PDB-8q5x: MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q5x

タイトル

MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanococcus maripaludis

要素

Nitrogenase iron protein

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / nitrogenase / electron donor / ATPase / [4Fe-4S]-cluster / electron transfer / conformational changes / methanogenic archaea / oxidoreductase / O2-sensitivity / N2-fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

: / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Maslac, N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural comparison of (hyper-)thermophilic nitrogenase reductases from three marine Methanococcales.
著者: Maslac, N. / Cadoux, C. / Bolte, P. / Murken, F. / Gu, W. / Milton, R.D. / Wagner, T.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8q5x_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q5x_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	8q5x_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	8q5x_validation.cif.gz	82.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8q50C 8q5tC 8q5vC 8q5wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron protein

B: Nitrogenase iron protein

C: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrogenase iron protein

C: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
65.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.546, 111.094, 78.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Nitrogenase iron protein 分子量: 31751.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: / 由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) 株: S2 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifH / 器官: / / Variant: / / プラスミド: WG35 詳細 (発現宿主): pET21a vector carrying the nifH gene from M.?maripaludis with a C terminal 6 x HIS tag (cloned from M.?maripaludis Strain S2 derivative MM901) behind a T7 promoter Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): delta iscR / 参照: UniProt: P0CW57

#1: タンパク質

Nitrogenase iron protein

分子量: 31751.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: /
由来: (組換発現)

Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
株: S2 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifH / 器官: / / Variant: / / プラスミド: WG35
詳細 (発現宿主): pET21a vector carrying the nifH gene from M.?maripaludis with a C terminal 6 x HIS tag (cloned from M.?maripaludis Strain S2 derivative MM901) behind a T7 promoter
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): delta iscR / 参照: UniProt: P0CW57

-
非ポリマー , 9種, 1366分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 % / 解説: Fragment from a thick brown plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 13 mg/ml with 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 13 mg/ml with 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. Crystallisation was done anaerobically in a Coy tent containing N2/H2 (97:3%) atmosphere. The screening was done at 20 degrees Celsius on 96-Well MRC 2-drop polystyrene (SWISSCI) plates containing 90 ul of crystallisation solution. The crystallisation solution in which crystals were obtained contained 20 % w/v polyethylene glycol 3000, 100 mM Tris pH 7.0 and 200 mM calcium acetate. The crystal was soaked in the crystallisation solution supplemented with 20% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 % / 解説: Fragment from a thick brown plate

