PDB-8qgr: Stopper protein of phage 812 in closed conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qgr

タイトル

Stopper protein of phage 812 in closed conformation

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS / phage / neck / connector

機能・相同性

Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus phage 812 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cienikova, Z. / Popelarova, B. / Plevka, P.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812
著者: Cienikova, Z. / Novacek, J. / Siborova, M. / Popelarova, B. / Fuzik, T. / Benesik, M. / Bardy, P. / Plevka, P.

履歴

登録	2023年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qgr.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qgr.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qgr_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qgr_full_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示
XML形式データ	8qgr_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8qgr_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18048C 18065C 18213C 18369C 18372C 18385C 18395C 18412C 18445C 18462C 18489C 18516C 8q01C 8q1iC 8q7dC 8qekC 8qemC 8qjeC 8qkhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Capsid protein

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Capsid protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, The protein is a component of phage viral particle where it assembles into a hexameric ring
203 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.366, 93.366, 122.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

#1: タンパク質	Capsid protein / Stopper protein 分子量: 33757.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage 812 (ファージ) 株: K1-420 遺伝子: 812_097, 812_099, 812a_099, 812F1_099, K1/420_099, K1_099 プラスミド: pET22T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YTN7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6 M NaCl, 8% PEG 6000, 20% glycerol, 3% dextran sulphate sodium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) single-crystal channel-cut プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→37.2 Å / Num. obs: 16664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 23.26
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 4.21 / Num. unique obs: 1627 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS	2016-11-01	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→37.159 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.193 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 5.096 / SU ML: 0.127 / Average fsc free: 0.9603 / Average fsc work: 0.9703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	1632	9.802 %
R_work	0.19	15017	-
all	0.193	-	-
obs	-	16649	99.844 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.375 Å²	-0.687 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.375 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1815	0	1	146	1962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.665	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.393	1.576	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.954	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.017	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.68	10	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.014	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.971	10	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.153	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.129	3.105	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.128	3.105	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.431	5.535	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.43	5.537	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.798	3.572	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.796	3.573	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.721	6.372	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.719	6.372	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.621	33.204	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.546	32.736	2065

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.269	119	0.226	1075	0.23	1197	0.95	0.95	99.7494	0.181
2.257-2.319	0.233	127	0.203	1027	0.207	1155	0.958	0.961	99.9134	0.168
2.319-2.386	0.24	116	0.206	1034	0.209	1150	0.947	0.965	100	0.173
2.386-2.459	0.248	114	0.194	993	0.2	1107	0.956	0.968	100	0.156
2.459-2.539	0.228	97	0.2	972	0.202	1069	0.963	0.972	100	0.167
2.539-2.628	0.27	106	0.196	923	0.203	1029	0.953	0.968	100	0.163
2.628-2.726	0.283	105	0.208	906	0.215	1011	0.95	0.967	100	0.17
2.726-2.837	0.272	94	0.216	878	0.221	972	0.95	0.965	100	0.181
2.837-2.962	0.315	76	0.229	853	0.235	929	0.934	0.96	100	0.188
2.962-3.106	0.236	77	0.22	827	0.222	904	0.944	0.96	100	0.182
3.106-3.273	0.207	85	0.21	765	0.209	851	0.967	0.971	99.8825	0.187
3.273-3.469	0.209	72	0.189	739	0.191	811	0.978	0.98	100	0.176
3.469-3.707	0.238	76	0.186	698	0.191	774	0.967	0.982	100	0.181
3.707-4	0.196	79	0.179	647	0.181	726	0.973	0.981	100	0.17
4-4.377	0.203	64	0.14	615	0.146	680	0.978	0.988	99.8529	0.14
4.377-4.885	0.159	56	0.147	552	0.148	610	0.985	0.987	99.6721	0.146
4.885-5.625	0.195	61	0.173	487	0.176	551	0.98	0.985	99.4555	0.17
5.625-6.85	0.185	48	0.2	432	0.198	483	0.98	0.982	99.3789	0.194
6.85-9.527	0.153	34	0.175	359	0.173	393	0.985	0.983	100	0.177
9.527-37.159	0.188	26	0.208	235	0.206	263	0.979	0.975	99.2395	0.22

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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