PDB-8pmc: transcription factor BARHL2 bound to TAATT DNA sequence

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pmc

タイトル

transcription factor BARHL2 bound to TAATT DNA sequence

要素

(DNA) x 2
BarH-like 2 homeobox protein

キーワード

TRANSCRIPTION / homeobox transcription factor BARHL2 / DNA-binding domain / complex with DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

履歴

登録	2023年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pmc_validation.pdf.gz	492.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pmc_full_validation.pdf.gz	505 KB	表示
XML形式データ	8pmc_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8pmc_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pmc	HTTPS FTP

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関連構造データ

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トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DNA

I: DNA

D: DNA

J: DNA

F: DNA

K: DNA

H: DNA

L: DNA

A: BarH-like 2 homeobox protein

C: BarH-like 2 homeobox protein

E: BarH-like 2 homeobox protein

G: BarH-like 2 homeobox protein

59.5 kDa, 12 ポリマー
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1

B: DNA

I: DNA

A: BarH-like 2 homeobox protein

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14.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: DNA

J: DNA

C: BarH-like 2 homeobox protein

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3

F: DNA

K: DNA

E: BarH-like 2 homeobox protein

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4

H: DNA

L: DNA

G: BarH-like 2 homeobox protein

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14.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.595, 123.148, 62.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	DC	DC	DG	DG	B - I	A - B	1 - 24	1 - 12
2	1	DC	DC	DG	DG	D - J	C - D	1 - 24	1 - 12
1	2	DC	DC	DG	DG	B - I	A - B	1 - 24	1 - 12
2	2	DC	DC	DG	DG	F - K	E - F	1 - 24	1 - 12
1	3	DC	DC	DG	DG	B - I	A - B	1 - 24	1 - 12
2	3	DC	DC	DG	DG	H - L	G - H	1 - 24	1 - 12
1	4	DC	DC	DG	DG	D - J	C - D	1 - 24	1 - 12
2	4	DC	DC	DG	DG	F - K	E - F	1 - 24	1 - 12
1	5	DC	DC	DG	DG	D - J	C - D	1 - 24	1 - 12
2	5	DC	DC	DG	DG	H - L	G - H	1 - 24	1 - 12
1	6	DC	DC	DG	DG	F - K	E - F	1 - 24	1 - 12
2	6	DC	DC	DG	DG	H - L	G - H	1 - 24	1 - 12
1	7	LYS	LYS	LYS	LYS	A	I	231 - 288	1 - 58
2	7	LYS	LYS	LYS	LYS	C	J	231 - 288	1 - 58
1	8	PRO	PRO	GLN	GLN	A	I	232 - 290	2 - 60
2	8	PRO	PRO	GLN	GLN	E	K	232 - 290	2 - 60
1	9	PRO	PRO	GLN	GLN	A	I	232 - 290	2 - 60
2	9	PRO	PRO	GLN	GLN	G	L	232 - 290	2 - 60
1	10	PRO	PRO	LYS	LYS	C	J	232 - 288	2 - 58
2	10	PRO	PRO	LYS	LYS	E	K	232 - 288	2 - 58
1	11	PRO	PRO	LYS	LYS	C	J	232 - 288	2 - 58
2	11	PRO	PRO	LYS	LYS	G	L	232 - 288	2 - 58
1	12	PRO	PRO	THR	THR	E	K	232 - 291	2 - 61
2	12	PRO	PRO	THR	THR	G	L	232 - 291	2 - 61

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: DNA鎖	DNA 分子量: 3613.366 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖	DNA 分子量: 3711.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	BarH-like 2 homeobox protein 分子量: 7539.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→43.7 Å / Num. obs: 50287 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 190158

