[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8q1d: D10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis i... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q1d | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | D10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis in complex with fructose 1,6-bisphosphate | ||||||||||||
![]() | Beta-phosphoglucomutase | ||||||||||||
![]() | ISOMERASE / mutase / complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Peri active site catalysis of proline isomerisation is the molecular basis of allomorphy in beta-phosphoglucomutase. Authors: Cruz-Navarrete, F.A. / Baxter, N.J. / Flinders, A.J. / Buzoianu, A. / Cliff, M.J. / Baker, P.J. / Waltho, J.P. | ||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 66.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 44.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8q1cC ![]() 8q1eC ![]() 8q1fC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 24238.609 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D10N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: pgmB, LL0429, L0001 / Plasmid: pET22b(+) / Production host: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Sugar | ChemComp-FBP / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.68 % / Description: needles |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 0.6 mM bPGM-D10N 5 mM MgCl2 50 mM fructose 1,6-bisphosphate 38 % PEG 4000 200 mM sodium acetate 100 mM tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→54.429 Å / Num. obs: 20093 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1013 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.379 / % possible all: 99.2 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.344 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→54.429 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|