PDB-8q1f: D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus la...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q1f

タイトル

D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with native beta-glucose 1,6-bisphosphate intermediate

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / mutase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.01 Å

データ登録者

Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

資金援助

メキシコ,

英国, 3件

組織	認可番号	国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)	472448	メキシコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M021637/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S007965/1	英国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase.
著者: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

履歴

登録	2023年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q1f.cif.gz	274.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q1f.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q1f_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q1f_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	8q1f_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	8q1f_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q1cC 8q1dC 8q1eC 5ok1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.023, 79.663, 79.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.614, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Beta-phosphoglucomutase

分子量: 24212.572 Da / 分子数: 2 / 変異: D10N and P146A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: JCM5805K_2499 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7T4I1

#2: 糖

ChemComp-B16 / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 496分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 % / 解説: needles
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.6 mM bPGM-D10N,P146A 50 mM MgCl2 10 mM bG16BP 28% PEG 4000 100 mM sodium acetate 100 mM tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.01→39.83 Å / Num. obs: 166355 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 7.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 1.01→1.03 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1151 / CC_1/2: 0.743 / R_pim(I) all: 0.386

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.01→39.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.698 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1348	8222	4.944 %
R_work	0.1152	158091	-
all	0.116	-	-
obs	-	166313	80.296 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.047 Å²	0 Å²	0.046 Å²
2-	-	0.618 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.01→39.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3412	0	67	485	3964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.637	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.519	1.576	8392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.525	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.599	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.209	10	673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.984	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	28.835	3	7286

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.01-1.036	0.295	99	0.278	2035	X-RAY DIFFRACTION	13.9241
1.036-1.065	0.238	201	0.225	4309	X-RAY DIFFRACTION	30.3479
1.065-1.096	0.194	335	0.184	6532	X-RAY DIFFRACTION	47.5455
1.096-1.129	0.165	506	0.149	8502	X-RAY DIFFRACTION	64.2007
1.129-1.166	0.143	544	0.124	10788	X-RAY DIFFRACTION	83.0792
1.166-1.207	0.124	646	0.106	11925	X-RAY DIFFRACTION	95.1556
1.207-1.253	0.125	550	0.105	11743	X-RAY DIFFRACTION	96.8487
1.253-1.304	0.13	604	0.103	11327	X-RAY DIFFRACTION	97.2847
1.304-1.362	0.132	590	0.099	10931	X-RAY DIFFRACTION	97.7599
1.362-1.428	0.127	552	0.092	10490	X-RAY DIFFRACTION	98.1424
1.428-1.505	0.113	523	0.087	10028	X-RAY DIFFRACTION	98.497
1.505-1.596	0.115	523	0.081	9485	X-RAY DIFFRACTION	98.708
1.596-1.706	0.112	479	0.084	8935	X-RAY DIFFRACTION	99.1052
1.706-1.843	0.13	409	0.093	8383	X-RAY DIFFRACTION	99.5133
1.843-2.018	0.123	395	0.101	7738	X-RAY DIFFRACTION	99.6203
2.018-2.256	0.129	376	0.106	7029	X-RAY DIFFRACTION	99.919
2.256-2.603	0.141	321	0.124	6205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-3.185	0.147	256	0.136	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.185-4.49	0.14	210	0.127	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-39.83	0.159	103	0.171	2326	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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