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- PDB-8peq: Complex of diubiquitin-derived artificial binding protein (Affili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8peq
タイトルComplex of diubiquitin-derived artificial binding protein (Affilin) variant Af2 with its target oncofetal fibronectin (fragment 7B8)
要素
  • Affilin variant Af2
  • Fibronectin
キーワードDE NOVO PROTEIN / extra domain B / EDB / oncofetal fibronectin / ubiquitin / diubiqutin / Affilin / beta strand register shift / strand slippage / scaffold / artificial binding protein / plasticity / directed evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta production / Fibronectin matrix formation / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / peptidase activator activity / fibrinogen complex / peptide cross-linking ...negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta production / Fibronectin matrix formation / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / peptidase activator activity / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / biological process involved in interaction with symbiont / proteoglycan binding / Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / endodermal cell differentiation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell-matrix adhesion / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Cell surface interactions at the vascular wall / regulation of protein phosphorylation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GPER1 signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / integrin binding / Platelet degranulation / heart development / heparin binding / nervous system development / regulation of cell shape / protease binding / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Parthier, C. / Katzschmann, A. / Fiedler, E. / Haupts, U. / Reimann, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Ubiquitin-derived artificial binding proteins targeting oncofetal fibronectin reveal scaffold plasticity by beta-strand slippage.
著者: Katzschmann, A. / Haupts, U. / Reimann, A. / Settele, F. / Gloser-Braunig, M. / Fiedler, E. / Parthier, C.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin
B: Fibronectin
C: Fibronectin
J: Affilin variant Af2
L: Affilin variant Af2
M: Affilin variant Af2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,9058
ポリマ－141,7136
非ポリマー1922
水9,656536
1
A: Fibronectin
L: Affilin variant Af2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4304
ポリマ－47,2382
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
2
B: Fibronectin
J: Affilin variant Af2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2382
ポリマ－47,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
3
C: Fibronectin
M: Affilin variant Af2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2382
ポリマ－47,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.650, 105.856, 78.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Fibronectin / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 29808.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1, FN / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02751
#2: タンパク質 Affilin variant Af2


分子量: 17428.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 / 詳細: 500 mM lithium sulfate, 15% PEG 8000 (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 59628 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.3-2.40.39957770.8390.4741
2.4-2.50.33661930.8970.3951
2.5-2.60.24752720.9380.291
2.6-2.70.18845320.960.2231
2.7-3.080.113123450.9860.1331
3.08-3.460.05575260.9960.0661
3.46-3.840.04248110.9970.051
3.84-4.220.03332480.9980.0391
4.22-4.60.02822300.9980.0341
4.6-100.02669400.9990.031
10-200.0236640.9980.0281
20-300.03680.9980.0371

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→44.8 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 2983 5 %
Rwork0.1982 --
obs0.2008 59625 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9940 0 10 536 10486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01713885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3293764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.360.37271340.29382525X-RAY DIFFRACTION94
2.36-2.40.3531430.27492713X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.440.2951400.27072655X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.490.28641430.23942724X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.540.32261430.24142707X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.590.29851420.23932698X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.31021420.24332703X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.720.32611430.24222713X-RAY DIFFRACTION99
