PDB-8q5w: MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q5w

タイトル

MgADP-bound Fe protein of the molybdenum nitrogenase from Methanocaldococcus infernus

要素

Nitrogenase iron protein

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / nitrogenase / electron donor / ATPase / [4Fe-4S]-cluster / electron transfer / conformational changes / methanogenic archaea / hyperthermophile / oxidoreductase / O2-sensitivity / N2-fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

: / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus infernus ME (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Maslac, N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural comparison of (hyper-)thermophilic nitrogenase reductases from three marine Methanococcales.
著者: Maslac, N. / Cadoux, C. / Bolte, P. / Murken, F. / Gu, W. / Milton, R.D. / Wagner, T.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8q5w_validation.pdf.gz	13.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q5w_full_validation.pdf.gz	13.8 MB	表示
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CIF形式データ	8q5w_validation.cif.gz	145.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8q50C 8q5tC 8q5vC 8q5xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Nitrogenase iron protein

B: Nitrogenase iron protein

C: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

E: Nitrogenase iron protein

F: Nitrogenase iron protein

G: Nitrogenase iron protein

H: Nitrogenase iron protein

I: Nitrogenase iron protein

J: Nitrogenase iron protein

K: Nitrogenase iron protein

L: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

383 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Nitrogenase iron protein

B: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
63.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nitrogenase iron protein

D: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

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63.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Nitrogenase iron protein

F: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

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63.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Nitrogenase iron protein

H: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

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63.8 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Nitrogenase iron protein

J: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

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63.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Nitrogenase iron protein

L: Nitrogenase iron protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	147.948, 156.729, 206.454
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Nitrogenase iron protein 分子量: 31148.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanocaldococcus infernus ME (メタン生成菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: ME / 組織: / / 参照: UniProt: D5VUA1

-
非ポリマー , 8種, 93分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 % / 解説: Brown pyramid
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 18.3 mg/ml with 2 mM ADP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 18.3 mg/ml with 2 mM ADP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. Crystallisation was done anaerobically in a Coy tent containing N2/H2 (97:3%) atmosphere. The screening was done at 20 degrees Celsius on 96-Well MRC 2-drop polystyrene (SWISSCI) plates containing 90 ul of crystallisation solution. The crystallisation solution in which crystals were obtained contained 20 % w/v polyethylene glycol 3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5 and 200 mM sodium nitrate. Sealed plates were stored inside the same anaerobic chamber where the crystallisation was performed. The crystals in complex with MgADP were soaked in the crystallisation solution supplemented with 20% ethylene glycol prior to freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 % / 解説: Brown pyramid

