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- PDB-8pm7: transcription factor BARHL2 bound to TAATC DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pm7
タイトルtranscription factor BARHL2 bound to TAATC DNA sequence
要素
  • (DNA) x 2
  • BarH-like 2 homeobox protein
キーワードTRANSCRIPTION / homeobox transcription factor BARHL2 / DNA-binding domain / complex with DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BarH-like 2 homeobox protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA
I: DNA
D: DNA
J: DNA
F: DNA
K: DNA
H: DNA
L: DNA
A: BarH-like 2 homeobox protein
C: BarH-like 2 homeobox protein
E: BarH-like 2 homeobox protein
G: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,45712
ポリマ－59,45712
非ポリマー00
水8,143452
1
B: DNA
I: DNA
A: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7650 Å2
手法PISA
2
D: DNA
J: DNA
C: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
3
F: DNA
K: DNA
E: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
4
H: DNA
L: DNA
G: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8643
ポリマ－14,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.627, 123.807, 62.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12B
22F
13B
23H
14D
24F
15D
25H
16F
26H
17A
27C
18A
28E
19A
29G
110C
210E
111C
211G
112E
212G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DCDCDGDGB - IA - B1 - 241 - 12
21DCDCDGDGD - JC - D1 - 241 - 12
12DCDCDGDGB - IA - B1 - 241 - 12
22DCDCDGDGF - KE - F1 - 241 - 12
13DCDCDGDGB - IA - B1 - 241 - 12
23DCDCDGDGH - LG - H1 - 241 - 12
14DCDCDGDGD - JC - D1 - 241 - 12
24DCDCDGDGF - KE - F1 - 241 - 12
15DCDCDGDGD - JC - D1 - 241 - 12
25DCDCDGDGH - LG - H1 - 241 - 12
16DCDCDGDGF - KE - F1 - 241 - 12
26DCDCDGDGH - LG - H1 - 241 - 12
17LYSLYSLYSLYSAI231 - 2881 - 58
27LYSLYSLYSLYSCJ231 - 2881 - 58
18PROPROGLNGLNAI232 - 2902 - 60
28PROPROGLNGLNEK232 - 2902 - 60
19PROPROGLNGLNAI232 - 2902 - 60
29PROPROGLNGLNGL232 - 2902 - 60
110PROPROLYSLYSCJ232 - 2882 - 58
210PROPROLYSLYSEK232 - 2882 - 58
111PROPROLYSLYSCJ232 - 2882 - 58
211PROPROLYSLYSGL232 - 2882 - 58
112PROPROTHRTHREK232 - 2912 - 61
212PROPROTHRTHRGL232 - 2912 - 61

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: DNA鎖
DNA


分子量: 3653.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖
DNA


分子量: 3671.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
BarH-like 2 homeobox protein


分子量: 7539.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.05 Å / Num. obs: 65847 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.732.92.133930931630.2971.4112.5710.588.9
8.98-44.013.50.03116044540.9970.0190.03635.396.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→44.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 7.534 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 3265 5 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2084 62496 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.04 Å2 / Biso mean: 42.279 Å2 / Biso min: 24.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0 Å20.02 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 1944 0 452 4462
Biso mean---46.37 -
残基数----336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0154424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4811.7086204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2371.5837253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0635.644732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16620.189159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33315419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7171532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2060.239739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02946
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B22120.05
12D22120.05
21B22190.08
22F22190.08
31B22010.07
32H22010.07
41D22060.09
42F22060.09
51D21710.09
52H21710.09
61F22260.09
62H22260.09
71A18990.12
72C18990.12
81A19390.12
82E19390.12
91A19440.12
92G19440.12
101C18800.09
102E18800.09
111C18570.11
112G18570.11
121E19330.12
122G19330.12
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 281 -
Rwork0.403 4418 -
all-4699 -
obs--96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9091-0.02641.1522.7574-0.13412.8311-0.1438-0.65530.25470.20130.1927-0.1208-0.22230.0499-0.0490.10650.0528-0.05960.1419-0.03460.27713.73075.175517.0907
26.3422-0.9854-2.18242.7958-0.17353.7675-0.19490.5732-0.2159-0.20990.1123-0.08510.13240.09020.08260.0759-0.0332-0.08220.1079-0.01740.266233.78666.8625-11.1669
33.9793-0.8401-1.49533.63221.56496.49170.0748-0.06940.0929-0.14160.0954-0.3337-0.03120.3758-0.17020.09990.0164-0.12880.0935-0.00150.295931.7017-24.856520.2264
42.7938-0.23240.1424.4896-0.79345.03450.0090.1048-0.001-0.1762-0.08230.00080.2411-0.13640.07330.1519-0.006-0.13370.01030.00450.233513.247-27.9857-11.816
54.4917-1.59590.6365.33360.08074.2299-0.0138-0.1275-0.0202-0.1720.1027-0.15770.00990.0322-0.08890.0444-0.0041-0.08560.0050.0040.228714.3901-3.99938.0757
63.79230.4093-0.7584.51810.14975.159-0.0228-0.06480.0268-0.01780.08-0.2689-0.14090.2209-0.05720.05480.0029-0.09290.02030.00130.27534.615416.3046-1.9914
73.5452-0.80180.35146.17491.41433.0806-0.0575-0.064-0.19220.01950.03410.14150.1084-0.04470.02340.08790.004-0.13120.0245-0.00020.235120.0241-28.219914.8132
83.597-0.37560.34694.51010.20297.09610.17030.3150.1486-0.3846-0.1327-0.0859-0.2099-0.0525-0.03770.19190.0632-0.11490.04680.01210.261310.2301-15.8626-16.316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3F1 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4H1 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5A231 - 291
6X-RAY DIFFRACTION6C231 - 289
7X-RAY DIFFRACTION7E232 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8G232 - 291

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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