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万見
- PDB-8pr3: Cytoplasmic dynein-1 heavy chain bound to JIP3-RH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pr3
タイトルCytoplasmic dynein-1 heavy chain bound to JIP3-RH1
要素
  • C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
  • Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
  • Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
  • Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
キーワードMOTOR PROTEIN / Dynein / AAA-Atpase / JIP3
機能・相同性
機能・相同性情報


transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / anterograde axonal protein transport / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / MAP-kinase scaffold activity / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / JUN kinase binding ...transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / anterograde axonal protein transport / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / MAP-kinase scaffold activity / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / JUN kinase binding / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / retrograde axonal transport / regulation of JNK cascade / minus-end-directed microtubule motor activity / P-body assembly / dynein light intermediate chain binding / microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / axon regeneration / centrosome localization / dynein intermediate chain binding / nuclear migration / microtubule-based movement / axon development / kinesin binding / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / stress granule assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of mitotic spindle organization / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / filopodium / positive regulation of JNK cascade / RHO GTPases Activate Formins / cellular response to nerve growth factor stimulus / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / late endosome / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / growth cone / cell cortex / cytoplasmic vesicle / vesicle / microtubule / protein stabilization / axon / Golgi membrane / cell division / centrosome / dendrite / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JNK-interacting protein, leucine zipper II / JNK-interacting protein 3/4 / JNK-interacting protein leucine zipper II / WD40 repeated domain / RH1 domain / RH2 domain / RILP homology 1 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. / Dynein 1 light intermediate chain ...JNK-interacting protein, leucine zipper II / JNK-interacting protein 3/4 / JNK-interacting protein leucine zipper II / WD40 repeated domain / RH1 domain / RH2 domain / RILP homology 1 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. / Dynein 1 light intermediate chain / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / : / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Singh, K. / Lau, C.K. / Manigrasso, G. / Gassmann, R. / Carter, A.P.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 197-2021European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1.
著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter /
要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
f: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
h: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
j: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
m: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
o: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
E: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
F: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,497,4659
ポリマ－1,497,4659
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 / JIP-3 / JNK-interacting protein 3 / JNK MAP kinase scaffold protein 3 / Mitogen-activated protein ...JIP-3 / JNK-interacting protein 3 / JNK MAP kinase scaffold protein 3 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 3


分子量: 65975.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP3, JIP3, KIAA1066
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UPT6
#2: タンパク質 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / Cytoplasmic dynein heavy chain 1 / Dynein heavy chain / cytosolic


分子量: 533055.125 Da / 分子数: 2 / Mutation: R1567E, K1610E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14204
#3: タンパク質 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein intermediate chain 2 / Dynein intermediate chain 2 / cytosolic / DH IC-2


分子量: 68442.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13409
#4: タンパク質 Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / Dynein light intermediate chain 2 / cytosolic / LIC-2 / LIC53/55


分子量: 54173.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1LI2, DNCLI2, LIC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43237

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytoplasmic dynein-A heavy chain bound to dynactin p150 and IC-LC tower
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37297 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7Z8G

7z8g


Accession code: 7Z8G / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00618486
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.05824999
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.2122430
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532769
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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