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The purified protein was crystallised at a final concentration of 18.3 mg/ml with 2 mM ADP and 2 mM MgCl2 by spotting 0.7 ul of crystallisation solution with 0.7 ul of protein sample. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→120.26 Å / Num. obs: 91224 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 79.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.49→2.83 Å / 冗長度: 19.3 % / R_merge(I) obs: 2.314 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4487 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.529 / R_rim(I) all: 2.375 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→49.26 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Translation-libration screw was used during refinement. The model was refined with riding hydrogens that were omitted in the final deposited model.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	4417	4.85 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.222	91144	54.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→49.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25660	0	464	41	26165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	26575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	35852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.476	10080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	3942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.52	0.4044	8	0.335	77	X-RAY DIFFRACTION	2
2.52-2.55	0.5484	11	0.3796	136	X-RAY DIFFRACTION	3
2.55-2.58	0.4817	24	0.3369	214	X-RAY DIFFRACTION	4
2.58-2.61	0.3523	18	0.3559	287	X-RAY DIFFRACTION	6
2.61-2.65	0.3998	21	0.3401	349	X-RAY DIFFRACTION	7
2.65-2.68	0.6342	22	0.3737	452	X-RAY DIFFRACTION	9
2.68-2.72	0.3666	30	0.3601	564	X-RAY DIFFRACTION	11
2.72-2.76	0.2584	34	0.3284	701	X-RAY DIFFRACTION	13
2.76-2.81	0.3509	61	0.3608	934	X-RAY DIFFRACTION	18
2.81-2.85	0.4535	50	0.3527	1212	X-RAY DIFFRACTION	23
2.85-2.9	0.348	79	0.3532	1397	X-RAY DIFFRACTION	27
2.9-2.95	0.3814	73	0.3357	1606	X-RAY DIFFRACTION	30
2.95-3.01	0.3147	89	0.3221	1928	X-RAY DIFFRACTION	37
3.01-3.07	0.3393	122	0.3214	2394	X-RAY DIFFRACTION	45
3.07-3.14	0.3267	159	0.3199	2943	X-RAY DIFFRACTION	56
3.14-3.21	0.3227	181	0.3048	3594	X-RAY DIFFRACTION	68
3.21-3.29	0.3308	199	0.2936	3961	X-RAY DIFFRACTION	75
3.29-3.38	0.3346	213	0.277	4380	X-RAY DIFFRACTION	82
3.38-3.48	0.306	148	0.281	2761	X-RAY DIFFRACTION	52
3.48-3.59	0.285	272	0.2554	5200	X-RAY DIFFRACTION	98
3.59-3.72	0.284	209	0.2649	4342	X-RAY DIFFRACTION	82
3.72-3.87	0.2737	261	0.2356	5287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.05	0.2625	223	0.2257	4141	X-RAY DIFFRACTION	78
4.05-4.26	0.2355	259	0.2051	5339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.53	0.2119	268	0.1845	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.87	0.2027	252	0.172	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.36	0.2138	272	0.1894	5373	X-RAY DIFFRACTION	100
5.36-6.14	0.2279	269	0.2078	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
6.14-7.73	0.2154	273	0.2096	5453	X-RAY DIFFRACTION	100
7.73-49.26	0.1822	317	0.1816	5574	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9678	0.0101	-0.4786	3.8597	-0.9249	3.5979	0.0204	-0.5813	0.7099	1.1813	-0.3848	0.8279	-0.1334	0.1689	0.2744	0.6311	-0.0585	0.1473	0.4387	-0.0239	0.5879	-4.0885	120.6447	28.1907
2	2.6132	-0.8303	-0.3889	4.9364	-1.1139	3.1892	0.1546	-0.4986	0.1789	0.9713	-0.2233	0.7339	0.0025	0.0367	0.0764	0.7915	-0.1095	0.2102	0.5491	-0.0648	0.4277	-11.0526	104.5061	36.1773
3	1.8506	1.5611	0.0061	3.2897	-0.628	4.0228	0.3407	-0.4773	0.2334	1.8377	-0.158	1.3118	-0.3269	-0.2721	-0.1154	0.7771	-0.1074	0.3719	0.7336	-0.0497	0.7036	-17.2052	105.5373	38.8688
4	8.5987	-7.2002	-6.347	5.9197	5.8284	4.9562	-0.0239	-0.1082	0.4425	0.6067	0.0123	-0.4631	0.1006	0.3666	-0.0218	0.5946	-0.0844	0.0788	0.6879	0.0433	0.3474	-20.1099	65.126	37.0669
5	3.2486	0.753	-0.4218	6.3474	-3.2842	6.7104	0.028	0.4388	0.1908	-0.1355	0.21	1.0047	-0.0268	-0.7937	-0.2088	0.3755	-0.1161	0.0093	0.6332	-0.0243	0.411	-28.6938	59.9497	27.8415
6	2.1458	-1.5102	-0.2049	3.3984	-0.8551	2.8565	-0.0215	0.207	0.2291	0.4483	0.0346	0.328	-0.0658	-0.3209	-0.0326	0.5138	-0.0299	-0.0007	0.523	0.0013	0.3543	-19.5373	64.6578	30.4091
7	4.3101	0.1935	0.3496	1.3507	0.7613	4.8571	-0.1447	-0.5138	-0.5829	0.354	0.0941	0.0259	0.4424	0.0249	0.0593	0.6767	0.0137	0.1191	0.4683	0.1007	0.3316	-13.9252	49.3322	38.7672
