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- PDB-8pje: Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pje
タイトルHuman Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAT
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-II / HLA-DR / HLA-DR1 / human leukocyte antigen / major histocompatibility complex / major histocompatibility complex class 2 / influenza A virus / flu / haemagglutinin / HA / infection / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / macrophage differentiation / humoral immune response / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / epidermis development / PD-1 signaling / trans-Golgi network membrane / T cell receptor binding / detection of bacterium / negative regulation of T cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II antigen presentation / viral budding from plasma membrane / cognition / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / positive regulation of viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者MacLachlan, B.J. / Wall, A. / Greenshields-Watson, A.L. / Hesketh, S.J. / Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Godkin, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust209213/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: A targeted single mutation in influenza A virus universal epitope transforms immunogenicity and protective immunity via CD4 + T cell activation.
著者: Hulin-Curtis, S. / Geary, J.K. / MacLachlan, B.J. / Altmann, D.M. / Baillon, L. / Cole, D.K. / Greenshields-Watson, A. / Hesketh, S.J. / Humphreys, I.R. / Jones, I.M. / Lauder, S.N. / Mason, ...著者: Hulin-Curtis, S. / Geary, J.K. / MacLachlan, B.J. / Altmann, D.M. / Baillon, L. / Cole, D.K. / Greenshields-Watson, A. / Hesketh, S.J. / Humphreys, I.R. / Jones, I.M. / Lauder, S.N. / Mason, G.H. / Smart, K. / Scourfield, D.O. / Scott, J. / Sukhova, K. / Stanton, R.J. / Wall, A. / Rizkallah, P.J. / Barclay, W.S. / Gallimore, A. / Godkin, A.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
C: Hemagglutinin
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,27846
ポリマ－91,1136
非ポリマー3,16540
水10,287571
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,33825
ポリマ－45,5563
非ポリマー1,78222
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,94021
ポリマ－45,5563
非ポリマー1,38418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.500, 89.180, 137.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 18 or resid 20...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 4 through 18 or resid 20...
d_1ens_2(chain "B" and (resid -2 through 34 or resid 36...
d_2ens_2(chain "E" and (resid -2 through 34 or resid 36...
d_1ens_3(chain "C" and (resid 1 through 9 or resid 11 through 13))
d_2ens_3(chain "F" and (resid 1 through 9 or resid 11 through 13))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLNA2 - 16
d_12ens_1GLYPHEA18 - 20
d_13ens_1PHELEUA22 - 43
d_14ens_1GLULEUA45 - 68
d_15ens_1ILELYSA70 - 73
d_16ens_1SERLEUA75 - 97
d_17ens_1GLULEUA99 - 120
d_18ens_1ASNPHEA122 - 143
d_19ens_1LYSPROA145 - 153
d_110ens_1THRASPA155 - 179
d_21ens_1GLUGLND2 - 16
d_22ens_1GLYPHED18 - 20
d_23ens_1PHELEUD22 - 43
d_24ens_1GLULEUD45 - 68
d_25ens_1ILELYSD70 - 73
d_26ens_1SERLEUD75 - 97
d_27ens_1GLULEUD99 - 120
d_28ens_1ASNPHED122 - 143
d_29ens_1LYSPROD145 - 153
d_210ens_1THRASPD155 - 179
d_11ens_2GLYGLNB1 - 37
d_12ens_2GLUALAB39 - 77
d_13ens_2ASPLEUB79 - 112
d_14ens_2HISGLYB114 - 128
d_15ens_2ILEPROB130 - 168
d_16ens_2SERALAB170 - 193
d_21ens_2GLYGLNE2 - 38
d_22ens_2GLUALAE40 - 78
d_23ens_2ASPLEUE80 - 113
d_24ens_2HISGLYE115 - 129
d_25ens_2ILEPROE131 - 169
d_26ens_2SERALAE171 - 194
d_11ens_3PROLEUC1 - 9
d_12ens_3LEUTHRC11 - 13
d_21ens_3PROLEUF1 - 9
d_22ens_3LEUTHRF11 - 13

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999999071285, 0.00134061954109, 0.000245293668599), (0.00134493038461, -0.999827762082, -0.0185104654768), (0.000220435927996, 0.0185107781887, -0.999828636567)-1.01540150521, -1.31613479791, -68.714335242
2given(0.999991811189, 0.00210878331496, 0.00345406830302), (0.00215376792429, -0.999912236435, -0.0130721349174), (0.00342619886166, 0.0130794671336, -0.999908590173)-0.821113379329, -1.10405958026, -68.6602497384
3given(0.999933147196, 0.00849877621049, -0.00784040448567), (0.00834704167884, -0.99978107363, -0.0191867586466), (-0.00800175198232, 0.019120031775, -0.9997851751)-1.55795844237, -1.40377260236, -68.6871232628

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21562.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Human leukocyte antigen DRB1 / HLA-DRB1


