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万見
- PDB-8ppm: IL-12Rb1 neutralizing Fab4, crystal kappa variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ppm
タイトルIL-12Rb1 neutralizing Fab4, crystal kappa variant
要素
  • Fab4 Light chain, crystal kappa variant
  • Fab4 heavy chain
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / antibody / Fab fragment / designed crystal contact
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab4 heavy chain
L: Fab4 Light chain, crystal kappa variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1054
ポリマ－48,0262
非ポリマー782
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, This is the way for antibodies.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.069, 72.069, 163.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 Fab4 heavy chain


分子量: 24786.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: resideus [225-] (GHHHHHH) encode cloning scar and purification tag. Tag was not removed prior to crystallization.
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
細胞株: HEK293S MGAT-/- / プラスミド: pHLsec / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab4 Light chain, crystal kappa variant


分子量: 23239.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Fab4 dissociated from target in crystallization drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→163.83 Å / Num. obs: 31735 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 18.71 % / Biso Wilson estimate: 39.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 18.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
6.06-163.8317.9759.4513630.9990.04599.9
2.15-2.319.43.5948710.8930.87499.9
2.03-2.1511.252.0542500.6881.10481.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20220820データ削減
XDS20220820データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→62.41 Å / SU ML: 0.2227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2005 6.32 %
Rwork0.1928 29730 -
obs0.1946 31735 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→62.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 2 185 3468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00163366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4854581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.01791197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.3707880.28361322X-RAY DIFFRACTION60.93
2.08-2.140.27341440.24692077X-RAY DIFFRACTION97.71
2.14-2.20.29431430.22152132X-RAY DIFFRACTION99.65
2.2-2.270.24831470.22242186X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.25161480.21962146X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.450.26721450.23832179X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.560.27221440.23562138X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.690.28331460.22032171X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.25341460.21712188X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.26261420.21692180X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.390.24021490.20692190X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.18891540.18432225X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.890.15681530.14682226X-RAY DIFFRACTION100
4.89-62.410.20921560.17622370X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.870890227810.290825489966-0.7856698462654.693060054250.8486095175392.664358776260.119115501947-0.206558441108-0.0325500166118-0.00686556231012-0.06676568880990.02868505091850.1252577789090.264145903919-0.05135024642530.3196450868760.01774672167720.04896805048920.324587569521-0.00347886820480.25905061846632.26709075932.56365765775.80577563511
23.504135268452.92941973474-0.7497238512884.10049473318-1.251223412624.804045752690.200265555966-0.2725810302870.664638747461-0.01445511340240.170597787853-0.148871937393-0.225954655116-0.0424013301605-0.5036239729520.229006150937-0.0328232633029-0.0231180571320.270728018975-0.01445790928110.34315582303420.793598893630.359039172926.0082893403
32.659936700060.0868035395204-1.608469379891.847341738260.5481291261363.925132292060.00646795172862-0.0916762990169-0.00108849343793-0.02064610541050.0282875920017-0.209653635113-0.06326334224440.1210225739-0.1005391680250.260669126557-0.0163564611201-0.003413991278980.275022816781-0.0542234571850.33802546556621.578723341424.887566496629.2472203443
44.49716636762-0.76568962705-1.319030406813.862356827260.2480407743853.06162176757-0.006215095010210.147488443686-0.294537519491-0.122913628613-0.1159047784240.4604969146310.351534518974-0.4006621849780.08952897020830.42203979383-0.110255883334-0.01049081419530.384099197119-0.07147612930440.3919983643859.82535906765-1.664333680157.81498408976
51.57591471662-0.164736841882-0.06334203656353.109490093151.890342232741.92323711190.005658405342960.03789235494670.0886517023185-0.218050311147-0.1172629895170.164211633133-0.00299932958562-0.06365609893740.09190102420320.2958840818540.0164401456206-0.03243023267740.2978895580070.03837583797310.23764740119513.311427556117.833110105414.3903830584
63.222653104261.27071511811-0.1287852297236.169086937520.1333924884832.756905541780.04404981237660.1107778740070.0791753953849-0.351409332218-0.186807159781-0.100084891695-0.0537313434148-0.1726707435330.1219797916250.2452319046480.01726475404860.02629634127680.367537245752-0.04518654553990.2918861075149.4874592684530.229385086618.5177092458
77.482370840726.37679894310.4596689745748.99252229055-0.306782849042.220681065880.460977968965-0.3847152488630.8836908251910.116729193174-0.6842387950720.226015685579-0.0980555004127-0.05027937007020.2613702065430.3118030691830.04305491606730.008302830504480.39943676932-0.1153770637130.5904315778424.4568270871639.59978884821.5034292582
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 119 )HA1 - 1191 - 119
22chain 'H' and (resid 120 through 153 )HA120 - 153120 - 151
33chain 'H' and (resid 154 through 222 )HA154 - 222152 - 220
44chain 'L' and (resid 1 through 90)LB1 - 901 - 90
55chain 'L' and (resid 91 through 128 )LB91 - 12891 - 128
66chain 'L' and (resid 129 through 187 )LB129 - 187129 - 187
77chain 'L' and (resid 188 through 211 )LB188 - 211188 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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