PDB-8qer: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qer

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-3-carbonylamino)pentanoic acid

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Yadrykhins'ky, V. / Brenk, R. / Georgiou, C.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Towards new antibiotics: P. aeruginosa FabF ligands discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion.
著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhins'ky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P.S. / Brenk, R.

履歴

登録	2023年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.2	2025年5月7日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qer.cif.gz	411.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qer.ent.gz	256.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qer_validation.pdf.gz	998.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qer_full_validation.pdf.gz	998.5 KB	表示
XML形式データ	8qer_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	8qer_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sn5C 5sn6C 5sn7C 5sn8C 5sn9C 5snaC 5snbC 5sncC 5sndC 5sneC 5snfC 5sngC 5snhC 5sniC 5snjC 5snkC 5snlC 5snmC 5snnC 5snoC 5snpC 5snqC 5snrC 5snsC 5sntC 5snuC 5snvC 5snwC 5snxC 5snyC 5snzC 5so0C 5so1C 5so2C 5so3C 5so4C 5so5C 5so6C 5so7C 5so8C 5so9C 5soaC 5sobC 5socC 5sodC 5soeC 5sofC 5sogC 5sohC 8cn2C 8cn4C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qm1C 9gqvC 9i76C 9i7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Software determined: Baum, Bernhard, et al. "Structures of Pseudomonas aeruginosa beta-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase II (FabF) and a C164Q mutant provide templates for ...根拠: Software determined: Baum, Bernhard, et al. "Structures of Pseudomonas aeruginosa beta-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase II (FabF) and a C164Q mutant provide templates for antibacterial drug discovery and identify a buried potassium ion and a ligand-binding site that is an artefact of the crystal form." Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications 71.8 (2015): 1020-1026.
89.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.322, 103.969, 140.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 411 / Label seq-ID: 6 - 416

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C164A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II

-
非ポリマー , 6種, 227分子

#2: 化合物	ChemComp-UGL / (4~{R})-4-(1~{H}-pyrazol-3-ylcarbonylamino)pentanoic acid 分子量: 211.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.764 Å / Num. obs: 53820 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 5219 / CC_1/2: 0.555 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.7 : 23/04/21	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.764 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 11.625 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	2690	5.002 %
R_work	0.1863	51093	-
all	0.189	-	-
obs	-	53783	99.892 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.329 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.199 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6083	0	88	205	6376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	6293
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.638	8483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.667	1.569	13580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.116	5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.411	5.317	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.03	10	981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.951	10	267
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.109	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.419	3.197	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.419	3.198	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.318	5.738	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.318	5.739	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.428	3.726	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.427	3.728	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.012	6.607	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.012	6.609	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.033	32.161	6795
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.012	32.011	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	12930

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07646	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07646	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2	0.329	212	0.319	3727	0.319	3948	0.909	0.912	99.772	0.317
2-2.055	0.307	221	0.3	3575	0.3	3797	0.905	0.921	99.9737	0.294
2.055-2.115	0.292	192	0.258	3543	0.26	3738	0.927	0.941	99.9197	0.25
2.115-2.18	0.273	162	0.244	3461	0.246	3627	0.942	0.95	99.8897	0.231
2.18-2.251	0.273	172	0.215	3344	0.218	3516	0.941	0.963	100	0.2
2.251-2.33	0.286	170	0.201	3241	0.205	3411	0.943	0.969	100	0.184
2.33-2.418	0.235	164	0.183	3127	0.185	3291	0.961	0.975	100	0.164
2.418-2.516	0.235	174	0.164	2992	0.168	3166	0.961	0.98	100	0.145
2.516-2.628	0.258	162	0.172	2861	0.176	3024	0.957	0.98	99.9669	0.152
2.628-2.755	0.254	128	0.171	2792	0.174	2920	0.951	0.981	100	0.152
2.755-2.904	0.227	121	0.15	2665	0.154	2786	0.968	0.986	100	0.136
2.904-3.079	0.218	155	0.153	2475	0.157	2633	0.971	0.986	99.8861	0.139
3.079-3.291	0.202	121	0.146	2366	0.148	2487	0.975	0.986	100	0.136
3.291-3.553	0.232	87	0.156	2222	0.159	2309	0.959	0.984	100	0.153
3.553-3.891	0.196	103	0.159	2038	0.16	2143	0.972	0.986	99.9067	0.158
3.891-4.346	0.193	86	0.162	1856	0.164	1944	0.98	0.985	99.8971	0.168
4.346-5.012	0.271	80	0.165	1658	0.17	1740	0.957	0.982	99.8851	0.178
5.012-6.122	0.214	77	0.192	1390	0.193	1475	0.975	0.98	99.4576	0.206
6.122-8.591	0.255	58	0.214	1102	0.216	1163	0.959	0.973	99.7421	0.241
8.591-48.764	0.401	45	0.285	658	0.291	705	0.913	0.943	99.7163	0.346

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6449	-0.1239	-0.3937	0.0721	0.0237	0.3088	0	-0.0479	0.1041	-0.0273	-0.0171	-0.0751	0.0449	0.0568	0.017	0.026	0.0134	0.0447	0.0286	0.0205	0.0986	-35.7055	-4.1855	32.0189
2	0.2013	0.0436	0.0515	0.3521	0.2476	0.2225	-0.0157	0.0039	-0.0864	0.041	0.0176	-0.0377	0.0093	-0.0198	-0.0018	0.0496	-0.0017	0.0003	0.0232	-0.021	0.0559	-5.2616	-14.5183	67.6031

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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