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- PDB-8pmv: transcription factor BARHL2 bound to TAAGC DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pmv
タイトルtranscription factor BARHL2 bound to TAAGC DNA sequence
要素
  • (DNA) x 2
  • BarH-like 2 homeobox protein
キーワードTRANSCRIPTION / homeobox transcription factor BARHL2 / DNA-binding domain / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BarH-like 2 homeobox protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BarH-like 2 homeobox protein
B: DNA
C: DNA
D: BarH-like 2 homeobox protein
E: DNA
F: DNA
G: BarH-like 2 homeobox protein
H: DNA
I: DNA
J: BarH-like 2 homeobox protein
K: DNA
L: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,46112
ポリマ－59,46112
非ポリマー00
水2,180121
1
A: BarH-like 2 homeobox protein
B: DNA
C: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8653
ポリマ－14,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7710 Å2
2
D: BarH-like 2 homeobox protein
E: DNA
F: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8653
ポリマ－14,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7580 Å2
3
G: BarH-like 2 homeobox protein
H: DNA
I: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8653
ポリマ－14,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7720 Å2
4
J: BarH-like 2 homeobox protein
K: DNA
L: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8653
ポリマ－14,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.080, 133.773, 64.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
BarH-like 2 homeobox protein


分子量: 7539.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43
#2: DNA鎖
DNA


分子量: 3678.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA


分子量: 3647.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.63 Å / Num. obs: 38886 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 5.172 / Num. measured all: 18000 / Num. unique obs: 3154 / CC1/2: 0.087 / Rpim(I) all: 2.322 / Rrim(I) all: 5.681 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 0.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 25.69 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27763 2041 5.3 %RANDOM
Rwork0.2512 ---
obs0.25264 36812 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å21.64 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----2.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 1942 0 121 4148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0124417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0153128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.171.7086180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1231.5847213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0595.653722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.62520156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.87615415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.491532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.239736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0762.265968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0722.265967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7743.3891203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7743.391204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1782.2423449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1782.2423449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.863.3634978
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.69457.77615015
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.69157.74814999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A18440.13
12D18440.13
21A19190.12
22G19190.12
31A18170.12
32J18170.12
41B22330.06
42E22330.06
51B22980.03
52H22980.03
61B22350.08
62K22350.08
71D18570.14
72G18570.14
81D18510.13
82J18510.13
91E22430.07
92H22430.07
101E22570.04
102K22570.04
111G18790.1
112J18790.1
121H22390.08
122K22390.08
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.152 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 154 -
Rwork0.424 2675 -
obs--97.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0784-2.0392-0.75217.5506-0.53346.4355-0.0599-0.02170.0858-0.36060.0038-0.01810.39810.18410.05610.0537-0.0195-0.06750.4580.04740.462113.203-3.2267.233
25.3301-0.76821.06052.8462-0.53534.3584-0.4087-0.69110.44210.41030.2290.064-0.070.04250.17970.08380.0512-0.07390.5713-0.0180.624212.3024.71917.239
34.570.67160.90795.7884-0.20874.93690.12420.1989-0.2514-0.3464-0.13790.24210.58720.16840.01370.22090.1329-0.04880.46180.00680.396717.665-27.73211.801
44.6052-0.1625-0.94594.81310.5216.4160.0940.0063-0.0205-0.0195-0.1442-0.47040.21470.89820.05020.18540.1206-0.00320.65360.06690.435829.531-25.75317.864
52.47321.5711-0.95596.82010.41835.29760.1591-0.1117-0.01720.0540.0381-0.2015-0.30370.0141-0.19720.03150.0239-0.05010.44740.0680.57133.22818.697-0.749
66.97660.4985-1.06242.4945-0.72883.1301-0.30620.5882-0.4785-0.26770.1767-0.04580.19810.0210.12940.0597-0.0185-0.07340.4257-0.00290.569732.23710.171-10.423
74.9734-1.84961.36737.4015-1.65774.4071-0.29120.02210.6296-0.40130.2052-0.0724-0.6575-0.4070.0860.50010.0618-0.08740.6581-0.01790.61546.878-17.603-19.891
82.9478-0.6379-2.66863.90820.16458.1295-0.0597-0.0293-0.116-0.27080.03840.03420.1779-0.19060.02140.34320.0231-0.00880.5169-0.00170.391410.518-30.162-16.576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A231 - 292
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION2C13 - 24
4X-RAY DIFFRACTION3D232 - 291
5X-RAY DIFFRACTION4E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION4F13 - 24
7X-RAY DIFFRACTION5G231 - 292
8X-RAY DIFFRACTION6H1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION6I13 - 24
10X-RAY DIFFRACTION7J232 - 290
11X-RAY DIFFRACTION8K1 - 12
12X-RAY DIFFRACTION8L13 - 24

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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