分子量: 22487.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01911

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Hemagglutinin


分子量: 1506.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03435

-
非ポリマー , 4種, 611分子

#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 25 % PEG8000, 15 % Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→32.81 Å / Num. obs: 109380 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0833 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 9.48
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 10898 / CC1/2: 0.545 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.539 / Rrim(I) all: 1.039 / % possible all: 99.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→32.81 Å / SU ML: 0.2137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4456
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 5555 5.08 %
Rwork0.1708 103810 -
obs0.1724 109365 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 204 571 7091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01876712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63879060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1129956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01391166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3188937
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.457217567336
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.593800169687
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.247503677638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.31841860.28033510X-RAY DIFFRACTION99.57
1.72-1.740.31441820.27213440X-RAY DIFFRACTION99.51
1.74-1.760.32321850.26173394X-RAY DIFFRACTION99.58
1.76-1.780.32241900.25313468X-RAY DIFFRACTION99.67
1.78-1.810.25611960.24363468X-RAY DIFFRACTION99.59
1.81-1.830.26651650.24173426X-RAY DIFFRACTION99.58
1.83-1.860.35061690.29843472X-RAY DIFFRACTION99.56
1.86-1.890.33121880.28913497X-RAY DIFFRACTION99.54
1.89-1.910.29441660.2623387X-RAY DIFFRACTION99.64
1.91-1.950.25421700.2213496X-RAY DIFFRACTION99.59
1.95-1.980.26551950.20273471X-RAY DIFFRACTION99.46
1.98-2.020.21191850.18113394X-RAY DIFFRACTION99.61
2.02-2.050.21971730.18633493X-RAY DIFFRACTION99.59
2.05-2.10.2251810.1873494X-RAY DIFFRACTION99.78
2.1-2.140.22821780.19063425X-RAY DIFFRACTION99.7
2.14-2.190.21971840.18793505X-RAY DIFFRACTION99.7
2.19-2.250.21931770.1783440X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.310.22291630.17553524X-RAY DIFFRACTION99.76
2.31-2.370.22411970.17783409X-RAY DIFFRACTION99.75
2.38-2.450.23651820.17333502X-RAY DIFFRACTION99.89
2.45-2.540.19972130.16893413X-RAY DIFFRACTION99.64
2.54-2.640.19712090.16533469X-RAY DIFFRACTION99.81
2.64-2.760.20481960.16733487X-RAY DIFFRACTION99.78
2.76-2.910.16982080.16183415X-RAY DIFFRACTION99.64
2.91-3.090.20011940.16743449X-RAY DIFFRACTION99.24
3.09-3.330.17381530.16313505X-RAY DIFFRACTION99.46
3.33-3.660.17731830.14663461X-RAY DIFFRACTION98.91
3.66-4.190.17882030.14023449X-RAY DIFFRACTION98.41
4.19-5.270.1441820.11823478X-RAY DIFFRACTION98.71
5.28-32.810.17362020.15323469X-RAY DIFFRACTION97.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.15179149271-3.026789359695.018926371693.61627691126-3.824539381385.305438252210.3253066293750.54507600128-0.0127877146876-0.405843314837-0.402300245963-0.2204385644990.4061473001941.012295284210.1908626915740.2289211407450.0596815010510.05169323692490.2277408925780.01954308078990.2433996125516.25814314209-17.3390220828-20.7869721019
22.76990171412.54561290972-1.101917021374.62752673511-0.9937291925833.352385187940.0764409117955-0.02417042906520.137100009597-0.0519826659653-0.05029691209390.0760339456038-0.213909820501-0.05280444796350.0003683271949980.08626840673190.00410598109996-0.004083569422370.132328212494-0.002469206789170.137371276653-2.9234838401714.1773327251-53.8806853992
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131.30420347697-0.30411459892-0.9872699084871.617427656520.1061782419664.188402026810.0454419036274-0.1274816555840.005546178965860.261569131093-0.008737182970420.166872964031-0.104773199960.0376736866201-0.01464129335410.155599601718-0.01036875900840.02139282701150.12804195434-0.01842089419310.168640256752-16.9074575228-7.22456891428-5.74015466068
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164.175309663881.34032597747-1.431007494211.52047451872-0.8054796192682.10677816119-0.00121502439612-0.08180792137970.095655058428-0.01909225378760.01712324414380.1456308958810.0325831456665-0.165635570505-0.008427103726710.224977078231-0.01971828309710.02307971302420.1914549249880.009035234075910.189925282994-24.2443022154-27.591625556510.1303291064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'F' and (resid 1 through 13 )FF1 - 131 - 13
22chain 'A' and (resid 3 through 26 )AA3 - 261 - 24
33chain 'A' and (resid 27 through 55 )AA27 - 5525 - 53
44chain 'A' and (resid 56 through 133 )AA56 - 13354 - 131
55chain 'A' and (resid 134 through 154 )AA134 - 154132 - 152
66chain 'A' and (resid 155 through 181 )AA155 - 181153 - 179
77chain 'B' and (resid -2 through 89 )BB-2 - 891 - 92
88chain 'B' and (resid 90 through 190 )BB90 - 19093 - 193
99chain 'C' and (resid 1 through 13 )CC1 - 131 - 13
1010chain 'D' and (resid 3 through 26 )DD3 - 261 - 24
1111chain 'D' and (resid 27 through 55 )DD27 - 5525 - 53
1212chain 'D' and (resid 56 through 76 )DD56 - 7654 - 74
1313chain 'D' and (resid 77 through 144 )DD77 - 14475 - 142
1414chain 'D' and (resid 145 through 181 )DD145 - 181143 - 179
1515chain 'E' and (resid -3 through 89 )EE-3 - 891 - 93
1616chain 'E' and (resid 90 through 190 )EE90 - 19094 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る