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- PDB-8q1x: Structural analysis of PLD3 reveals insights into the mechanism o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q1x
タイトルStructural analysis of PLD3 reveals insights into the mechanism of lysosomal 5' exonuclease-mediated nucleic acid degradation
要素5'-3' exonuclease PLD3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PLD3 / structural biology / lysosome / DNA/RNA degradation / phospholipase D / 5' exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / late endosome membrane ...spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response / lysosomal membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
PLD-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / THYMIDINE-5'-THIOPHOSPHATE / 5'-3' exonuclease PLD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Roske, Y. / Daumke, O. / Damme, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Alzheimer Forschung Initiative e.V. ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of PLD3 reveals insights into the mechanism of lysosomal 5' exonuclease-mediated nucleic acid degradation.
著者: Roske, Y. / Cappel, C. / Cremer, N. / Hoffmann, P. / Koudelka, T. / Tholey, A. / Heinemann, U. / Daumke, O. / Damme, M.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exonuclease PLD3
B: 5'-3' exonuclease PLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,48736
ポリマ－96,3802
非ポリマー6,10634
水18,6281034
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.535, 115.452, 101.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5'-3' exonuclease PLD3


分子量: 48190.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IV08

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 1064分子

#4: 化合物
ChemComp-PST / THYMIDINE-5'-THIOPHOSPHATE / チミジン5′-チオりん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 338.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7PS
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1034 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.02 M NaI, 0.9 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.55 Å / Num. obs: 111313 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.05 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 8.13
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Num. unique obs: 17357 / CC1/2: 0.417 / Rrim(I) all: 0.1849

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→35.78 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 2100 1.89 %
Rwork0.1738 --
obs0.1743 111276 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 0 341 1034 7933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1511116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.49811270.41616611X-RAY DIFFRACTION90
1.9-1.940.36861410.34927302X-RAY DIFFRACTION99
1.94-20.32461400.29937292X-RAY DIFFRACTION99
2-2.050.28791410.27587356X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.27971410.24797302X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20.24731420.22487369X-RAY DIFFRACTION99
2.2-2.280.26071400.20357304X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.390.26631390.18987214X-RAY DIFFRACTION98
2.39-2.510.2061410.17427345X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.670.20191410.16817335X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.880.2041430.15947403X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.16751410.15137343X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.630.16021390.14437224X-RAY DIFFRACTION97
3.63-4.570.14351420.1227365X-RAY DIFFRACTION99
4.57-35.780.15151420.14197411X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4210.5263-3.31011.3824-0.88344.0271-0.06440.4507-0.0652-0.1497-0.00610.2066-0.2329-0.67160.06320.39930.0658-0.10270.3211-0.02810.309-17.5178-11.027722.1996
20.8811-0.00490.12971.5956-0.09961.7754-0.0171-0.01350.2119-0.0796-0.0278-0.0054-0.5520.06030.04340.42110.0049-0.03530.1863-0.01480.2213-1.9605-1.525526.0805
33.95711.77931.03261.88420.39351.1334-0.0653-0.27930.10980.2441-0.0293-0.0028-0.2444-0.0440.09250.38050.0179-0.00110.298-0.03660.2141-5.2609-11.969643.5013
41.1017-0.4274-0.51812.62440.98432.25950.0521-0.0388-0.10290.0777-0.02190.02150.0608-0.0514-0.02890.19580.0193-0.03550.14590.01850.1498-6.5155-26.75929.8071
50.9815-0.1581-0.12211.65920.13151.7506-0.00410.104-0.0417-0.3284-0.03310.1220.0113-0.09120.03120.2680.0283-0.05190.1664-0.0070.18-6.4964-23.550917.4555
67.090.89140.1782.5964-2.38567.02420.05850.6341-0.1599-0.8694-0.4357-0.34380.38730.52780.34690.57870.04830.02010.29250.0130.25530.3689-24.62053.5297
72.07940.1631.2481.40090.00063.33870.04110.1546-0.2182-0.14080.009-0.15840.41970.2127-0.03460.35780.05360.01850.1507-0.01350.254211.9037-73.818125.9484
81.1569-0.4975-0.31723.42060.92492.92090.0246-0.0836-0.35550.0167-0.02710.21880.7744-0.28940.01230.4603-0.0878-0.01040.24980.03080.2822-0.9088-78.503932.0562
91.15830.3670.13161.30520.26630.85430.0705-0.1898-0.10950.1284-0.0627-0.09070.26550.0658-0.00690.33470.0134-0.02790.23890.02870.23199.9564-66.536638.1169
102.8194-1.447-0.67894.63710.43065.513-0.0394-0.1168-0.16690.2305-0.01570.38610.1064-0.3674-0.01680.1892-0.00060.0350.10490.0120.15353.7606-50.105526.9453
113.86850.45812.05773.86142.17913.6489-0.08390.20970.2858-0.3079-0.001-0.1523-0.25310.12970.05830.30870.01840.02510.17440.05320.18036.5607-45.350618.0392
120.64680.15840.29911.4740.18152.87060.00610.137-0.0457-0.3065-0.0029-0.04610.08010.0410.0060.25920.02130.03260.1406-0.00120.18188.4358-59.115917.5598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 104 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 237 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 238 through 278 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 279 through 356 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 357 through 469 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 470 through 493 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 72 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 139 through 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 204 through 306 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 307 through 343 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 344 through 392 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 393 through 492 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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