2.72-2.790.29471410.24872679X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.34141440.25162735X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.29251400.24662670X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.070.30371430.23312714X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.20.28341430.21412722X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.340.23361440.20232725X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.520.2481420.19142711X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.740.25131430.17712708X-RAY DIFFRACTION99
3.74-4.030.2031410.16612690X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.430.19541440.14332724X-RAY DIFFRACTION99
4.43-5.070.17421390.14262635X-RAY DIFFRACTION97
5.07-6.380.22771430.17622722X-RAY DIFFRACTION99
6.39-44.80.21771460.18832769X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2981.63210.25642.3874-0.32394.31590.11940.0302-0.08660.0751-0.2102-0.12450.04340.50110.03480.22490.01450.00090.27280.00490.2493-22.516715.944224.6484
23.21330.40971.06660.84810.15590.7713-0.1121-0.03230.3049-0.04510.05560.1163-0.1972-0.0280.06190.2780.0048-0.05010.3076-0.02580.293-57.106911.115911.2396
33.8961-0.7994-0.16232.3397-0.33542.44950.04930.06750.09020.036-0.0050.2581-0.2755-0.3145-0.04380.22880.05030.00780.33080.01550.2481-94.393823.822111.0022
42.9397-0.6790.87294.16490.40142.0943-0.2389-0.2389-0.4947-0.5083-0.3253-0.19491.27510.26440.16120.5332-0.00260.10710.26970.01330.304-58.4793-41.4796-5.4509
51.20970.4297-0.86423.2561-0.99463.5078-0.24670.1318-0.0031-0.17430.21360.34940.143-0.57860.03150.23240.00090.01360.32110.01980.2848-62.9638-33.0918-4.3587
61.60350.9863-0.93073.055-0.5872.0221-0.1261-0.0413-0.0452-0.1882-0.023-0.22990.04630.27720.14040.2442-0.0066-0.00620.26290.04040.2907-43.6471-4.3383-15.1214
71.3311-0.1556-0.91413.22550.09171.6423-0.24610.05340.1517-0.9240.5555-0.5732-0.72770.72490.05860.5787-0.3390.23640.6061-0.18380.3854-15.602322.0915-13.0161
81.61180.19380.97723.51581.47542.53640.0363-0.1051-0.2297-0.00870.0826-0.15850.28260.2827-0.1180.34410.1318-0.03820.3655-0.03420.4016-52.628-11.205310.6034
94.7505-0.23240.8153.0445-1.29583.03180.06930.0961-0.6777-0.30440.14320.87510.1155-0.1772-0.13180.43490.0042-0.05250.2942-0.00060.6363-78.4439-2.699314.3849
103.0182-1.281-0.39481.4695-0.45821.24890.18470.01450.47470.1223-0.0772-0.1245-0.65730.1633-0.0720.4249-0.0303-0.0340.2205-0.03270.3625-50.009310.496940.1386
113.28270.3144-1.4392.4627-0.22632.8035-0.13790.2597-0.0592-0.08130.0918-0.22160.04440.31810.0470.3199-0.05140.04750.2291-0.01820.3072-46.90953.205236.6212
122.0906-1.37921.94193.26-0.06972.0460.00210.03390.0914-0.0717-0.0851-0.38270.13670.10630.10270.27970.00280.04980.21750.03620.3432-46.3674-20.864339.7389
133.0991-1.6072-0.37132.65750.07893.09130.14030.1745-0.0248-0.0646-0.11720.2032-0.2529-0.3006-0.04630.31310.00980.02620.30080.00690.3019-65.7419-0.1278-14.8355
142.6008-0.1954-1.13663.75191.73171.5629-0.2035-0.23810.3170.0158-0.0280.06710.02-0.00810.23890.3334-0.0605-0.08710.3780.02470.4879-47.163819.5986-11.2524
152.7793-1.2334-2.15212.93490.06536.02410.10940.0880.1190.02560.01450.0852-0.4645-0.187-0.04880.22890.03050.02030.2427-0.01380.2664-86.851422.966550.0007
162.18740.67710.25341.17830.8063.2154-0.08110.2025-0.4306-0.26550.01830.2644-0.1069-0.2498-0.01640.2335-0.01340.0120.20810.00620.3545-71.5136-3.965933.1153
170.29530.59720.31583.90930.34411.60210.08930.0479-0.06250.2893-0.08550.13810.289-0.10710.00090.22210.01730.02150.2396-0.00190.247-64.9041-17.835737.3864
181.9789-0.04280.96773.65880.41012.6990.1586-0.0053-0.2653-0.23-0.263-0.02740.5641-0.17720.08910.51780.008-0.01070.322-0.03290.2536-63.9373-44.831738.5709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1173 through 1264 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1265 through 1355 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1356 through 1447 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1173 through 1204 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1205 through 1272 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1273 through 1355 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1356 through 1447 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 1 through 76 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'J' and (resid 77 through 153 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 34 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 35 through 76 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 77 through 151 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 1 through 73 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'M' and (resid 74 through 150 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1174 through 1264 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 1265 through 1294 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1295 through 1377 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 1378 through 1447 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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