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 13 mg/ml with 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→78.82 Å / Num. obs: 94344 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.79 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4718 / CC_1/2: 0.468 / R_pim(I) all: 0.511 / R_rim(I) all: 1.336 / % possible all: 57.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.89 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 36.09 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Translation-libration screw was used during refinement. The model was refined with riding hydrogens that were omitted in the final deposited model.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	4771	5.06 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1618	94335	73.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8531	0	205	1343	10079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	12055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.987	3340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1342
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.73	0.3647	16	0.2566	242	X-RAY DIFFRACTION	4
1.73-1.77	0.3594	15	0.2588	574	X-RAY DIFFRACTION	9
1.77-1.8	0.1694	53	0.2428	973	X-RAY DIFFRACTION	15
1.8-1.84	0.2459	63	0.2356	1439	X-RAY DIFFRACTION	22
1.84-1.88	0.2611	102	0.2261	2248	X-RAY DIFFRACTION	35
1.88-1.92	0.2258	175	0.2169	3035	X-RAY DIFFRACTION	48
1.92-1.97	0.2352	227	0.2068	3993	X-RAY DIFFRACTION	62
1.97-2.02	0.2425	220	0.1996	4834	X-RAY DIFFRACTION	76
2.02-2.08	0.2474	269	0.1854	5482	X-RAY DIFFRACTION	85
2.08-2.15	0.2114	299	0.1793	5801	X-RAY DIFFRACTION	91
2.15-2.22	0.2223	271	0.1734	6068	X-RAY DIFFRACTION	95
2.22-2.31	0.1868	339	0.1679	6076	X-RAY DIFFRACTION	95
2.31-2.42	0.1776	319	0.159	6098	X-RAY DIFFRACTION	95
2.42-2.55	0.211	341	0.159	6078	X-RAY DIFFRACTION	95
2.55-2.71	0.1829	316	0.1504	6074	X-RAY DIFFRACTION	95
2.71-2.91	0.1776	299	0.1545	6135	X-RAY DIFFRACTION	95
2.91-3.21	0.1799	329	0.1489	6072	X-RAY DIFFRACTION	95
3.21-3.67	0.165	316	0.1382	6130	X-RAY DIFFRACTION	95
3.67-4.62	0.1365	330	0.1302	6153	X-RAY DIFFRACTION	95
4.63-46.89	0.1926	302	0.1689	6229	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8165	0.1191	-0.1244	0.4981	-0.0132	0.5647	0.0252	-0.0108	0.0341	-0.0137	-0.0134	-0.0311	-0.0273	0.0215	-0.0107	0.1207	-0.0104	-0.0027	0.1333	-0.006	0.1119	56.5252	64.57	53.5461
2	5.5366	1.5616	1.4003	1.572	0.9332	0.7776	-0.012	-0.1866	0.1035	0.0445	-0.0397	0.1736	-0.0602	-0.0399	0.0792	0.1339	-0.0038	0.0463	0.1166	0.0024	0.102	42.8442	65.4156	63.9577
3	2.1797	0.1396	-0.2317	1.7906	-0.2989	1.9574	-0.0739	-0.2886	0.3393	0.2217	0.0553	0.1021	-0.2694	-0.0681	-0.0518	0.1366	0.0252	-0.0104	0.1037	-0.0372	0.1551	69.5087	26.3117	77.5163
4	1.3812	-0.1865	0.032	0.4281	-0.0198	0.8155	-0.0174	0.1394	0.1007	-0.0312	0.0139	-0.0118	-0.0279	0.0238	0.0078	0.0954	-0.0127	0.0096	0.0977	0.0203	0.0999	67.7486	19.924	64.0512
5	3.0905	0.0442	-0.3978	1.0551	-0.7247	1.7267	0.0148	-0.1435	-0.0543	-0.0083	0.0301	0.0895	-0.0297	0.0053	-0.0416	0.0839	0.0144	0.0105	0.059	-0.0057	0.0721	29.8777	44.9329	53.6852
6	8.8454	-6.4813	0.2505	6.6125	-1.0987	1.0789	-0.0296	-0.3441	0.3301	0.1227	-0.1839	-0.3135	0.1042	-0.0216	0.2036	0.1842	-0.0009	-0.0313	0.1728	-0.0427	0.123	38.8849	41.3057	68.5209
7	7.5887	-3.4116	4.3067	1.5421	-1.9344	2.4426	-0.1929	-0.5203	-0.2998	0.2363	0.345	0.1494	-0.143	-0.3392	-0.1355	0.1692	0.0172	0.0036	0.1568	0.0201	0.1747	36.7947	32.6415	68.2505
8	0.6587	0.1115	0.1322	0.7888	-0.543	0.8087	0.0186	0.0833	-0.0843	-0.0254	-0.0111	-0.0352	0.0107	0.0958	-0.0148	0.1131	0.0125	-0.0003	0.1094	-0.0188	0.1161	38.656	43.9579	47.3752
9	1.3824	-0.3078	-0.3956	1.1352	0.227	1.6182	-0.0131	-0.0559	0.0628	0.0089	0.057	0.0801	-0.1045	-0.0742	-0.053	0.0801	0.012	-0.0115	0.0907	0.0187	0.0894	22.1921	53.5058	50.6542
10	1.5094	1.7196	-0.2047	4.8097	0.6528	1.8324	-0.185	0.2123	0.1095	-0.4866	0.2589	-0.023	-0.1792	0.177	-0.066	0.1134	0.0126	-0.0282	0.1571	0.0133	0.1046	39.8078	56.7991	35.276
11	0.9673	-0.7064	0.3193	1.5253	-0.0464	0.9512	0.0494	0.0665	-0.044	-0.1023	-0.0343	0.0702	0.0725	0.0383	-0.0179	0.1075	-0.0189	-0.0033	0.0873	-0.0041	0.073	40.9763	5.0472	63.0614
12	3.6413	-4.5926	1.0087	9.8597	-1.3076	0.3639	-0.0389	0.1635	0.1997	-0.1109	-0.1041	0.3976	-0.0407	-0.0729	0.1185	0.1928	-0.0363	-0.0056	0.1207	0.0177	0.1485	29.3822	13.906	57.7056
13	0.9219	-0.0868	0.5051	1.3715	-0.2713	0.8788	0.0185	-0.0812	0.0129	0.0294	0.0021	0.0928	0.0157	-0.1179	-0.0114	0.0864	-0.021	0.0116	0.0919	-0.0018	0.0729	39.9771	10.9427	69.6526
14	0.8428	0.2276	0.0564	0.832	0.6142	1.8761	0.0942	-0.0235	-0.1205	-0.0123	-0.0332	-0.0957	0.1883	0.0321	-0.0652	0.1434	0.0058	-0.0022	0.0834	0.0271	0.1275	51.1978	-2.3486	73.1633
15	4.0952	0.9315	-0.8165	1.1806	-0.3297	2.0212	0.0578	-0.2431	-0.3259	0.1027	-0.0809	-0.3326	-0.0101	0.22	0.0381	0.1346	-0.0056	-0.0331	0.0749	0.0271	0.1762	60.2415	2.8434	81.9343
16	2.2436	0.4051	0.3099	1.7627	-0.2564	2.3352	0.002	0.1685	-0.1607	-0.2304	0.0394	-0.2099	0.1722	0.188	-0.0356	0.1251	0.0015	0.0329	0.1374	-0.0149	0.0935	63.7665	61.4307	44.2703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 80 through 248 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 249 through 280 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 2 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 80 through 279 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2 through 49 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 66 through 79 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 80 through 203 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 248 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 249 through 281 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 65 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 66 through 79 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 80 through 154 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 155 through 248 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 249 through 281 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2 through 79 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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