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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qh9 | ||||||
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Title | TarM(Se)_G117R-4RboP | ||||||
![]() | TarM(Se)_G117R-4RboP | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Staphylococcus epidermidis / glycosyltransferase / GT-B fold / alpha-O-glucose / wall teichoic acid | ||||||
Function / homology | Chem-CWI![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, Y. / Stehle, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition. Authors: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 395.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qd7C ![]() 7qntC ![]() 8p1xC ![]() 8p20C ![]() 7qdm C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 59652.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CWI / [( #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 10% PEG 20 000, 25% PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.9, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium tartrate (racemic), 0.02 M sodium oxamate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.689→49.237 Å / Num. obs: 58472 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 20 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.689→2.76 Å / Num. unique obs: 4412 / CC1/2: 0.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 2.689→49.235 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.226 / SU B: 9.291 / SU ML: 0.213 / Average fsc free: 0.9543 / Average fsc work: 0.9628 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.076 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 79.364 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.689→49.235 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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