PDB-8q0e: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Variant Surface Gly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0e

タイトル

Crystal Structure of the N-terminal Domain of Variant Surface Glycoprotein 545 (VSG545) of Trypanosome brucei brucei Lister 427

要素

Variant surface glycoprotein 545

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Glycosylation MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / symbiont-mediated evasion of host immune response / membrane / Variant surface glycoprotein 545

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

van Straaten, M. / Stebbins, C.E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey.
著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2023年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q0e.cif.gz	190.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q0e.ent.gz	149.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ok4C 8ok5C 8ok6C 8ok7C 8ok8C 8onhC 8q0pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein 545

B: Variant surface glycoprotein 545

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.414, 52.284, 305.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Variant surface glycoprotein 545 分子量: 51398.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 参照: UniProt: M4SXB0
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES/NaOH 22 % PEG 8000 and 300 mM Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→46.52 Å / Num. obs: 13575 / % possible obs: 75.58 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.2451 / Net I/σ(I): 5.63
反射シェル	解像度: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 619 / CC_1/2: 0.785 / % possible all: 45.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
pointless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→46.52 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2875	536	5.17 %
R_work	0.2358	-	-
obs	0.2385	10364	75.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3452	0	0	0	3452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.533	4731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.119	486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	616

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.46	0.3578	89	0.3066	1565	X-RAY DIFFRACTION	50
3.46-3.96	0.3528	103	0.2432	2129	X-RAY DIFFRACTION	66
3.96-4.99	0.2545	155	0.208	2769	X-RAY DIFFRACTION	86
4.99-46.52	0.262	189	0.2366	3365	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2	-0.2005	0.0544	0.5746	-0.2206	0.4566	-0.0426	-0.0521	-0.0464	0.2325	0.086	-0.0632	-0.0003	-0.0839	0.0572	0.0568	-0.0368	-0.1455	0.3716	0.304	0.2793	2.462	7.3839	23.9228
2	0.1589	0.057	-0.1089	0.593	0.0668	0.8623	-0.0454	-0.0285	0.0279	0.3906	-0.0447	0.0387	0.1184	-0.0028	-0.07	0.0466	-0.1044	0.0282	0.1862	0.1931	0.2093	9.2131	9.8346	26.2387
3	0.182	0.082	-0.0825	1.4902	-1.4299	1.3695	-0.068	-0.1464	-0.2874	-0.0666	0.0029	-0.0039	0.5481	0.0575	-0.0307	0.7439	-0.0793	0.0309	0.5689	0.1665	0.2545	7.619	-15.5522	75.4801
4	0.2804	0.055	-0.0552	6.9901	-0.0289	0.0555	0.0165	0.1562	0.1759	-0.4721	-0.0247	0.5903	-0.2128	-0.7284	-0.0464	0.4763	-0.0376	-0.074	1.0052	0.1401	0.2836	0.8867	-8.761	51.1752
5	0.093	0.3486	-0.1377	1.9748	-1.8735	2.9739	0.2371	-0.3055	-0.0054	0.4266	0.1246	0.3166	-0.1221	-0.7867	-0.2708	0.571	0.0693	-0.0065	0.7419	0.1577	0.2455	1.9298	-6.1071	76.8614
6	3.0928	0.7852	-0.729	6.4391	-6.7192	7.0104	0.1837	-0.0735	0.7363	0.8406	-0.2174	-0.0768	-1.5944	0.0073	-0.0139	1.0816	-0.0662	0.1083	0.3754	-0.0006	0.3649	7.3034	12.3416	53.7289
7	1.7021	0.1963	0.7483	0.0328	0.2846	6.0325	-0.0458	0.1473	0.1863	-0.0554	-0.205	0.1429	-0.6014	-0.3596	0.3608	0.8509	-0.0542	-0.2613	0.2697	0.0304	0.3319	9.4512	14.1423	36.7214
8	1.1958	0.3416	-0.672	0.5246	0.0233	0.4981	-0.0416	-0.3095	-0.2816	0.2677	-0.1859	-0.1697	0.1507	0.2745	-0.0248	-0.0222	-0.0166	0.0335	0.4003	0.1305	0.2373	20.6333	4.3449	23.56
9	0.2826	0.0523	-0.0031	0.528	-0.0576	0.0019	-0.0222	-0.0905	-0.1054	0.4801	-0.123	-0.0671	-0.0276	0.1336	-0.3726	0.1971	-0.0553	-0.1703	0.2946	0.2314	0.1115	13.5516	-0.3099	44.0373
10	1.732	0.414	0.3174	1.5126	0.8199	3.6552	-0.1308	-0.1871	-0.2892	-0.0441	-0.1207	-0.3689	0.0716	0.6067	0.1906	0.6509	0.0725	-0.0344	0.3162	0.0382	0.3026	19.4443	-8.0753	66.2716
11	0.5715	-0.3312	0.3236	1.4071	-1.3698	2.0397	0.0252	-0.0731	-0.2543	-0.2441	-0.135	-0.1994	0.7275	0.2181	-0.059	0.7841	0.0054	-0.0293	0.5311	0.2284	0.3169	16.2183	-13.6548	62.8649
12	0.6584	0.0971	0.0838	0.9481	-0.2358	1.5233	-0.0243	0.1429	0.0322	-0.1395	-0.0274	-0.155	0.0119	0.0786	0.1539	0.548	-0.026	0.0698	0.2859	0.2935	0.2986	13.1553	-8.1897	30.3147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 133 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 134 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 193 through 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 243 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 273 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 33 through 81 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 82 through 163 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 222 through 272 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 273 through 298 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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