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- PDB-8pec: OXA-48_Q5-CAZ. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pec
タイトルOXA-48_Q5-CAZ. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step during Enzyme Evolution
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Protein evolution. Antibiotic resistance. OXA-48. HYDROLASE. Serine-Beta-lactamase.
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CTJ / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Frohlich, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded0000
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2024
タイトル: Epistasis arises from shifting the rate-limiting step during enzyme evolution of a beta-lactamase.
著者: Frohlich, C. / Bunzel, H.A. / Buda, K. / Mulholland, A.J. / van der Kamp, M.W. / Johnsen, P.J. / Leiros, H.S. / Tokuriki, N.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7319
ポリマ－112,0114
非ポリマー1,7205
水1,51384
1
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5904
ポリマ－56,0052
非ポリマー5852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
2
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1405
ポリマ－56,0052
非ポリマー1,1353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.147, 202.147, 55.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28002.713 Da / 分子数: 4 / 変異: A33V, K51E, F72L, S212A, T213A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a A33V K51E F72L S212A T213A mutant / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CTJ / 1-({(2R)-2-[(1R)-1-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(2-carboxypropan-2-yl)oxy]imino}acetyl]amino}-2-oxoethyl]-4-carboxy-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazin-5-yl}methyl)pyridinium


分子量: 549.600 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N6O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Tris, pH 9.0 28-30% polyethylene glycol (PEG) mono ethylene ether 500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→24.39 Å / Num. obs: 37514 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 73.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.66→2.78 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.555 / Num. unique obs: 4578 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 0.761 / Rrim(I) all: 1.846 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→24.39 Å / SU ML: 0.4187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1809 4.87 %
Rwork0.2023 35301 -
obs0.2055 37110 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→24.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7472 0 113 84 7669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00857765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05310511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.71822836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.730.37471270.3322468X-RAY DIFFRACTION90.54
2.73-2.810.34981570.30962608X-RAY DIFFRACTION96.38
2.81-2.90.38731560.30772681X-RAY DIFFRACTION98.92
2.9-3.010.34711440.29612723X-RAY DIFFRACTION99.48
3.01-3.130.36441400.28442737X-RAY DIFFRACTION99.07
3.13-3.270.31211340.26792748X-RAY DIFFRACTION99.76
3.27-3.440.25451440.22982734X-RAY DIFFRACTION99.65
3.44-3.650.29991350.2172732X-RAY DIFFRACTION99.34
3.66-3.940.25081630.19292732X-RAY DIFFRACTION99.38
3.94-4.330.2661190.18092755X-RAY DIFFRACTION98.66
4.33-4.950.23071040.15822794X-RAY DIFFRACTION99.38
4.95-6.220.2541280.19342778X-RAY DIFFRACTION98.11
6.22-24.390.23791580.16612811X-RAY DIFFRACTION98.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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