8	3.4188	-1.5759	1.0736	4.4667	-0.0128	0.1633	0.0981	0.3839	0.1592	-0.3792	-0.4787	-0.4132	-0.2803	0.171	0.3509	0.5886	-0.032	0.0317	0.4826	0.0792	0.3016	6.0066	52.3062	11.0032
9	4.7177	-1.8894	-2.114	4.0594	4.8382	7.2071	-0.2113	0.0889	0.8128	0.3404	0.0172	-0.2381	-0.5146	0.1613	0.0692	0.5461	-0.0237	-0.0736	0.3335	0.1143	0.7675	15.0378	63.8687	21.0217
10	9.284	-6.1562	-4.9535	6.4258	4.5744	3.0293	0.1458	-0.5324	0.4485	-0.2997	0.2974	-0.3916	-0.1546	0.5094	-0.3593	0.5451	0.022	-0.105	0.3419	0.039	0.4185	7.1506	59.9496	19.4178
11	3.3547	-1.0342	0.6469	2.1151	-0.0408	0.7776	0.1397	0.5897	0.2478	-0.4057	-0.1662	-0.1741	0.1855	-0.2139	0.034	0.5386	-0.0182	0.0157	0.5096	0.0001	0.2008	-2.0589	59.6285	10.6704
12	5.9761	1.2079	-1.2405	2.2467	0.2623	1.8957	0.3297	0.6018	-0.3265	0.8186	-0.2679	-0.1809	-0.222	0.0849	-0.1867	0.612	0.0109	-0.0449	0.5758	-0.1459	0.3402	-8.7721	50.4245	7.8571
13	5.8101	-1.069	1.8916	1.4365	-0.2998	0.7484	0.272	0.2991	-0.6714	-0.3158	-0.0809	0.1889	0.5128	-0.1437	-0.1333	0.6891	-0.0773	0.0538	0.4471	-0.1527	0.4041	-0.2799	39.8868	11.8671
14	7.5559	0.6548	-1.9415	3.5586	-0.2496	5.1596	0.3197	0.5473	-0.5785	-0.3992	-0.3407	0.4036	0.4277	-0.7663	0.0629	0.611	-0.0006	-0.1362	0.5702	-0.1993	0.4677	-17.9107	47.2335	8.1761
15	7.047	-1.3329	-1.4578	0.7157	0.5199	1.6959	-0.0617	0.3292	0.5478	0.1168	0.1069	0.1993	-0.1615	-0.1422	-0.0412	0.603	0.0393	0.0314	0.3318	0.0126	0.3925	39.559	46.8314	15.7317
16	3.8808	0.5868	-0.3531	2.7601	0.1598	2.3034	-0.073	0.5085	-0.1662	0.0015	0.0431	0.1428	0.2568	-0.0823	0.0279	0.649	0.0665	0.0756	0.4228	-0.0871	0.3116	32.8523	36.1118	10.9624
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59	1.9244	0.5121	-1.2901	4.9008	-1.2816	4.8255	0.3231	-0.2437	0.5548	0.5063	-0.0678	0.4964	-0.3707	-0.0938	-0.266	0.4816	0.0478	0.0879	0.4477	-0.0317	0.456	29.5374	133.4651	40.7842
60	9.6079	0.0615	-3.5655	8.3039	0.397	6.895	-0.7935	1.309	0.5668	-1.9635	0.2208	-0.5898	0.2938	-0.392	0.2401	0.6873	0.0546	0.0369	0.3208	0.128	0.4916	0.1481	95.3573	6.0144
61	4.2146	3.6782	0.4638	6.8867	-0.1675	0.1051	-0.0731	-0.1338	-0.3984	-0.2484	-0.2871	-0.6047	0.0819	0.2705	0.3363	0.5353	0.12	0.065	0.509	0.1403	0.2963	-4.3227	85.832	12.6357
62	5.4801	4.7412	-1.1592	5.8404	1.4027	3.2193	0.1025	-0.3229	-0.4837	0.1499	-0.3331	-1.2914	-0.1955	0.2394	0.2599	0.4265	-0.0201	-0.0984	0.528	0.2008	0.6467	8.5531	87.745	23.761
63	2.574	-0.3889	0.9851	8.0634	2.7199	1.2341	0.4151	-0.1025	0.0169	0.2131	-0.1768	-1.8263	0.102	0.3082	-0.2508	0.4697	-0.0457	-0.0086	0.5109	0.2059	0.6229	8.61	88.8666	18.3004
64	1.4126	-0.7433	1.171	6.9619	0.3981	3.044	-0.2247	0.2926	-0.007	-0.1058	0.0342	-1.0797	0.1802	0.3567	0.1806	0.3858	-0.0628	0.0455	0.3728	0.1091	0.5028	5.6192	94.7104	10.9932
65	3.5526	0.6934	1.2682	3.2536	0.5551	4.2803	0.1124	0.2607	0.4322	-0.7141	-0.3102	0.1335	-0.1627	0.3019	0.1694	0.4807	0.0478	-0.0799	0.4461	0.1623	0.3246	-6.6685	104.4471	9.8635
66	9.9725	2.0927	-3.3366	4.8032	-0.0678	4.3631	0.8271	-0.035	0.1863	0.0303	-0.6672	0.0707	-0.5184	0.2364	-0.1381	0.5754	0.0754	-0.1024	0.4925	0.1122	0.4087	-11.922	100.9767	7.2485
67	1.6743	-0.8388	1.2815	3.838	-2.0813	1.8907	-0.041	-0.1213	0.1645	0.0563	0.1716	0.4779	-0.1802	-0.4058	-0.1274	0.373	0.0346	-0.0767	0.5233	-0.0098	0.4054	-16.9473	88.3371	10.8805
68	1.8946	1.2393	-0.4185	3.19	0.3124	0.5456	0.22	0.4303	0.1975	-0.8453	-0.6359	1.4146	-0.6952	-0.8395	0.1588	0.4451	0.1735	-0.1942	0.7018	0.06	0.7715	-18.8566	107.7087	6.6934
69	4.1154	-2.1369	-2.1719	4.4585	-0.1811	5.3034	0.3676	-0.1984	0.8934	1.1385	-0.1472	1.392	-0.7067	0.2693	-0.1717	0.747	-0.0439	0.2739	0.469	-0.1078	0.8198	-14.2865	119.568	32.8382
70	2.6161	0.0014	-3.279	0.1025	-0.3972	5.2729	0.2786	0.6374	1.4067	1.5785	0.1533	1.0808	-0.9365	-0.3422	-0.3745	0.9642	0.0472	0.277	0.5326	0.0512	1.1535	-9.494	129.775	23.8564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'J' and (resid 96 through 140 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'J' and (resid 141 through 230 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'J' and (resid 231 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'K' and (resid 2 through 22 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'K' and (resid 23 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'K' and (resid 78 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'K' and (resid 179 through 282 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 3 