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万見
- PDB-8ok7: Variant Surface Glycoprotein VSG558 NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ok7
タイトルVariant Surface Glycoprotein VSG558 NTD
要素Variant surface glycoprotein 558
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / plasma membrane / Variant surface glycoprotein 558
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Zeelen, J.P. / Stebbins, C.E. / van Straaten, M. / Zhong, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey.
著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein 558
B: Variant surface glycoprotein 558
C: Variant surface glycoprotein 558
D: Variant surface glycoprotein 558
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,11812
ポリマ－179,6974
非ポリマー8,4228
水13,709761
1
A: Variant surface glycoprotein 558
D: Variant surface glycoprotein 558
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8166
ポリマ－89,8482
非ポリマー3,9684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14640 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area31460 Å2
2
B: Variant surface glycoprotein 558
C: Variant surface glycoprotein 558
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3026
ポリマ－89,8482
非ポリマー4,4544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14290 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area30490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.080, 64.120, 155.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 765分子 ABCD

#1: タンパク質
Variant surface glycoprotein 558


分子量: 44924.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: M4T0B2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Ada/NaOH 20 % (w/v) PEG 1500 200 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→53.55 Å / Num. obs: 196293 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.36
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Num. unique obs: 19469 / CC1/2: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.8.7 ELモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→53.55 Å / SU ML: 0.3456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.0682
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 9780 5.04 %
Rwork0.2378 184077 -
obs0.239 193857 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→53.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10900 0 565 761 12226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006411754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.920815893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2481912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01042057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.49474546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.760.5662590.53855539X-RAY DIFFRACTION89.64
1.76-1.780.55912750.51295883X-RAY DIFFRACTION93.5
1.78-1.80.49042880.47895915X-RAY DIFFRACTION96.65
1.8-1.830.4693410.46555899X-RAY DIFFRACTION95.35
1.83-1.850.44813200.44626030X-RAY DIFFRACTION97.12
1.85-1.870.44933150.41116085X-RAY DIFFRACTION98.6
1.87-1.90.41413260.38746063X-RAY DIFFRACTION98.63
1.9-1.930.37133520.38216130X-RAY DIFFRACTION98.96
1.93-1.960.36923500.37056108X-RAY DIFFRACTION99.2
1.96-1.990.38743400.37016130X-RAY DIFFRACTION99.37
1.99-2.030.3913600.35466129X-RAY DIFFRACTION99.49
2.03-2.060.36942940.30966194X-RAY DIFFRACTION99.56
2.06-2.10.31073480.29036141X-RAY DIFFRACTION99.75
2.1-2.150.30713120.2856185X-RAY DIFFRACTION99.74
2.15-2.190.28473500.2586142X-RAY DIFFRACTION99.65
2.19-2.240.25533410.25216160X-RAY DIFFRACTION99.51
2.24-2.30.26663140.25386202X-RAY DIFFRACTION99.74
2.3-2.360.27873270.24976180X-RAY DIFFRACTION99.68
2.36-2.430.27463160.24296206X-RAY DIFFRACTION99.8
2.43-2.510.28483110.24896201X-RAY DIFFRACTION99.72
2.51-2.60.25383430.25016162X-RAY DIFFRACTION99.71
2.6-2.70.26843180.24316229X-RAY DIFFRACTION99.73
2.7-2.830.27233240.2326221X-RAY DIFFRACTION99.65
2.83-2.980.25532870.22526232X-RAY DIFFRACTION99.83
2.98-3.160.24353670.22856211X-RAY DIFFRACTION99.94
3.16-3.410.24113550.21146223X-RAY DIFFRACTION99.91
3.41-3.750.20673450.19536243X-RAY DIFFRACTION99.89
3.75-4.290.22513240.1766300X-RAY DIFFRACTION99.91
4.29-5.40.1793400.16966292X-RAY DIFFRACTION99.91
5.41-53.550.20883380.19176442X-RAY DIFFRACTION99.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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