PDB-8qh1: Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD from the Omicron BA4 vari...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qh1

タイトル

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD from the Omicron BA4 variant with the antibody Cv2.3194

要素

Cv2.3194 heavy chain
IGK@ protein
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Coronavirus Neutralizing Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能

: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Fernandez, I. / Rey, F.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pan-neutralizing antibody isolated from a COVID patient
著者: Planchais, C. / Fernandez, I. / Rey, F.A. / Mouquet, H.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qh1.cif.gz	305.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qh1.ent.gz	206.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qh1_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qh1_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	8qh1_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8qh1_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Spike glycoprotein

H: Cv2.3194 heavy chain

L: IGK@ protein

ヘテロ分子

74.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.793, 85.348, 193.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.480, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)

#1: タンパク質

Spike glycoprotein

分子量: 27508.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8A5XRG7

#2: 抗体

Cv2.3194 heavy chain

分子量: 24379.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

IGK@ protein

分子量: 22810.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK@ / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJF2

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→39.01 Å / Num. obs: 27213 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 69.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 1.489 / Num. unique obs: 3610 / R_pim(I) all: 0.952 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→39.01 Å / SU ML: 0.4066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9626
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	1402	5.16 %
R_work	0.1976	25785	-
obs	0.1994	27187	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→39.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4729	0	14	8	4751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	4859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5288	6612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	853
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2621	1737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.74	0.3667	139	0.3504	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.74-2.85	0.3785	150	0.333	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.85-2.98	0.3596	156	0.3071	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.98-3.14	0.3302	151	0.2637	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.14-3.34	0.2994	149	0.2477	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.34-3.6	0.2561	123	0.2199	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.6-3.96	0.2228	136	0.209	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.96-4.53	0.1824	140	0.1572	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.53-5.7	0.1715	142	0.1484	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.6
5.7-39.01	0.1975	116	0.1623	2636	X-RAY DIFFRACTION	98.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9921023411	0.619759739004	-0.0838208474688	2.07037438462	0.682292284321	2.25099592069	-0.0735992742237	0.408851619581	0.614222557572	-0.533331824186	-0.231464357729	0.435535090325	-0.882248736202	-0.692714271881	0.206108486323	0.90230306396	0.0757480470098	-0.106143915484	0.857908507758	0.00748859971872	0.805282912301	-12.8308137354	4.47406472582	16.6312019307
2	2.18854993362	-0.781129420834	0.767522018557	2.75663031388	0.534595404126	5.48248042406	0.137304470948	0.101124059164	0.0559001095626	-0.142849054426	-0.207469012913	0.211555602307	0.265247175229	-0.587854035509	0.0805724028333	0.464448931623	-0.0519164650187	-0.00156863458147	0.548379384036	-0.0882786825075	0.570515651751	-7.332077733	-4.27971768125	31.0912000111
3	2.34970320655	0.392011491903	-0.540740109544	1.20088364995	1.31122562656	5.73350723122	0.00384614575143	-0.181200082615	-0.122880209762	0.132797629837	0.245889261273	-0.261149205034	0.589802320928	0.918277637447	-0.203211838363	0.500876217138	0.127093006555	-0.0256072311588	0.526710037065	-0.119196246142	0.608709876038	14.165141701	-5.75606335509	48.8339661981
4	3.31420781084	0.737811700183	0.676652733256	1.52653729254	-0.747867243224	0.73042363823	-0.00125808081758	0.350435757774	-0.153029844745	0.111136992383	-0.0164077428494	-0.106213328825	-0.754248212924	-0.534241722945	-0.0483177975451	0.523073953264	0.213425379155	-0.0516232322208	0.849327794759	-0.0567837854514	0.678586626436	30.94572729	8.66745595903	76.8994856982
5	4.18565140454	-0.101865361503	-1.15310023972	2.51776905269	0.6782645613	3.12988831546	-0.0835803374093	0.224432887349	-0.499859804902	0.445880778787	0.186790081351	-0.354492187693	0.45974253778	0.381204827074	-0.166756399353	0.572600247387	0.167447738353	-0.0675413615497	0.559615037506	-0.101322514464	0.55691546475	29.1399022464	3.25692240818	81.3511452474
6	2.50477638409	-0.563299108694	1.85395712088	2.8387029032	1.33348813011	3.51904894705	0.0573992656045	-0.192420070931	0.109443591518	0.0432686322455	-0.302885574158	0.196419699872	-0.301159604857	-1.21157277072	0.210290018721	0.526453008482	0.0201819412927	0.0970654481433	0.810947231646	-0.144430199163	0.659453879491	-4.94512507117	5.55981006334	62.8641037576
7	3.82730246185	0.323713085467	-1.56301545692	2.29551109692	1.5022010113	4.34678600897	0.0267195441513	-0.214706352936	-0.0521925753486	0.254879827337	-0.0090148270466	0.0216943544147	0.75208145943	-0.766783272707	-0.0066456706009	0.635953918663	-0.0786323482559	-0.00482321279373	0.61040478578	-0.0789716283438	0.573588063827	-2.89215332849	-3.8446979198	62.0283200487
8	1.56196021786	1.20700539278	0.859377810837	1.64916021877	-0.0984163631725	1.29389089774	-0.209106860522	0.227347629985	-0.620012010708	-0.0185843672567	0.115423225114	-0.232645103838	0.232486160508	0.0587693051141	0.0738034638776	0.544991478119	0.0550658824097	0.018409655441	0.597630476127	-0.135835579934	0.512322332463	18.641849529	12.2798851232	81.5215584437
9	3.95941940434	3.37890035276	0.17136550778	6.14888820411	-0.762597239801	2.88453056866	-0.281381624964	0.591512131915	-0.0686100303151	0.628667900739	0.539702874339	-0.0133499882432	-0.168103866161	-0.172614646191	-0.224363526389	0.5867546831	0.0875827820986	0.0127162372663	0.588108185	-0.0363078683813	0.466415691101	16.6097826151	15.2540165549	77.7552800238
10	4.06072056548	1.93946840434	0.340950439677	4.21661894607	0.430203383893	2.27555119612	-0.0385332279662	-0.159510059895	0.680641600432	0.291239438888	-0.0490833870792	0.0808028088353	-0.0768640123341	0.417932415773	0.106612946501	0.619842384699	0.0532896962557	-0.0698247398708	0.595505391507	0.00413076869507	0.521841603599	23.7921271661	23.0455013229	82.1717439661

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid 333 through 393 )	E	A	333 - 393	1 - 58
2	2	chain 'E' and (resid 394 through 527 )	E	A	394 - 527	59 - 192
3	3	chain 'H' and (resid 1 through 113 )	H	C	1 - 113	1 - 113
4	4	chain 'H' and (resid 114 through 138 )	H	C	114 - 138	114 - 136
5	5	chain 'H' and (resid 139 through 219 )	H	C	139 - 219	137 - 217
6	6	chain 'L' and (resid 1 through 30 )	L	D	1 - 30	1 - 30
7	7	chain 'L' and (resid 31 through 99 )	L	D	31 - 99	31 - 99
8	8	chain 'L' and (resid 100 through 140 )	L	D	100 - 140	100 - 140
9	9	chain 'L' and (resid 141 through 171 )	L	D	141 - 171	141 - 171
10	10	chain 'L' and (resid 172 through 210 )	L	D	172 - 210	172 - 210

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)