PDB-8q1e: D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus la...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q1e

タイトル

D10N,P146A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with fructose 1,6-bisphosphate

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / mutase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

資金援助

メキシコ,

英国, 3件

組織	認可番号	国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)	472448	メキシコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M021637/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S007965/1	英国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase.
著者: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P.

履歴

登録	2023年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q1e.cif.gz	136.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q1e.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q1e_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q1e_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8q1e_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	8q1e_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q1cC 8q1dC 8q1fC 5ok1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.120, 83.757, 38.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.661, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Beta-phosphoglucomutase

分子量: 24212.572 Da / 分子数: 1 / 変異: D10N and P146A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: JCM5805K_2499 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7T4I1

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.16 % / 解説: needles
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.6 mM bPGM-D10N,P146A 50 mM MgCl2 50 mM F16BP 32 % PEG 4000 100 mM sodium acetate 100 mM tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9227 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9227 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→83.76 Å / Num. obs: 55719 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2694 / CC_1/2: 0.315 / R_pim(I) all: 0.953 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.23→41.913 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 2.856 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	2670	4.795 %
R_work	0.1516	53014	-
all	0.154	-	-
obs	-	55684	99.898 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.606 Å²	-0 Å²	0.505 Å²
2-	-	0.069 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.122 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→41.913 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1706	0	27	127	1860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.635	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.42	1.574	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.271	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.84	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.922	10	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.827	10	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	20.112	3	3494

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.23-1.262	0.363	183	0.342	3835	0.343	4075	0.895	0.907	98.6012	0.35
1.262-1.296	0.344	179	0.333	3856	0.333	4035	0.902	0.908	100	0.34
1.296-1.334	0.33	229	0.321	3669	0.321	3898	0.912	0.913	100	0.328
1.334-1.375	0.316	177	0.301	3586	0.302	3763	0.918	0.929	100	0.307
1.375-1.42	0.265	189	0.269	3496	0.269	3685	0.95	0.945	100	0.273
1.42-1.469	0.268	151	0.242	3406	0.243	3557	0.946	0.955	100	0.241
1.469-1.525	0.239	168	0.198	3258	0.2	3426	0.96	0.972	100	0.189
1.525-1.587	0.208	152	0.161	3124	0.163	3276	0.972	0.982	100	0.147
1.587-1.657	0.167	122	0.134	3032	0.136	3154	0.983	0.988	100	0.118
1.657-1.738	0.211	134	0.128	2894	0.131	3028	0.974	0.989	100	0.109
1.738-1.832	0.182	158	0.116	2728	0.12	2886	0.979	0.992	100	0.098
1.832-1.943	0.208	130	0.118	2625	0.122	2755	0.975	0.991	100	0.101
1.943-2.077	0.205	133	0.119	2405	0.123	2538	0.975	0.992	100	0.105
2.077-2.243	0.162	115	0.122	2276	0.125	2391	0.985	0.992	100	0.109
2.243-2.456	0.181	103	0.124	2100	0.127	2203	0.981	0.991	100	0.111
2.456-2.745	0.2	103	0.138	1883	0.142	1986	0.976	0.989	100	0.126
2.745-3.167	0.176	78	0.136	1685	0.137	1763	0.98	0.989	100	0.128
3.167-3.873	0.141	72	0.115	1431	0.116	1503	0.989	0.992	100	0.114
3.873-5.455	0.142	56	0.12	1100	0.121	1156	0.992	0.992	100	0.127
5.455-41.913	0.171	38	0.165	625	0.165	663	0.985	0.984	100	0.188

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