PDB-8pm5: transcription factor BARHL2 bound to TAAAT DNA sequence

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pm5

タイトル

transcription factor BARHL2 bound to TAAAT DNA sequence

要素

BarH-like 2 homeobox protein
DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

キーワード

TRANSCRIPTION / homeobox transcription factor BARHL2 / DNA-binding domain / complex with DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: transcription factor BARHL2 bound to DNA sequences
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

履歴

登録	2023年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pm5.cif.gz	251.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pm5.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pm5_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pm5_full_validation.pdf.gz	512.9 KB	表示
XML形式データ	8pm5_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8pm5_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/8pm5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BarH-like 2 homeobox protein

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

D: BarH-like 2 homeobox protein

E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

F: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

G: BarH-like 2 homeobox protein

H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

J: BarH-like 2 homeobox protein

K: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

M: BarH-like 2 homeobox protein

N: BarH-like 2 homeobox protein

74.5 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BarH-like 2 homeobox protein

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: BarH-like 2 homeobox protein

E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

F: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: BarH-like 2 homeobox protein

H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

I: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: BarH-like 2 homeobox protein

K: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*TP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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5

M: BarH-like 2 homeobox protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.54 kDa, 1 ポリマー
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6

N: BarH-like 2 homeobox protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.54 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.015, 134.298, 65.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	BarH-like 2 homeobox protein 分子量: 7539.536 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPTPAPAPAPTPGPGPTPT)-3') 分子量: 3677.415 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(APAPCPCPAPTPTPTPAPGPCPG)-3') 分子量: 3646.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→46.95 Å / Num. obs: 27918 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.33→2.41 Å / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 2.965 / Num. measured all: 13576 / Num. unique obs: 2056 / CC_1/2: 0.179 / R_pim(I) all: 1.233 / R_rim(I) all: 3.22 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→46.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 23.574 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.512 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28042	1251	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22863	-	-	-
obs	0.23118	24935	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.849 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8 Å²	0 Å²	1.68 Å²
2-	-	4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→46.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2599	1942	0	261	4802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.015	4931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.111	1.703	6878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	1.587	8368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.681	5.67	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.925	20.051	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.177	15	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.749	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.236	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.991	2.113	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.987	2.111	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.632	3.159	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.631	3.161	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.107	2.226	3733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.107	2.226	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.782	3.319	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.98	57.984	16204
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.98	57.985	16205
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1820	0.15
1	2	D	1820	0.15
2	1	A	1856	0.14
2	2	G	1856	0.14
3	1	A	1807	0.13
3	2	J	1807	0.13
4	1	A	1648	0.12
4	2	M	1648	0.12
5	1	B	2241	0.05
5	2	E	2241	0.05
6	1	B	2249	0.04
6	2	H	2249	0.04
7	1	B	2232	0.07
7	2	K	2232	0.07
8	1	D	1845	0.15
8	2	G	1845	0.15
9	1	D	1841	0.12
9	2	J	1841	0.12
10	1	D	1666	0.12
10	2	M	1666	0.12
11	1	E	2224	0.05
11	2	H	2224	0.05
12	1	E	2229	0.04
12	2	K	2229	0.04
13	1	G	1874	0.11
13	2	J	1874	0.11
14	1	G	1679	0.12
14	2	M	1679	0.12
15	1	H	2207	0.07
15	2	K	2207	0.07
16	1	J	1691	0.1
16	2	M	1691	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.481	74	-
R_work	0.504	1861	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1407	-1.0015	2.7499	4.8804	-0.9496	4.7331	-0.2398	-0.7294	0.0833	0.175	0.1612	-0.0757	-0.105	0.0509	0.0786	0.05	0.041	-0.082	0.2418	0.0099	0.188	12.2704	4.4995	18.2767
2	3.076	-1.8861	0.0189	7.2904	-0.4165	5.8807	-0.0256	0.0223	0.0524	-0.2939	-0.1212	0.0617	0.265	0.2689	0.1467	0.1063	-0.0211	-0.1259	0.0967	0.0546	0.2094	13.0319	-3.6592	7.659
3	4.5531	-0.1565	0.441	6.3137	-0.4284	6.1187	0.1923	0.1369	-0.095	-0.5004	-0.256	0.0406	0.7002	0.3705	0.0637	0.2693	0.1251	-0.1398	0.1143	-0.0238	0.1545	17.5517	-27.8587	11.2567
4	5.9787	-0.2158	-2.7514	4.3	0.4003	7.5215	0.1269	0.1465	0.106	-0.0695	-0.0346	-0.5253	0.3042	1.203	-0.0923	0.1278	0.0984	-0.0972	0.3867	0.0224	0.2697	29.1891	-26.1304	17.5515
5	3.0177	-0.3691	-0.4138	5.7616	-0.0141	5.708	0.0975	-0.0935	0.1487	0.0936	0.0089	-0.1345	-0.2412	-0.0717	-0.1064	0.1018	-0.0025	-0.1547	0.0459	0.0111	0.3084	33.3167	18.8328	0.2739
6	6.9003	1.598	-1.547	4.3763	-0.9288	4.2697	-0.2285	0.4797	-0.357	-0.1665	0.1671	-0.3215	0.2214	0.0486	0.0614	0.069	-0.0336	-0.0996	0.1479	0.0382	0.2954	32.21	10.1724	-9.342
7	4.1251	0.4782	-0.62	5.5703	0.0251	5.5518	-0.0327	0.0437	0.2384	-0.0617	0.1245	0.4766	-0.5168	-0.6726	-0.0918	0.3491	0.0627	-0.1613	0.2461	0.0624	0.2874	5.8643	-17.2258	-20.9016
8	1.3237	0.2497	-1.4345	3.3921	-1.0967	8.4936	-0.1248	-0.1073	0.0335	-0.021	0.1965	-0.1597	0.3443	-0.0308	-0.0716	0.2077	-0.008	-0.0944	0.2104	-0.0251	0.2462	9.8391	-29.958	-17.311
9	3.8137	-0.1509	-0.0167	5.3073	0.4611	10.7725	0.0657	0.146	0.0457	0.0223	-0.0977	-0.3951	0.2519	0.1115	0.032	0.3766	-0.0516	-0.1386	0.1289	-0.0494	0.4188	23.2171	-1.3439	-23.0917
10	0.5452	-1.3155	-1.4265	6.2753	1.2538	5.6509	-0.1026	-0.0227	-0.0161	0.1015	0.3373	0.083	0.0548	0.0534	-0.2346	0.4809	-0.0694	0.0088	0.4293	-0.0371	0.5182	30.663	17.7715	22.2198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	232 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	232 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	1 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	G	231 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	1 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	J	233 - 291
8	X-RAY DIFFRACTION	8	K	1 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	9	M	239 - 289
10	X-RAY DIFFRACTION	10	P	11 - 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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