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 58 through 87 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 88 through 105 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 106 through 178 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 179 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 200 through 256 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 257 through 282 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 2 through 105 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 106 through 199 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 200 through 281 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 3 through 36 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 37 through 57 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 58 through 87 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 88 through 105 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 106 through 162 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 163 through 178 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 179 through 199 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 200 through 256 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 257 through 282 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 2 through 22 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 23 through 95 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 96 through 140 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 141 through 162 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 163 through 199 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 200 through 223 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 224 through 256 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 257 through 280 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 4 through 57 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 58 through 87 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 88 through 178 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 179 through 280 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 4 through 57 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 58 through 105 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 106 through 140 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 141 through 256 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 257 through 282 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 3 through 256 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 257 through 282 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 2 through 22 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 23 through 52 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 53 through 73 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 74 through 140 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 141 through 199 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 200 through 256 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 257 through 282 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 3 through 36 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 37 through 57 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 58 through 87 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 88 through 119 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 120 through 178 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 179 through 199 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 200 through 282 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 2 through 22 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 23 through 57 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 58 through 73 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 74 through 105 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resid 106 through 140 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'I' and (resid 141 through 178 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'I' and (resid 179 through 199 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 200 through 256 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 257 through 281 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 3 through 65 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'J' and (resid 66 through 95 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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