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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q7d | ||||||
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タイトル | Neck of phage 812 after tail contraction (C12) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / phage / neck / portal / connector | ||||||
機能・相同性 | Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / symbiont entry into host cell / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Portal protein / Neck protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus phage 812 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | ||||||
データ登録者 | Cienikova, Z. / Siborova, M. / Fuzik, T. / Plevka, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812 著者: Cienikova, Z. / Novacek, J. / Siborova, M. / Popelarova, B. / Fuzik, T. / Benesik, M. / Bardy, P. / Plevka, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q7d.cif.gz | 249.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q7d.ent.gz | 185.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q7d_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q7d_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q7d_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q7d_validation.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18213MC 8q01C 8q1iC 8qekC 8qemC 8qgrC 8qjeC 8qkhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34191.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Adaptor protein / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 / 参照: UniProt: A1YTN6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 64155.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 / 参照: UniProt: A0A0U1WIV9 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 36242.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
#4: DNA鎖 | 分子量: 37791.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 |
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: VIRUS 詳細: Purified phage virion was incubated in urea and LTA to induce tail contraction and genome ejection Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420 | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Staphylococcus aureus / 株: CCM 8428 | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 直径: 1100 nm | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15371 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 4000 / 縦: 4000 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frame alignment and dose-weighting with MotionCor2, then contrast inversion and normalization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 32222 詳細: Particle selection using cross-correlation against capsid template | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C12 (12回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17304 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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