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- PDB-8pe9: Complex between DDR1 DS-like domain and PRTH-101 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pe9
タイトルComplex between DDR1 DS-like domain and PRTH-101 Fab
要素
  • (PRTH-101 Fab, ...) x 2
  • Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Humanized antibody / DDR1 / collagen / immune exclusion / breast cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell-matrix adhesion / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation ...smooth muscle cell-matrix adhesion / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / collagen binding / lactation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1190 / : / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...Jelly Rolls - #1190 / : / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Jelly Rolls / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.152 Å
データ登録者Liu, J. / Chiang, H. / Xiong, W. / Laurent, V. / Griffiths, S.C. / Duelfer, J. / Deng, H. / Sun, X. / Yin, Y.W. / Li, W. ...Liu, J. / Chiang, H. / Xiong, W. / Laurent, V. / Griffiths, S.C. / Duelfer, J. / Deng, H. / Sun, X. / Yin, Y.W. / Li, W. / Audoly, L.P. / An, Z. / Schuerpf, T. / Li, R. / Zhang, N.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP150551 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP190561 米国
Welch FoundationAU-0042-20030616 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA246707 米国
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2023
タイトル: A highly selective humanized DDR1 mAb reverses immune exclusion by disrupting collagen fiber alignment in breast cancer.
著者: Liu, J. / Chiang, H.C. / Xiong, W. / Laurent, V. / Griffiths, S.C. / Dulfer, J. / Deng, H. / Sun, X. / Yin, Y.W. / Li, W. / Audoly, L.P. / An, Z. / Schurpf, T. / Li, R. / Zhang, N.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
H: PRTH-101 Fab, heavy chain
L: PRTH-101 Fab, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,07410
ポリマ－67,0233
非ポリマー1,0517
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area27110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)117.096, 144.45, 52.299
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK


分子量: 20382.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DDR1 DS-like domain, produced via trypsin digestion of DDR1 extracellular domain (recombinantly overexpressed and purified from Expi293F cells using a pcDNA3.4 vector).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 PRTH-101 Fab, heavy chain


分子量: 23853.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab from PRTH-101 heavy chain, generated via papain digest of full monoclonal antibody (recombinantly overexpressed and purified from ExpiCHO-S cells using pcDNA3.4 vector).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.4 / Cell (発現宿主): ExpiCHO-S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 PRTH-101 Fab, light chain


分子量: 22786.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab from PRTH-101 light chain, generated via papain digest of full monoclonal antibody (recombinantly overexpressed and purified from ExpiCHO-S cells using pcDNA3.4 vector).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000, 10 mM ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.152→72.225 Å / Num. obs: 9760 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 5.97 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.985 / CC1/2 anomalous: 0.011 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Rpim(I) all: 0.1224 / Rrim(I) all: 0.3038 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.817 / Baniso tensor eigenvalue 1: 85.4 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 50.7 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 103.8 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 3.559 Å / Aniso diffraction limit 2: 3.109 Å / Aniso diffraction limit 3: 4.028 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 7.05 / Num. measured all: 58265 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 85 / % possible ellipsoidal: 85.9 / % possible ellipsoidal anomalous: 85 / % possible spherical: 61.1 / % possible spherical anomalous: 58.7 / Redundancy anomalous: 3.28 / Signal type: local
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
10.551-72.2255.550.04826.05270927094884880.9980.0920.02230.05320.89210099.810099.81003.599.8
8.279-10.5515.760.059621.64281328134884880.998-0.0130.02750.0660.8498.997.498.997.498.93.3197.4
7.161-8.2795.320.147410.9259525954884880.9910.0120.07030.16390.82299.59999.59999.52.9799
6.48-7.1615.830.20968.03284628464884880.9780.0120.09480.23080.80999.799.899.799.899.73.2499.8
6.011-6.485.980.27016.65291729174884880.956-0.0650.12080.29680.8621001001001001003.28100
5.64-6.0116.110.28936.44298129814884880.945-0.0740.1270.31680.7521001001001001003.37100
5.344-5.646.320.31146.05307730774874870.9530.0420.13480.340.811001001001001003.42100
5.107-5.3446.230.2657.23304230424884880.9580.070.11620.29020.831001001001001003.42100
4.904-5.1076.330.29216.72309330934894890.9570.0880.12710.31940.7871001001001001003.42100
4.729-4.9046.360.27586.92309530954874870.966-0.0640.11850.30080.76310099.810099.81003.4599.8
4.577-4.7296.280.30366.15306930694894890.948-0.050.13260.33220.82899.599.899.599.899.53.3999.8
4.44-4.5776.290.33745.61306930694884880.9510.050.1460.36850.8799.19999.19999.13.3899
4.318-4.445.740.38454.6279527954874870.902-0.1030.17410.42390.78397.698.297.698.297.63.1598.2
4.198-4.3185.090.44713.74248224824884880.8620.0820.21870.50090.85489.688.189.688.189.62.7188.1
4.09-4.1985.660.56223.32276727674894890.906-0.0010.25490.61890.81489.289.989.289.989.23.0389.9
3.988-4.095.840.61453.04284428444874870.8550.0870.2760.67550.77288.688.788.685.786.73.188.7
3.837-3.9885.750.86271.98280728074884880.788-0.0180.38130.94530.80256.457.556.451.150.33.1157.5
3.739-3.8376.150.85372.17300730074894890.8160.1360.36770.93130.85387.688.687.670.6693.388.6
3.562-3.7396.170.91941.93300930094884880.821-0.0310.39091.00140.80350.953.650.93330.63.4153.6
3.152-3.5626.661.07371.79324832484884880.611-0.0320.44411.16440.81944.647.444.610.18.73.7847.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
STARANISO2.3.79データスケーリング
BUSTER2.11.8精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AG4

4ag4


解像度: 3.152→72.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.828 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.796 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.779
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3088 496 -RANDOM
Rwork0.2782 ---
obs0.2798 9760 61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5309 Å20 Å20 Å2
2--5.2089 Å20 Å2
3----7.7397 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.152→72.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 57 0 4645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0044757HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.696467HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1586SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes798HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4757HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion614SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3201SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.8
LS精密化 シェル解像度: 3.152→3.53 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.576 13 -
Rwork0.3315 --
obs--8.95 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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