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- PDB-8qg1: Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8qg1 | ||||||
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Title | Crystal structure of oxidized respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to ADP-ribose | ||||||
![]() | (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Complex I / Respiratory Chain / Inhibitor / NADH-binding | ||||||
Function / homology | ![]() : / Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wohlwend, D. / Friedrich, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I. Authors: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 636.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 400.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 50.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 74.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8qgwC ![]() 8qh4C ![]() 8qh7C ![]() 8qhkC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 18573.619 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O66842, Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions #2: Protein | Mass: 48523.301 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: AGHHHHHH added after L426 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: AGHHHHHH were added with molecular biological tehniques to allow for affinity purification Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 10 types, 889 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/MPO.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
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![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/APR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: trisodium citrate, ammonium sulfate, sodium chloride, Tris, BisTris PH range: 6.3 - 7.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→49.561 Å / Num. obs: 94748 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 31.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4651 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.567 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.457 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→49.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |