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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pmf | ||||||
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タイトル | transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / homeobox transcription factor BARHL2 / DNA-binding domain / complex with DNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å | ||||||
データ登録者 | Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences 著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pmf.cif.gz | 109.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pmf.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pmf_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pmf_full_validation.pdf.gz | 459.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pmf_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pmf_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質 | 分子量: 7996.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.61992 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.61992 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.95→47.29 Å / Num. obs: 84114 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 548989 / Scaling rejects: 84 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.95→39.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.896 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.21 Å2 / Biso mean: 15.882 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.95→39.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.952→0.977 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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