PDB-7qh9: TarM(Se)_G117R-4RboP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qh9

タイトル

TarM(Se)_G117R-4RboP

要素

TarM(Se)_G117R-4RboP

キーワード

TRANSFERASE / Staphylococcus epidermidis / glycosyltransferase / GT-B fold / alpha-O-glucose / wall teichoic acid

機能・相同性

Chem-CWI

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.689 Å

データ登録者

Guo, Y. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition.
著者: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qh9.cif.gz	395.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qh9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qd7C 7qntC 8p1xC 8p20C 7qdm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: TarM(Se)_G117R-4RboP

BBB: TarM(Se)_G117R-4RboP

CCC: TarM(Se)_G117R-4RboP

DDD: TarM(Se)_G117R-4RboP

ヘテロ分子

241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: TarM(Se)_G117R-4RboP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: TarM(Se)_G117R-4RboP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: TarM(Se)_G117R-4RboP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: TarM(Se)_G117R-4RboP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.870, 70.570, 137.380
Angle α, β, γ (deg.)	89.971, 90.013, 90.020
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	TarM(Se)_G117R-4RboP 分子量: 59652.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CWI / [(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-phosphonooxy-pentyl] [(2~{S},3~{R},4~{R})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-phosphonooxy-pentyl] hydrogen phosphate 分子量: 526.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₅O₁₈P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 10% PEG 20 000, 25% PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.9, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium tartrate (racemic), 0.02 M sodium oxamate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.3312
pseudo-merohedral	2	2	h,-k,-l	2	0.1976
pseudo-merohedral	3	3	-h,-k,l	3	0.2171
pseudo-merohedral	4	4	-H, K, -L	4	0.2542

反射

解像度: 2.689→49.237 Å / Num. obs: 58472 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.98

反射シェル

解像度: 2.689→2.76 Å / Num. unique obs: 4412 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.689→49.235 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.23 / WR_factor R_work: 0.226 / SU B: 9.291 / SU ML: 0.213 / Average fsc free: 0.9543 / Average fsc work: 0.9628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	2863	4.896 %
R_work	0.2426	55608	-
all	0.243	-	-
obs	-	58471	95.069 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	48.702 Å²	-9.668 Å²	10.084 Å²
2-	-	19.675 Å²	1.775 Å²
3-	-	-	-68.377 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.689→49.235 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13997	0	135	240	14372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	14371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	11302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.651	19576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.443	1.589	25911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.368	5	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.285	24.475	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.582	15	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.166	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.733	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	9810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.316	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.273	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.557	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.684	32.936	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.683	32.934	7863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.565	44.469	9823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.565	44.471	9824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.466	31.99	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.466	31.987	6508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.012	43.254	9753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.011	43.251	9754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.99	187.099	56638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.989	187.097	56639

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.689-2.758	0.472	212	0.352	4086	0.358	4529	0.954	0.968	94.8995	0.344
2.758-2.834	0.325	244	0.3	4049	0.301	4422	0.978	0.984	97.0828	0.293
2.834-2.915	0.41	218	0.278	3991	0.284	4289	0.976	0.987	98.1348	0.266
2.915-3.005	0.315	181	0.291	3922	0.292	4186	0.981	0.983	98.0172	0.273
3.005-3.103	0.379	213	0.273	3780	0.279	4084	0.961	0.979	97.7718	0.248
3.103-3.211	0.323	188	0.282	3607	0.284	3886	0.957	0.969	97.6583	0.261
3.211-3.332	0.3	190	0.295	3531	0.296	3794	0.941	0.959	98.0759	0.275
3.332-3.467	0.281	160	0.264	3398	0.265	3627	0.962	0.968	98.0976	0.239
3.467-3.621	0.395	165	0.283	3200	0.287	3487	0.944	0.955	96.5013	0.258
3.621-3.797	0.376	54	0.294	1822	0.296	3329	0.944	0.948	56.3533	0.27
3.797-4.001	0.228	109	0.261	2991	0.26	3200	0.95	0.95	96.875	0.239
4.001-4.241	0.224	159	0.241	2779	0.24	3011	0.949	0.952	97.5756	0.224
4.241-4.532	0.198	134	0.226	2605	0.224	2832	0.959	0.954	96.7161	0.209
4.532-4.892	0.292	133	0.213	2472	0.217	2664	0.921	0.954	97.7853	0.2
4.892-5.353	0.188	128	0.225	2200	0.223	2400	0.955	0.946	97	0.21
5.353-5.976	0.271	117	0.239	1989	0.241	2161	0.926	0.935	97.4549	0.222
5.976-6.884	0.335	72	0.246	1795	0.249	1939	0.888	0.934	96.2867	0.233
6.884-8.39	0.188	93	0.213	1519	0.212	1654	0.942	0.938	97.4607	0.217
8.39-11.696	0.155	59	0.159	1188	0.159	1281	0.965	0.96	97.3458	0.182
11.696-49.215	0.186	34	0.232	684	0.229	729	0.958	0.94	98.4911	0.265

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