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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8puh | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the immature HTLV-1 CA lattice from full-length Gag VLPs: CA-CTD refinement | |||||||||||||||
要素 | Gag polyproteinGroup-specific antigen | |||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Retrovirus (レトロウイルス科) / HTLV / immature capsid / CA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Obr, M. / Percipalle, M. / Chernikova, D. / Yang, H. / Thader, A. / Pinke, G. / Porley, D. / Mansky, L.M. / Dick, R.A. / Schur, F.K.M. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. 著者: Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian Km Schur / 要旨: Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here ...Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here we report the results of cryo-electron tomography (cryo-ET) studies of HTLV-1 virus-like particles (VLPs) assembled , as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 employs an unconventional mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature CA tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is CA-NTD. Mutagenesis and biophysical analysis support this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the CA-CTD. These results are the first to provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus, and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8puh.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8puh.ent.gz | 19.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8puh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17943MC 8pu6C 8pu7C 8pu8C 8pu9C 8puaC 8pubC 8pucC 8pudC 8pueC 8pufC 8pugC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47553.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) 遺伝子: gag / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293T / 参照: UniProt: P03345 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: 293T / 細胞: Human Embryonic Kidney | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline (PBS) 1X | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 80000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.32 sec. / 電子線照射量: 3.5 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 143.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 85 / Num. of volumes extracted: 132000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Chain residue range: 13-125 / 詳細: rigid body fit using AlphaFold derived model / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |