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- PDB-8p20: TarM(Se)_G117R-UDP-4RboP-glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p20
タイトルTarM(Se)_G117R-UDP-4RboP-glucose
要素TarM(Se)_G117R
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus epidermidis / wall teichoic acid glycosyltransferase / GT-B fold / alpha-O-glucose.
機能・相同性Chem-BJT / BETA-MERCAPTOETHANOL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.848 Å
データ登録者Guo, Y. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC-TR261 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition.
著者: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: TarM(Se)_G117R
BBB: TarM(Se)_G117R
CCC: TarM(Se)_G117R
DDD: TarM(Se)_G117R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,67930
ポリマ－238,6104
非ポリマー7,06926
水13,223734
1
AAA: TarM(Se)_G117R
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 61.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3637
ポリマ－59,6521
非ポリマー1,7116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: TarM(Se)_G117R
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 61.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4347
ポリマ－59,6521
非ポリマー1,7816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: TarM(Se)_G117R
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 61.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5199
ポリマ－59,6521
非ポリマー1,8678
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
DDD: TarM(Se)_G117R
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 61.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3637
ポリマ－59,6521
非ポリマー1,7116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.620, 75.750, 129.400
Angle α, β, γ (deg.)90.015, 90.039, 90.031
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
TarM(Se)_G117R


分子量: 59652.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 760分子

#2: 化合物
ChemComp-BJT / [(2~{R},3~{S},4~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)-5-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)pentoxy]phosphoryl]oxy-pentoxy]phosphoryl]oxy-pentyl] [(2~{S},3~{R},4~{R})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-phosphonooxy-pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 1036.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H56O34P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 10% PEG 20 000, 25% PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.9, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium tartrate (racemic), 0.02 M sodium oxamate.
PH範囲: 6.2-8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99986715688787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986715688787 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.414
pseudo-merohedral22-H, K, -L20.151
pseudo-merohedral33-h,-k,l30.1626
pseudo-merohedral44h,-k,-l40.2725
反射解像度: 2.848→49.23 Å / Num. obs: 51972 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.848→2.92 Å / Num. unique obs: 3918 / CC1/2: 0.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.848→49.204 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 9.004 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 2691 5.178 %
Rwork0.2283 49280 -
all0.23 --
obs-51971 99.752 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.915 Å215.052 Å2-5.92 Å2
2--55.116 Å231.486 Å2
3----41.201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.848→49.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14004 0 423 734 15161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01314675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01811482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.67619988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4141.60926380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.80351963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62224.202614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.562151880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0211540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.22198
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0210.236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22095
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.210528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.27000
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.26856
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0680.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2970.239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2290.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.97320.027864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.97220.0197863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.07427.0449823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.07427.0459824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6619.6796811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6619.686810
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.50426.58310165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.50426.58310166
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.399115.37458632
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.399115.37258633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.848-2.9220.3881990.2973604X-RAY DIFFRACTION97.8893
2.922-3.0020.3541900.2793510X-RAY DIFFRACTION99.2489
3.002-3.0880.3221710.2453548X-RAY DIFFRACTION100.5135
3.088-3.1830.3061740.2483293X-RAY DIFFRACTION100.0866
3.183-3.2870.2631920.2223259X-RAY DIFFRACTION99.5672
3.287-3.4020.2141560.2223169X-RAY DIFFRACTION99.8199
3.402-3.5290.2611660.2342952X-RAY DIFFRACTION99.9359
3.529-3.6730.2771820.2163004X-RAY DIFFRACTION100.2202
3.673-3.8350.2471440.222766X-RAY DIFFRACTION99.5893
3.835-4.0210.3071260.2132649X-RAY DIFFRACTION99.892
4.021-4.2370.2341310.2042573X-RAY DIFFRACTION99.8523
4.237-4.4920.2481700.22390X-RAY DIFFRACTION100.3922
4.492-4.7990.1911320.1932244X-RAY DIFFRACTION99.4558
4.799-5.180.2551030.2112119X-RAY DIFFRACTION100.1803
5.18-5.6680.2731320.2371918X-RAY DIFFRACTION99.8053
5.668-6.3260.2431220.251736X-RAY DIFFRACTION100.0538
6.326-7.2850.237500.2591611X-RAY DIFFRACTION100.1809
7.285-8.8740.271610.211302X-RAY DIFFRACTION99.7074
8.874-12.350.294540.2071044X-RAY DIFFRACTION100.274
12.35-49.2040.3360.339589X-RAY DIFFRACTION99.0491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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