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.85-1.89	3.7	3.019	11300	3039	0.154	1.774	3.513	0.4	96.2
9.07-43.7	3.5	0.024	1560	443	0.998	0.015	0.029	37.9	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→39.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 11.977 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2529	2442	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2179	-	-	-
obs	0.2196	47812	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.3 Å² / B_iso mean: 45.478 Å² / B_iso min: 24.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0.65 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→39.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2071	1944	0	315	4330
B_iso mean	-	-	-	45.87	-
残基数	-	-	-	-	337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.014	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.55	1.739	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.584	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.829	5.746	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.493	19.937	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.926	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.753	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.186	0.239	740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	946

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	2262	0.05
1	2	D	2262	0.05
2	1	B	2231	0.07
2	2	F	2231	0.07
3	1	B	2155	0.1
3	2	H	2155	0.1
4	1	D	2232	0.08
4	2	F	2232	0.08
5	1	D	2144	0.12
5	2	H	2144	0.12
6	1	F	2164	0.1
6	2	H	2164	0.1
7	1	A	1849	0.11
7	2	C	1849	0.11
8	1	A	1883	0.12
8	2	E	1883	0.12
9	1	A	1916	0.12
9	2	G	1916	0.12
10	1	C	1850	0.1
10	2	E	1850	0.1
11	1	C	1885	0.11
11	2	G	1885	0.11
12	1	E	1932	0.14
12	2	G	1932	0.14

LS精密化シェル

解像度: 1.851→1.899 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	199	-
R_work	0.397	3453	-
all	-	3652	-
obs	-	-	96.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1454	0.2249	1.7504	3.5904	-0.5841	3.1266	-0.2418	-0.5161	0.2153	0.1664	0.1595	-0.2888	-0.1523	0.1232	0.0822	0.0479	0.036	-0.0471	0.1624	-0.0539	0.2564	13.908	5.3275	17.0134
2	6.0493	-0.569	-1.7173	3.0455	-0.2517	3.7191	-0.2813	0.5	-0.1762	-0.1488	0.1497	-0.1949	0.1662	0.1324	0.1316	0.0617	-0.0213	-0.0674	0.1316	0.0018	0.2744	33.8725	6.5259	-11.2095
3	3.7448	-1.7569	-1.4656	4.7965	1.7107	6.6747	0.0364	-0.217	0.2446	-0.0377	0.1898	-0.4519	-0.04	0.3453	-0.2262	0.076	0.0434	-0.1409	0.2065	-0.0382	0.3613	31.8311	-24.8389	20.1304
4	2.785	0.1048	1.1657	5.5726	-2.0885	4.2451	0.001	0.1959	-0.1234	-0.3942	-0.1302	-0.1025	0.4154	-0.0945	0.1292	0.1873	0.0144	-0.1632	0.108	-0.0155	0.2796	13.5311	-27.9635	-11.6042
5	4.9149	-1.9331	0.5012	5.6047	0.358	4.0533	0.0867	-0.058	-0.0517	-0.2311	0.056	-0.1889	0.0275	-0.0396	-0.1427	0.0341	-0.0047	-0.0634	0.0358	0.0043	0.2149	14.3383	-4.0643	8.1797
6	3.8599	0.2784	-0.2017	4.5512	0.7071	4.6848	-0.0435	0.021	0.0623	-0.0334	0.0849	-0.2503	-0.1166	0.2797	-0.0413	0.0354	-0.0114	-0.0899	0.0411	0.0256	0.2891	34.5785	16.0078	-2.0682
7	3.8953	-1.5295	-0.2621	6.7036	0.9628	3.4455	-0.0688	-0.1385	-0.2383	-0.0063	0.089	0.1423	0.1378	-0.0214	-0.0202	0.0889	0.0045	-0.1473	0.0992	0.0143	0.2904	20.2782	-28.1536	14.8235
8	3.8691	-0.6199	0.707	4.9343	-1.1132	7.2919	0.1096	0.3085	0.1194	-0.3562	-0.1154	-0.1198	-0.19	0.0438	0.0057	0.1668	0.0818	-0.1287	0.1144	0.007	0.2499	10.5129	-15.8845	-15.9144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	1 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	1 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	231 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	231 - 289
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	232 - 291
8	X-RAY DIFFRACTION	8	G	232 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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