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- PDB-8peb: OXA-48_Q5. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8peb
タイトルOXA-48_Q5. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step during Enzyme Evolution
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Protein evolution. Antibiotic resistance. OXA-48.
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Frohlich, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded0000
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2024
タイトル: Epistasis arises from shifting the rate-limiting step during enzyme evolution of a beta-lactamase.
著者: Frohlich, C. / Bunzel, H.A. / Buda, K. / Mulholland, A.J. / van der Kamp, M.W. / Johnsen, P.J. / Leiros, H.S. / Tokuriki, N.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4137
ポリマ－28,0031
非ポリマー4116
水6,341352
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,82714
ポリマ－56,0052
非ポリマー82112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4600 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.401, 42.544, 64.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.875, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CL

21A-729-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28002.713 Da / 分子数: 1 / 変異: A33V K51E F72L S212A T213A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a mutant with these changes: A33V K51E F72L S212A T213A
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21AI harboring modified pURR expression
参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 358分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Tris, pH 9.0 (Sigma-Aldrich) 28-30% polyethylene glycol (PEG) mono ethylene ether 500 (Sigma-Aldrich)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→24.95 Å / Num. obs: 82172 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.11 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/av σ(I): 8.7 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Num. unique obs: 4063 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.615 / Rrim(I) all: 1.244 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.17→24.95 Å / SU ML: 0.1284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1872 1248 1.52 %
Rwork0.1647 80910 -
obs0.1651 82158 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 22 352 2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16353109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0867320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7139844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.17-1.220.2971280.3058951X-RAY DIFFRACTION99.86
1.22-1.270.2781500.27368928X-RAY DIFFRACTION99.75
1.27-1.340.26951330.23828979X-RAY DIFFRACTION99.95
1.34-1.420.24191480.21558985X-RAY DIFFRACTION99.97
1.42-1.530.20171380.1898975X-RAY DIFFRACTION99.97
1.53-1.690.18361260.16789028X-RAY DIFFRACTION99.92
1.69-1.930.19551390.16129033X-RAY DIFFRACTION99.81
1.93-2.430.19631420.15358932X-RAY DIFFRACTION98.99
2.43-24.950.1541440.13969099X-RAY DIFFRACTION98.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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