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- PDB-8q0e: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Variant Surface Gly... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q0e | ||||||
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Title | Crystal Structure of the N-terminal Domain of Variant Surface Glycoprotein 545 (VSG545) of Trypanosome brucei brucei Lister 427 | ||||||
![]() | Variant surface glycoprotein 545 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Glycosylation MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / plasma membrane / Variant surface glycoprotein 545![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Straaten, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey. Authors: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 149.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ok4C ![]() 8ok5C ![]() 8ok6C ![]() 8ok7C ![]() 8ok8C ![]() 8onhC ![]() 8q0pC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 51398.906 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: 100 mM MES/NaOH 22 % PEG 8000 and 300 mM Li2SO4 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→46.52 Å / Num. obs: 13575 / % possible obs: 75.58 % / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2451 / Net I/σ(I): 5.63 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 619 / CC1/2: 0.785 / % possible all: 45.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→46.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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