.176	5686	0.178	5989	0.971	0.981	100	0.145
2.529-2.641	0.205	314	0.181	5485	0.182	5799	0.972	0.981	100	0.148
2.641-2.77	0.215	284	0.181	5233	0.183	5517	0.972	0.98	100	0.151
2.77-2.919	0.227	273	0.171	4984	0.174	5258	0.972	0.982	99.981	0.145
2.919-3.095	0.209	251	0.178	4738	0.179	4989	0.973	0.981	100	0.155
3.095-3.308	0.223	268	0.187	4435	0.189	4703	0.969	0.979	100	0.167
3.308-3.572	0.23	224	0.182	4173	0.185	4398	0.968	0.981	99.9773	0.164
3.572-3.91	0.205	187	0.183	3862	0.184	4068	0.976	0.98	99.5329	0.162
3.91-4.368	0.164	170	0.143	3495	0.144	3682	0.985	0.989	99.5383	0.133
4.368-5.037	0.175	166	0.145	3120	0.146	3286	0.984	0.989	100	0.136
5.037-6.152	0.203	153	0.164	2665	0.166	2818	0.978	0.987	100	0.151
6.152-8.631	0.166	109	0.157	2115	0.157	2224	0.986	0.987	100	0.148
8.631-48.153	0.18	55	0.193	1288	0.192	1344	0.982	0.98	99.9256	0.181

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2848	-0.7627	0.4923	0.9419	-0.0404	1.6348	0.1942	0.1987	-0.4724	-0.0957	-0.0113	0.1587	0.5629	-0.0142	-0.1829	0.3182	-0.016	-0.0722	0.0444	-0.0296	0.1051	27.2857	-10.6863	-60.2711
2	1.3729	0.0429	-0.1933	0.3684	-0.1662	1.7666	0.0277	0.0352	0.0859	0.0002	0.0519	-0.0091	-0.1038	-0.0249	-0.0796	0.0954	-0.0099	-0.0044	0.0095	0.002	0.0104	25.7723	12.5877	-54.5443
3	2.8452	0.6289	-0.3748	0.8861	-0.0306	1.4495	0.1776	-0.306	0.5981	0.0773	-0.0653	0.1576	-0.4599	0.0492	-0.1124	0.262	-0.0059	0.052	0.0617	-0.0556	0.1303	-4.1465	11.0901	-12.5482
4	1.6655	-0.0305	0.465	0.3535	-0.0864	1.5326	0.1026	0.024	-0.1398	-0.007	-0.0175	-0.0063	0.1279	0.0927	-0.0851	0.1073	0.0276	-0.0061	0.0181	-0.0017	0.0143	-5.6849	-11.9744	-18.6271

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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