PDB-8qhk: Crystal structure of reduced respiratory Complex I subunits NuoEF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qhk

タイトル

Crystal structure of reduced respiratory Complex I subunits NuoEF from Aquifex aeolicus bound to reduced 3-acetylpyridine adenine dinucleotide

要素

(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex I / respiratory chain / 3-acetylpyridine adenine dinucleotide / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Bucka, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structures of 3-acetylpyridine adenine dinucleotide and ADP-ribose bound to the electron input module of respiratory complex I.
著者: Wohlwend, D. / Merono, L. / Bucka, S. / Ritter, K. / Jessen, H.J. / Friedrich, T.

履歴

登録	2023年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qhk.cif.gz	644.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qhk.ent.gz	406.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qg1C 8qgwC 8qh4C 8qh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

B: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

D: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.413, 116.013, 189.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質	NADH-quinone oxidoreductase subunit F 分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

#1: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E

分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

#2: タンパク質

NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子量: 48523.301 Da / 分子数: 2 / Mutation: 427AGHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: nuoF / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O66841

-
非ポリマー , 8種, 952分子

#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-AP0 / ACETYL PYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE, REDUCED / アデノシン5′-[二りん酸β-[1-[(3-アセチル-1,4-ジヒドロピリジン)-1-イル]-1,5-ジデオキシ-β-(以下略) 分子量: 664.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₆O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Tris, BisTris, trisodium citrate, ammonium sulfate, NaCl PH範囲: 6.3 - 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→49.538 Å / Num. obs: 102689 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.08 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5013 / CC_1/2: 0.737 / R_pim(I) all: 0.436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
REFMAC	5.8.0352	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→49.538 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.174 / WR_factor R_work: 0.142 / SU B: 7.742 / SU ML: 0.108 / Average fsc free: 0.9658 / Average fsc work: 0.9742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	5309	5.174 %
R_work	0.1666	97303	-
all	0.168	-	-
obs	-	102612	99.787 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.298 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.723 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.425 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.538 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9069	0	231	932	10232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	8814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.65	13150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.401	1.573	20602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.687	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.388	10	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	12.23	10	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.436	10	427
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.3	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.737	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.751	1.737	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.218	2.6	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.217	2.601	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.104	1.919	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.025	1.896	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.747	2.826	7290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.642	2.79	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.95	27.865	11249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.817	25.301	10993

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.289	389	0.283	7096	0.283	7528	0.933	0.936	99.4288	0.249
2.001-2.055	0.277	378	0.265	6880	0.266	7284	0.943	0.944	99.6431	0.229
2.055-2.115	0.252	380	0.239	6738	0.239	7146	0.948	0.956	99.6082	0.2
2.115-2.18	0.246	361	0.212	6524	0.214	6910	0.956	0.968	99.6382	0.176
2.18-2.251	0.228	346	0.193	6327	0.195	6688	0.964	0.973	99.7757	0.157
2.251-2.33	0.217	355	0.182	6127	0.184	6498	0.968	0.978	99.7538	0.147
2.33-2.418	0.219	325	0.182	5953	0.184	6287	0.968	0.978	99.8568	0.148
2.418-2.516	0.204	308	0.169	5724	0.17	6040	0.974	0.982	99.8676	0.137
2.516-2.628	0.19	314	0.162	5510	0.164	5828	0.977	0.984	99.9314	0.133
2.628-2.756	0.209	287	0.162	5302	0.164	5592	0.973	0.984	99.9464	0.136
2.756-2.904	0.223	267	0.153	4995	0.157	5263	0.973	0.986	99.981	0.13
2.904-3.08	0.211	259	0.165	4774	0.167	5034	0.971	0.983	99.9801	0.141
3.08-3.291	0.198	267	0.162	4458	0.164	4725	0.974	0.984	100	0.144
3.291-3.554	0.191	226	0.158	4206	0.16	4433	0.977	0.986	99.9774	0.144
3.554-3.891	0.179	188	0.143	3908	0.145	4096	0.982	0.989	100	0.133
3.891-4.347	0.148	174	0.124	3528	0.125	3703	0.986	0.991	99.973	0.118
4.347-5.013	0.174	168	0.127	3148	0.13	3316	0.986	0.991	100	0.123
5.013-6.124	0.196	152	0.152	2685	0.155	2837	0.977	0.988	100	0.144
6.124-8.595	0.173	110	0.151	2127	0.152	2237	0.986	0.987	100	0.146
8.595-49.538	0.145	55	0.175	1293	0.174	1348	0.986	0.981	100	0.172

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1237	-0.8635	0.4909	1.0411	-0.0701	2.1271	0.2322	0.2969	-0.453	-0.1457	-0.017	0.1915	0.7182	0.1322	-0.2152	0.3976	0.0253	-0.108	0.0676	-0.0447	0.1453	27.3776	-10.5507	-60.0205
2	1.724	0.0487	0.1959	0.5811	-0.2541	2.1605	0.0385	0.154	0.0931	-0.0299	0.0212	-0.015	-0.0515	0.083	-0.0597	0.0997	-0.0173	-0.0112	0.0232	0.0212	0.0668	25.8315	12.7697	-54.3834
3	3.1366	0.804	-0.4249	0.8711	0.0279	1.7319	0.1905	-0.5061	0.691	0.103	-0.085	0.1746	-0.5999	0.1665	-0.1055	0.3535	-0.0532	0.0449	0.1384	-0.089	0.2231	-3.924	11.0549	-12.2916
4	2.1017	0.0423	0.2978	0.4809	-0.1693	2.0344	0.0748	-0.1485	-0.1387	0.0269	-0.033	-0.0292	0.1373	0.2144	-0.0419	0.1133	0.0193	-0.0033	0.0399	0.0129	0.079	-5.6122	-11.881	-18.4626

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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