+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pxb | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of horse NHE9 with a extracellular loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Sodium/hydrogen exchanger 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Na+/H+ exchanger / membrane protein / SLC9A9 / ion transporter | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() phagosome maturation / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / early phagosome / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome ...phagosome maturation / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / early phagosome / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Kokane, S. / Meier, P. / Matsuoka, R. / Drew, D. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, 1件
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: PIP-mediated oligomerization of the endosomal sodium/proton exchanger NHE9. 著者: Surabhi Kokane / Ashutosh Gulati / Pascal F Meier / Rei Matsuoka / Tanadet Pipatpolkai / Giuseppe Albano / Tin Manh Ho / Lucie Delemotte / Daniel Fuster / David Drew / ![]() ![]() 要旨: The strict exchange of Na for H ions across cell membranes is a reaction carried out in almost every cell. Na/H exchangers that perform this task are physiological homodimers, and whilst the ion ...The strict exchange of Na for H ions across cell membranes is a reaction carried out in almost every cell. Na/H exchangers that perform this task are physiological homodimers, and whilst the ion transporting domain is highly conserved, their dimerization differs. The Na/H exchanger NhaA from Escherichia coli has a weak dimerization interface mediated by a β-hairpin domain and with dimer retention dependent on cardiolipin. Similarly, organellar Na/H exchangers NHE6, NHE7 and NHE9 also contain β-hairpin domains and recent analysis of Equus caballus NHE9 indicated PIP lipids could bind at the dimer interface. However, structural validation of the predicted lipid-mediated oligomerization has been lacking. Here, we report cryo-EM structures of E. coli NhaA and E. caballus NHE9 in complex with cardiolipin and phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate PI(3,5)P lipids binding at their respective dimer interfaces. We further show how the endosomal specific PI(3,5)P lipid stabilizes the NHE9 homodimer and enhances transport activity. Indeed, we show that NHE9 is active in endosomes, but not at the plasma membrane where the PI(3,5)P lipid is absent. Thus, specific lipids can regulate Na/H exchange activity by stabilizing dimerization in response to either cell specific cues or upon trafficking to their correct membrane location. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 147.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18002MC ![]() 8ps0C ![]() 8pvrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64876.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() Has protein modification | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Dimeric Horse Nhe9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103815 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|