+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pcx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase soaked with tetramannuronic acid | ||||||
![]() | Alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE / Alginate lyase / complex / beta-jelly roll | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilknes, C. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase soaked with tetramannuronic acid 著者: Wilknes, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 132.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25544.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 30% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.3M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→44.88 Å / Num. obs: 83387 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.23 % / Biso Wilson estimate: 15.72 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.21 Å / Num. unique obs: 12969 / CC1/2: 0.48 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→44.88 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|